git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-1620 version bump and release notes
[jalview.git] / help / html / features / pdbviewer.html
diff --git a/help/html/features/pdbviewer.html b/help/html/features/pdbviewer.html
index 9e1e6e5..2bfaeb6 100755 (executable)
--- a/help/html/features/pdbviewer.html
+++ b/help/html/features/pdbviewer.html
@@ -1,13 +1,41 @@
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head>
 <title>PDB Viewer</title>
 </head>
 <body>
+<p><strong>The Jalview internal PDB Viewer</strong><br>
+Since Jalview 2.3, the <a href="jmol.html">Jmol PDB Viewer</a> is
+the main method for <a href="viewingpdbs.html">viewing PDB
+structures</a>. The documentation below concerns the original Jalview
+PDB viewer, which is only used in situations where Jmol is unavailable
+or cannot operate.</p>
 <p><strong>The PDB Viewer Window</strong>
 <p>This interactive structure viewing window is opened by selecting
-the <strong>&quot;Sequence&#8594;View PDB entry:&quot;</strong> entry in
-the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence id pop-up menu</a>. This
-can only be done for sequences which have an <a href="viewingpdbs.html">associated
+entries from the <strong>&quot;Structure&#8594;&quot;</strong> submenu
+               of the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence
+                       id pop-up menu</a>. The internal PDB viewer is not able to show
+               superpositions, so no other options are provided. Structures can only
+               be viewed for sequences which have an <a href="viewingpdbs.html">associated
 PDB structure</a>, and the PDB Viewer will only be associated with the
 particular alignment view from which it was opened.</p>
 <p><strong>Controls</strong></p>