git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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documentation
[jalview.git] / help / html / features / dassettings.html
diff --git a/help/html/features/dassettings.html b/help/html/features/dassettings.html
index 4e89532..f3e325d 100644 (file)
--- a/help/html/features/dassettings.html
+++ b/help/html/features/dassettings.html
@@ -4,19 +4,25 @@
 \r
 <body>\r
 <p><strong>DAS Settings</strong></p>\r
-<p>Jalview can retrieve features from multiple <a href="http://biodas.org/">DAS</a> \r
-  sources. The DAS sources are selected in the DAS settings panel.</p>\r
+<p>Jalview can retrieve and visualize features from many <a href="http://biodas.org/">DAS</a> \r
+  sources at once. The DAS sources are discovered and selected <em>via</em> the DAS settings panel.</p>\r
 <p><img src="das.jpg" width="497" height="365">\r
-<p>On start up of the DAS Settings panel, Jalview will use the registry URL (default \r
-  is http://das.sanger.ac.uk/registry/das1/sources/) to retrieve a list of currently \r
-  available DAS sources. These are all listed in the table using the sources' \r
-  Nickname as an identifier. <br>\r
-  Click on a Nickname in the table to reveal more information about that service \r
-  in the panel to the right of the table. \r
+<p>The available sources are listed in the table using each source's\r
+Nickname as its identifier. Clicking on a source's entry in the table\r
+reveals more information about that service in the panel to the\r
+right. Select the tickbox in the &quot;Use Source&quot; column for a\r
+source to add it to the set Jalview queries for alignment and sequence\r
+features.\r
+</p>\r
 <p>You can filter the visible DAS sources by authority, type and &quot;label&quot;. \r
   You should read the DAS documentation to understand more about these values.\r
-<p>Tick the box &quot;Use Source&quot; so that Jalview will use a particular source \r
-  when fetching features. \r
+<p><strong>Updating the list of sources</strong></p>\r
+<p>When the DAS Settings panel is first opened, and when the <strong>'Refresh\r
+  source'</strong> buton is pressed, a list of DAS sources\r
+  is retrieved from the DAS registry URL (set by default to the DAS\r
+  registration server at\r
+  http://das.sanger.ac.uk/registry/das1/sources/).</p>\r
+<p><strong>Adding your own DAS Sources</strong></p>\r
 <p>You can add your own DAS source to the list by clicking the &quot;Add Local \r
   Source&quot; button. Enter the URL and nickname of your additional service. \r
   It should be noted that Jalview 2.1 will not query additional sources for more \r