git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge branch 'Release_2_9_0b1_Branch'
[jalview.git] / help / html / features / biojsmsa.html
diff --git a/help/html/features/biojsmsa.html b/help/html/features/biojsmsa.html
index ff4d8da..ac99a0a 100644 (file)
--- a/help/html/features/biojsmsa.html
+++ b/help/html/features/biojsmsa.html
@@ -1,22 +1,48 @@
 <html>
+<!--
+ *Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
+ *Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
+ *
+ *This file is part of Jalview.
+ *
+ *Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ *modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ *as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ *of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ *Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ *WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ *of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ *PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ *
+ *You should have received a copy of the GNU General Public License
+ *along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ *The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+-->
 <title>BioJS MSA Viewer Export</title>
 <body>
   <p>
     <strong>Exporting Alignments for viewing with the BioJS MSA
       Viewer</strong>
   </p>
-  <p>Since Jalview 2.9, HTML files can be generated from an
-    alignment within the Jalview desktop application that show the
-    alignment in an interactive viewer called 'BioJS-MSA'. The BioJS MSA
-    Viewer is a full-featured JavaScript based multiple sequence
-    alignment visualisation system created by a community of biological
-    data visualisation developers, and is developed independently of
-    Jalview.</p>
+  <p>
+    Since Jalview 2.9, HTML files can be generated from an alignment
+    within the Jalview desktop application that show the alignment in an
+    interactive viewer called 'BioJS-MSA'. These pages embed Jalview's
+    alignment data as <a href="bioJsonFormat.html">BioJSON</a>, which
+    can be imported back into Jalview, and also interpreted by the BioJS
+    MSA viewer. The BioJS MSA Viewer is a full-featured JavaScript based
+    multiple sequence alignment visualisation system created by a
+    community of biological data visualisation developers, and is
+    developed independently of Jalview.
+  </p>
   <p>
     To find out more about the BioJS MSA Viewer, please go to <a
       href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>.
+  </p>
+
   <p>
-    <strong>Making sure your BioJS MSA exports uses the latest
+    <strong>Making sure your BioJS MSA export uses the latest
       BioJS MSA Viewer</strong>
   </p>
   <p>In order to allow Jalview to export data with the latest