git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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'Help files updated with RNA stuff' merge; JAL-580
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / rnahelicesColouring.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html b/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3034bf5
--- /dev/null
+++ b/help/html/colourSchemes/rnahelicesColouring.html
@@ -0,0 +1,50 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->
+<head><title>RNA Helices Colouring</title></head>
+
+<body>
+<p><strong> RNA Helices Colouring </strong></p>
+<p>An RNA alignment loaded from a Stockholm file can be coloured 
+   based on its helices.  The helices are determined from the 
+   secondary structure line in the Stockholm file (#GC SS_cons) 
+   written in WUSS notation
+   that specifies base pairing. See <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Stockholm_format">
+   Wikipedia</a> or <a href="http://jalview-rnasupport.blogspot.com/2010/06/parsing-wuss-notation-of-rna-secondary.html">
+   Jalview RNA Support Blog</a> for more information about Stockholm files and WUSS notation.</p>
+Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot; 
+  By RNA Helices&quot; to colour the alignment by RNA helices. <br>
+  <br>
+<p><em>Features</em></p>
+<ul>
+<li>Colours are generated randomly for the number of helices present.  
+Reselect the "By RNA Helices" option to generate another set of random colors. </li>
+<li>Sequence logo is in <a href="purinepyrimidine.html">
+Purine/Pyrimidine colour scheme</a>. </li>
+<li>Line above the "Secondary Structure" line in annotation panel is WUSS notation present
+in the input file.</li>
+</ul>
+  
+  
+  
+  <div align="center">
+  <img src="rnahelicescoloring.png" width="600" height="140"> </div> 
+ 
+
+</body>
+</html>