get the html header comment right!
[jalview.git] / help / html / webServices / clustalw.html
index 73cf971..e18e273 100755 (executable)
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
---!>
-<head><title>ClustalW Alignment</title></head>
-<body>
-<p><strong>ClustalW Alignments</strong></p>
-<p>ClustalW is a program for multiple sequence alignment. It works
-with both DNA and protein sequences, and can also perform profile
-profile alignments to align two or more multiple sequence
-alignments.</p>
-<p>
-Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) <br>
-CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple
-sequence alignment through sequence weighting, position specific gap
-penalties and weight matrix choice.<br>
-<em>Nucleic Acids Research</em> <strong>22</strong> 4673-4680
-</p>
-<p>There are two versions of this alignment function, which will operate
-on the selected region, if any, or the whole sequence set:</p>
-<ul>
-  <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
-    Aligns using the clustalW program, ignoring any gaps in the submitted sequence 
-    set. </li>
-  <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Mulitple Sequence Alignment 
-    Realign </strong><br>
-    Submits the sequences with existing gaps to clustalW, which will preserve 
-    existing gaps and re-align those regions which are not optimal. </li>
-</ul>
-</body>
-</html>
+-->