JAL-653 JAL-1968 FeaturesFile now handles Jalview or GFF2 or GFF3
[jalview.git] / help / html / features / featuresFormat.html
index f5f854c..9f33b7b 100755 (executable)
 </pre>
 
   This format allows two alternate ways of referring to a sequence,
-  either by its text ID, or its index in an associated alignment.
+  either by its text ID, or its index (base 0) in an associated alignment.
   Normally, sequence features are associated with sequences rather than
   alignments, and the sequenceIndex field is given as &quot;-1&quot;. In
   order to specify a sequence by its index in a particular alignment,