git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
help documentation for Jalview 2.7
[jalview.git] / help / html / webServices / clustalw.html
diff --git a/help/html/webServices/clustalw.html b/help/html/webServices/clustalw.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 81ccc4e..0000000
--- a/help/html/webServices/clustalw.html
+++ /dev/null
@@ -1,46 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
-<head><title>ClustalW Alignment</title></head>
-<body>
-<p><strong>ClustalW Alignments</strong></p>
-<p>ClustalW is a program for multiple sequence alignment. It works
-with both DNA and protein sequences, and can also perform profile
-profile alignments to align two or more multiple sequence
-alignments.</p>
-<p>
-Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) <br>
-CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple
-sequence alignment through sequence weighting, position specific gap
-penalties and weight matrix choice.<br>
-<em>Nucleic Acids Research</em> <strong>22</strong> 4673-4680
-</p>
-<p>There are two versions of this alignment function, which will operate
-on the selected region, if any, or the whole sequence set:</p>
-<ul>
-  <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
-    Aligns using the clustalW program, ignoring any gaps in the submitted sequence 
-    set. </li>
-  <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Mulitple Sequence Alignment 
-    Realign </strong><br>
-    Submits the sequences with existing gaps to clustalW, which will preserve 
-    existing gaps and re-align those regions which are not optimal. </li>
-</ul>
-<em>As of Jalview 2.6, alignment services accessed via the 'Alignment' submenu should be considered legacy Jalview SOAP services.</em>
-</body>
-</html>