git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Modified for 2.08
[jalview.git] / help / html / features / seqfeatures.html
diff --git a/help/html/features/seqfeatures.html b/help/html/features/seqfeatures.html
index 2d8bce6..07b36e1 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfeatures.html
+++ b/help/html/features/seqfeatures.html
@@ -1,16 +1,17 @@
 <html>\r
 <head><title>Sequence Features</title></head>\r
 <body>\r
-<p><strong>View&#8594;Sequence Features</strong></p>\r
+<p><strong>View&#8594;Fetch Sequence Features</strong></p>\r
 <p>When this option is selected, sequence features extracted from the <a href="http://www.ebi.uniprot.org/">Uniprot</a> \r
   record for each sequence are displayed on the alignment.</p>\r
 <p>Jalview will attempt to retrieve sequence features from Uniprot files using \r
   the EBI dbFetch web service using the given sequence names. A 100% match with \r
   the Uniprot record is required to view the Sequence Features.</p>\r
-<p>More information about the feature is given in a tooltip, which is\r
-  viewed by moving the mouse pointer over a sequence feature. The\r
-  description associated with the feature will then be displayed in a small\r
-  label near the pointer.</p>\r
+<p>More information about the feature is given in a tooltip, which is viewed by \r
+  moving the mouse pointer over a sequence feature. The description associated \r
+  with the feature will then be displayed in a small label near the pointer.</p>\r
+<p><strong>View&#8594;Show Sequence Features</strong></p>\r
+<p>Select whether to view the sequence features added to this alignment or not.</p>\r
 <p><strong>View&#8594;Feature Settings...</strong>\r
 <p>Once sequence features have been loaded onto an alignment features can be hidden \r
   or have their rendering priority changed using the Feature Settings dialog. \r
@@ -49,10 +50,14 @@
   sequence and a Uniprot record was identified, but the sequence name\r
   must be manually changed (by right clicking on the sequence ID and selecting\r
   <strong>Sequence&#8594;Edit Name</strong>), before Jalview will show its sequence\r
-  features.<ul>\r
-  <li>remember to save your alignment if you have updated any of the\r
-  sequence IDs!\r
-  </li>\r
-  </ul></p>\r
+  features.\r
+<ul>\r
+  <li>remember to save your alignment if you have updated any of the sequence \r
+    IDs! </li>\r
+</ul>\r
+<p>Precalculated Sequence Features may be added to an alignment from the command \r
+  line, drag and drop, or from the &quot;File-&gt;Load Features / Annotations&quot; \r
+  menu item. See the <a href="featuresFormat.html">Features File Format</a> for \r
+  more details.</p>\r
 </body>\r
 </html>\r