git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
2.08 update
[jalview.git] / help / html / features / annotationsFormat.html
diff --git a/help/html/features/annotationsFormat.html b/help/html/features/annotationsFormat.html
index c2a784c..d890321 100755 (executable)
--- a/help/html/features/annotationsFormat.html
+++ b/help/html/features/annotationsFormat.html
@@ -3,9 +3,12 @@
 <head><title>Annotations File Format</title></head>\r
 \r
 <body>\r
-<p><strong>Alignment Annotations File Format<br>\r
+<p><strong>Alignment Annotations File Format</strong><strong><br>\r
   </strong><br>\r
-  A precalculated annotations fiile can read onto an alignment from the command \r
+  Note: This format is primarily intended to be used for the applet, which does \r
+  not have an XML parser and where file size must be kept to a minimum to reduce \r
+  download time.</p>\r
+<p>A precalculated annotations fiile can read onto an alignment from the command \r
   line (&quot;-annotations&quot;), by drag and dropping the the annotations file \r
   onto an alignment or by selecting from the File menu &quot;Load Features / Annotations&quot;.</p>\r
 <p>The File is in tab delimited format. The file must have the line JALVIEW_ANNOTATION \r
@@ -20,11 +23,11 @@
   associated with that sequence. Use SEQUENCE_REF ALIGNMENT to cancel the associtations.</p>\r
 <p>The visual graphs can be coloured or combined with other graphs, or have an \r
   arbitrary line drawn at a certain value using the following lines.</p>\r
-<p><font size="2" face="Courier New, Courier, mono">COLOUR&lt;tab&gt;graph name&lt;tab&gt;colour<br>\r
+<p><font size="3" face="Courier New, Courier, mono">COLOUR&lt;tab&gt;graph name&lt;tab&gt;colour<br>\r
   COMBINE&lt;tab&gt;graph 1 name&lt;tab&gt;graph 2 name<br>\r
   GRAPHLINE&lt;tab&gt;graph name&lt;tab&gt;value&lt;tab&gt;label&lt;tab&gt;colour</font></p>\r
 <p>An example Annotation file may look like this:</p>\r
-<p><font size="2" face="Courier New, Courier, mono">#Comment lines follow the hash symbol<br>\r
+<p><font size="3" face="Courier New, Courier, mono">#Comment lines follow the hash symbol<br>\r
   JALVIEW_ANNOTATION<br>\r
   SEQUENCE_REF FER1_MESCR 5<br>\r
   BAR_GRAPH&lt;tab&gt;Bar Graph 1&lt;tab&gt;||-100,-|-200,-|-300,-|-400,-|200,+|300,+|150,+<br>\r
@@ -33,12 +36,12 @@
   BAR_GRAPH&lt;tab&gt;Bar Graph&lt;tab&gt;2 1,.|2,*|3,:|4,.|5,*|4,:|3,.|2|1|1|2|3|4|5|4<br>\r
   NO_GRAPH&lt;tab&gt;Icons &lt;tab&gt;||||E,Sheet1|E|E||||H,Sheet 2|H|H|H||||||<br>\r
   NO_GRAPH&lt;tab&gt;Purple Letters&lt;tab&gt;m|y|p|r|o|t|e|i|n</font></p>\r
-<p><font size="2" face="Courier New, Courier, mono">COLOUR&lt;tab&gt;Bar Graph 2&lt;tab&gt;blue<br>\r
+<p><font size="3" face="Courier New, Courier, mono">COLOUR&lt;tab&gt;Bar Graph 2&lt;tab&gt;blue<br>\r
   COLOUR&lt;tab&gt;Red Values&lt;tab&gt;255,0,0<br>\r
   COLOUR&lt;tab&gt;Green Values&lt;tab&gt;green<br>\r
   COLOUR&lt;tab&gt;Purple Letters&lt;tab&gt;151,52,228<br>\r
   COMBINE&lt;tab&gt;Green Values&lt;tab&gt;Red Values</font></p>\r
-<p><font size="2" face="Courier New, Courier, mono">GRAPHLINE&lt;tab&gt;Red Values&lt;tab&gt;2.6&lt;tab&gt;threshold&lt;tab&gt;black \r
+<p><font size="3" face="Courier New, Courier, mono">GRAPHLINE&lt;tab&gt;Red Values&lt;tab&gt;2.6&lt;tab&gt;threshold&lt;tab&gt;black \r
   </font><br>\r
 </p>\r
 <p><br>\r