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[jalview.git] / help / html / features / pdbviewer.html
index 97471a2..f22424a 100755 (executable)
@@ -1,14 +1,38 @@
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->
 <head>
 <title>PDB Viewer</title>
 </head>
 <body>
+<p><strong>The Jalview internal PDB Viewer</strong><br>
+Since Jalview 2.3, the <a href="jmol.html">Jmol PDB Viewer</a> is
+the main method for <a href="viewingpdbs.html">viewing PDB
+structures</a>. The documentation below concerns the original Jalview
+PDB viewer, which is only used in situations where Jmol is unavailable
+or cannot operate.</p>
 <p><strong>The PDB Viewer Window</strong>
 <p>This interactive structure viewing window is opened by selecting
 the <strong>&quot;Sequence&#8594;View PDB entry:&quot;</strong> entry in
 the <a href="../menus/popupMenu.html">sequence id pop-up menu</a>. This
 can only be done for sequences which have an <a href="viewingpdbs.html">associated
-PDB structure</a>.</p>
+PDB structure</a>, and the PDB Viewer will only be associated with the
+particular alignment view from which it was opened.</p>
 <p><strong>Controls</strong></p>
 <p>The structure is rendered as an alpha-carbon trace. Moving the
 mouse over the structure brings up tooltips with a residue name and PDB
@@ -121,9 +145,9 @@ and alpha carbon location.</p>
                <li><strong>Show All Chains<br>
                </strong><em> When turned on, shows all chains in the PDB file, not just
                the one associated with a sequence in the alignment window.</em></li>
-               <li><strong>Associate View</strong><br>
+               <!--  NOT YET IMPLEMENTED <li><strong>Associate View</strong><br>
                Change which view on the associated sequence's alignment is to be
-               associated with the PDB viewer.
+               associated with the PDB viewer.-->
        </ul>
        </li>
 </ul>