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[jalview.git] / help / html / features / seqfetch.html
diff --git a/help/html/features/seqfetch.html b/help/html/features/seqfetch.html

index e18e273..d8415c7 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfetch.html
+++ b/help/html/features/seqfetch.html
@@ -16,3 +16,36 @@
   * 
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  -->
+<head><title>Sequence Fetcher</title></head>
+<body>
+<p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
+<p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
+WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
+<img src="seqfetcher.gif" align="center" alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
+<p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot; 
+  menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
+  alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment
+  to import additional sequences. Please note, there will be a short delay when the sequence fetcher is first opened, 
+  whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources from the 
+  currently defined DAS server registry.</strong>
+</p>
+<p>First, select the database you want to retrieve sequences from. Then, enter
+  one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the 
+  &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
+   Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
+<p>
+  If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
+  specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB
+  id. For example :<br><pre> 1GAQ:A</pre><br>When retrieving from DAS sequence sources,
+  coordinate range arguments can be passed to the server using the standard DAS 
+  sequence command format (<strong>:&lt;start&gt;,&lt;end&gt;</strong>)</p>
+<p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL, Uniprot, PDB and PFAM)
+   in work for publication, please cite:</p>
+<p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar 
+  S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R. <br>
+  SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.<br>
+  Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005) <br>
+  <br>
+  </p>
+</body>
+</html>