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JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...
[jalview.git] / help / html / features / mmcif.html
diff --git a/help/html/features/mmcif.html b/help/html/features/mmcif.html
deleted file mode 100644 (file)
index b507fe1..0000000
--- a/help/html/features/mmcif.html
+++ /dev/null
@@ -1,55 +0,0 @@
-<!DOCTYPE html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<html>
-<head>
-<meta charset="UTF-8">
-<title>mmCIF File Format</title>
-</head>
-<body>
-  <strong>What is mmCIF ?</strong>
-  <br />mmCIF stands for 'macro-molecular Crystallographic Information
-  File'. This format was developed by the PDB consortium and the
-  International Union of Crystallography (IUCr), based on
-  Crystallographic Information File (CIF), a format used for describing
-  the structures of small molecules.
-  <br />mmCIF became the recommended format for the exchange of
-  biomacromolecular structures in 2014.
-  <p>
-    <strong>mmCIF and Jalview</strong> <br />Since Jalview 2.10, mmCIF
-    is used for structures downloaded from the PDB. This means:
-  </p>
-  <ol>
-    <li>Jalview can use the mmCIF to read structures that are too
-      large to be represented by a single PDB file. (ie, with more than
-      >62 chains and/or 99999 ATOM records).</li>
-    <li>Jalview users will have access to the richer annotation
-      provided by PDBx/mmCIF files.</li>
-    <li>There may be slight differences between sequences
-      containing modified residues for structures downloaded in mmCIF
-      format. This is because mmCIF differs from the PDB format in the
-      way it describes non-standard sequence data.</li>
-  </ol>
-
-  <em>Support for importing 3D structure data from flat file and
-    EMBL-PDBe as mmCIF was added in Jalview 2.10</em>
-</body>
-</html>