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Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop
[jalview.git] / help / html / features / dasfeatures.html
diff --git a/help/html/features/dasfeatures.html b/help/html/features/dasfeatures.html
deleted file mode 100644 (file)
index 1965e70..0000000
--- a/help/html/features/dasfeatures.html
+++ /dev/null
@@ -1,77 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3
- * of the License, or (at your option) any later version.
- *  
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>DAS Features</title>
-</head>
-
-<body>
-  <p>
-    <strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong>
-  </p>
-  <p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their
-    features via the Distributed Annotation System.</p>
-  <ol>
-    <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View
-      -&gt; Feature Settings...&quot;</li>
-    <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS
-        Settings</a>&quot; tabbed pane.
-    </li>
-    <li>Select the sources to use for DAS feature retrieval, then
-      click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
-      <ul>
-        <li>Cancelling Feature Retrieval<br> Press the <strong>Cancel
-            Fetch</strong> button to immediately stop feature retrieval. This
-          will not remove any features already added to the alignment,
-          but will halt any outstanding DAS requests.<em>The cancel
-            fetch button is of particular use when one or more DAS
-            annotation servers are not responding!</em>
-      </ul>
-    </li>
-  </ol>
-  <p>
-    If your DAS source selection contains sources which use UniProt
-    accession ids, you will be asked whether Jalview should find UniProt
-    Accession ids for the given sequence names. It is important to
-    realise that many DAS sources only use UniProt accession ids, rather
-    than Swissprot/UniProt sequence names.<br> The <a
-      href="../webServices/dbreffetcher.html">database
-      reference fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers
-    what database references are appropriate for the sequences in the
-    alignment.
-  <ul>
-    <li><em>Note</em><br> Please remember to save your
-      alignment if either the start/end numbering, or the sequence IDs
-      were updated during the ID retrieval process.</li>
-  </ul>
-  <p>&nbsp;
-  <p>
-    <em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em>
-  </p>
-  <br />
-  <p>
-    <em>The DAS registry at http://www.dasregistry.org was
-      decommissioned early in 2015. An unmaintained mirror is currently
-      hosted at http://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/.</em>
-  </p>
-  <p>&nbsp;
-</body>
-</html>