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JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...
[jalview.git] / help / html / calculations / quality.html
diff --git a/help/html/calculations/quality.html b/help/html/calculations/quality.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 448efef..0000000
--- a/help/html/calculations/quality.html
+++ /dev/null
@@ -1,52 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>Alignment Quality Annotation</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>Alignment Quality Annotation</strong>
-  </p>
-  <p>Alignment Quality is one of the automatically calculated
-    quantitative alignment annotations displayed below the columns of a
-    multiple sequence alignment (and can be used to shade the
-    alignment). It is an ad-hoc measure of the likelihood of observing
-    the mutations (if any) in a particular column of the alignment.</p>
-  <p>More precisely, the quality score is inversely proportional to
-    the average cost of all pairs of mutations observed in a particular
-    column of the alignment - a high alignment quality score for a
-    column would suggest that there are no mutations, or most mutations
-    observed are favourable.</p>
-
-  <p>
-    <em>The Algorithm</em><br> The quality score is calculated for
-    each column in an alignment by summing, for all mutations, the ratio
-    of the two BLOSUM 62 scores for a mutation pair and each residue's
-    conserved BLOSUM62 score (which is higher). This value is normalised
-    for each column, and then plotted on a scale from 0 to 1.
-  </p>
-  <p>Multiple alignment algorithms using the BLOSUM 62 substitution
-    matrices should, in theory, maximise alignment quality for an
-    un-gapped alignment, and locally maximise quality for gapped
-    alignments.</p>
-</body>
-</html>