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JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / conservation.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/conservation.html b/help/html/colourSchemes/conservation.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 88ef6ba..0000000
--- a/help/html/colourSchemes/conservation.html
+++ /dev/null
@@ -1,55 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
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- * 
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- * 
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- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>Colouring by Conservation</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>Colouring by Conservation</strong>
-  </p>
-  <p>
-    This is an approach to alignment colouring which highlights regions
-    of an alignment where physicochemical properties are conserved. It
-    is based on the one used in the AMAS method of multiple sequence
-    alignment analysis (Livingstone C.D. and Barton G.J. (1993), Protein
-    Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of
-    Residue Conservation.CABIOS Vol. 9 No. 6 (745-756)). See the <a
-      href="../calculations/conservation.html">conservation
-      calculation</a> help page for a more thorough explanation of the
-    calculation.
-  </p>
-  <p>For an already coloured alignment, the conservation index at
-    each alignment position is used to modify the shading intensity of
-    the colour at that position. This means that the most conserved
-    columns in each group have the most intense colours, and the least
-    conserved are the palest. The slider controls the contrast between
-    these extremes.</p>
-  <p>
-    Conservation can be calculated over all sequences in an alignment,
-    or just within specific groups (such as those defined by <a
-      href="../calculations/tree.html">phylogenetic tree
-      partitioning</a>). The option 'apply to all groups' controls whether
-    the contrast slider value will be applied to the indices for the
-    currently selected group, or all groups defined over the alignment.
-  </p>
-</body>
-</html>