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JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...
[jalview.git] / help / html / calculations / calculations.html
diff --git a/help/html/calculations/calculations.html b/help/html/calculations/calculations.html
deleted file mode 100644 (file)
index c194cd9..0000000
--- a/help/html/calculations/calculations.html
+++ /dev/null
@@ -1,55 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>The Alignment Calculations Dialog</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>The Alignment Calculations Dialog</strong>
-  </p>
-  <img
-    alt="Alignment Calculations dialog box - opened via Calculations->Tree or PCA..."
-    src="calculatedialog.png" width="350" height="241">
-  <p>
-    The <strong>Calculations Dialog</strong> (shown above) is opened via
-    the <strong>Calculations&#8594;Calculate Tree or PCA...</strong>
-    menu entry.
-  </p>
-  <p>
-    It allows you to select the type of alignment analysis calculation (<a
-      href="pca.html">PCA</a> or <a href="tree.html">Tree</a>), and the
-    sequence similarity score model that will be used to perform the
-    analysis.
-  </p>
-  <p>
-    <strong>Adding additional score models</strong><br />Jalview can
-    import substitution matrices in both <a
-      href="http://www.genome.jp/aaindex/aaindex_help.html">AAindex</a>
-    and NCBI format (see e.g. <a
-      href="http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/</a>).
-    In Jalview 2.10.2, the easiest way to import new models is to drag
-    the score model file onto any alignment window. See the <a
-      href="scorematrices.html">Substitution Matrices Documentation</a>
-    for more information.
-  </p>
-</body>
-</html>