Merge branch 'Jalview-JS/jim/JAL-3253-JAL-3418' into Jalview-JS/JAL-3253-applet
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / index.html
index d77f1cb..51d0738 100755 (executable)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
- * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -35,22 +35,21 @@ td {
   <p>
     <strong>Colour schemes</strong>
   </p>
-  <p>Jalview allows the user to set a background colour for the
+  <p>Jalview allows the user to set a colour scheme for the
     whole alignment view or for each group defined on regions within it.</p>
-  <p>To change the background colour, simply select the colour from
+  <p>To change the colour for a view, simply select a new colour scheme from
     the &quot;Colour&quot; menu.</p>
   <p>To change the colour of a group, right click on any residue
     within a group and use the popup menu to define the group colour.</p>
-  <p>At the top of the &quot;Colour&quot; menu the tick box
-    &quot;Apply Background Colour to all groups&quot;. This is ticked by
+  <p>At the top of the &quot;Colour&quot; menu you'll see a tick box
+    &quot;Apply Colour to all groups&quot;. This is ticked by
     default so that a chosen colour scheme will be applied to all
     existing groups. If you wish to maintain the colour scheme for
-    defined groups, make sure you deselect this option before changing
-    the background colour.</p>
+    defined groups, make sure you deselect this option before selecting
+    a new scheme in the Colour menu.</p>
   <p>
     The <strong>&quot;Colour&#8594;<a
-      href="../colourSchemes/textcolour.html"
-    >Colour Text...</a>&quot;
+      href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour Text...</a>&quot;
     </strong> entry opens a dialog box to set a different text colour for light
     and dark background, and the intensity threshold for transition
     between them.