JAL-913; Documentation of RNA Structure Conservation

[jalview.git] / help / html / calculations / structureconservation.html
diff --git a/help/html/calculations/structureconservation.html b/help/html/calculations/structureconservation.html

new file mode 100755 (executable)

index 0000000..c632db5
--- /dev/null
+++ b/help/html/calculations/structureconservation.html
@@ -0,0 +1,28 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->
+<head><title>Alignment RNA Structure Conservation Annotation</title></head>
+<body><p><strong>Alignment RNA Structure Conservation Annotation</strong></p>
+<p>This is an automatically calculated quantitative alignment
+annotation which measures the number of conserved base pairs in
+relation to a secondary structure. The canonical Watson-Crick base
+pairings (A-T/U, G-C) and the wobble base pair (G-T/U) are regarded as
+valid pairings.<br>
+The amount of valid base pairs is indicated by the profile in the Alignment Annotation row.
+</body>
+</html>