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[jalview.git] / help / html / features / seqfetch.html
diff --git a/help/html/features/seqfetch.html b/help/html/features/seqfetch.html

index b14f0dc..e18e273 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfetch.html
+++ b/help/html/features/seqfetch.html
@@ -15,37 +15,4 @@
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
---!>
-<head><title>Sequence Fetcher</title></head>
-<body>
-<p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
-<p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
-WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
-<img src="seqfetcher.gif" align="center" alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
-<p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot; 
-  menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
-  alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment
-  to import additional sequences. Please note, there will be a short delay when the sequence fetcher is first opened, 
-  whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources from the 
-  currently defined DAS server registry.</strong>
-</p>
-<p>First, select the database you want to retrieve sequences from. Then, enter
-  one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the 
-  &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
-   Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
-<p>
-  If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
-  specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB
-  id. For example :<br><pre> 1GAQ:A</pre><br>When retrieving from DAS sequence sources,
-  coordinate range arguments can be passed to the server using the standard DAS 
-  sequence command format (<strong>:&lt;start&gt;,&lt;end&gt;</strong>)</p>
-<p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL, Uniprot, PDB and PFAM)
-   in work for publication, please cite:</p>
-<p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar 
-  S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R. <br>
-  SOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.<br>
-  Nucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005) <br>
-  <br>
-  </p>
-</body>
-</html>
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