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JAL-2846 changed "Couldn't" to "Could not" in messages.properties
[jalview.git] / help / html / features / dasfeatures.html
diff --git a/help/html/features/dasfeatures.html b/help/html/features/dasfeatures.html
index e18e273..1965e70 100644 (file)
--- a/help/html/features/dasfeatures.html
+++ b/help/html/features/dasfeatures.html
@@ -1,18 +1,77 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>DAS Features</title>
+</head>
+
+<body>
+  <p>
+    <strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong>
+  </p>
+  <p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their
+    features via the Distributed Annotation System.</p>
+  <ol>
+    <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View
+      -&gt; Feature Settings...&quot;</li>
+    <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS
+        Settings</a>&quot; tabbed pane.
+    </li>
+    <li>Select the sources to use for DAS feature retrieval, then
+      click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
+      <ul>
+        <li>Cancelling Feature Retrieval<br> Press the <strong>Cancel
+            Fetch</strong> button to immediately stop feature retrieval. This
+          will not remove any features already added to the alignment,
+          but will halt any outstanding DAS requests.<em>The cancel
+            fetch button is of particular use when one or more DAS
+            annotation servers are not responding!</em>
+      </ul>
+    </li>
+  </ol>
+  <p>
+    If your DAS source selection contains sources which use UniProt
+    accession ids, you will be asked whether Jalview should find UniProt
+    Accession ids for the given sequence names. It is important to
+    realise that many DAS sources only use UniProt accession ids, rather
+    than Swissprot/UniProt sequence names.<br> The <a
+      href="../webServices/dbreffetcher.html">database
+      reference fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers
+    what database references are appropriate for the sequences in the
+    alignment.
+  <ul>
+    <li><em>Note</em><br> Please remember to save your
+      alignment if either the start/end numbering, or the sequence IDs
+      were updated during the ID retrieval process.</li>
+  </ul>
+  <p>&nbsp;
+  <p>
+    <em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em>
+  </p>
+  <br />
+  <p>
+    <em>The DAS registry at http://www.dasregistry.org was
+      decommissioned early in 2015. An unmaintained mirror is currently
+      hosted at http://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/.</em>
+  </p>
+  <p>&nbsp;
+</body>
+</html>