JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...
[jalview.git] / help / html / webServices / index.html
diff --git a/help/html/webServices/index.html b/help/html/webServices/index.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 8f36013..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,89 +0,0 @@
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3
- * of the License, or (at your option) any later version.
- *  
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<html>
-<head>
-<title>Web Services</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>Web services</strong>
-  </p>
-
-  <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
-    bioinformatic data retrieval and analysis.
-  <ul>
-    <li>The <a href="../features/seqfetch.html">Sequence
-        Fetcher</a> utilises web services for sequence, alignment and
-      structure retrieval provided by the European Bioinformatics
-      Institute (EBI) and Distributed Annotation System servers that are
-      capable of serving sequences.
-    </li>
-               <li>The <a href="dbreffetcher.html">Database Reference
-                               Fetcher</a> transfers database references and annotation from the public
-                       sequence databases.
-               </li>
-               <li>The <strong>Web Services</strong> menu in each alignment
-      window also provides access to the following:
-      <ul>
-        <li>Programs for <a href="msaclient.html">multiple
-            sequence alignment</a>, made available <em>via</em> <a
-          href="JABAWS.html">Java Bioinformatic Analysis
-            Web Service (JABAWS)</a> servers.
-        </li>
-        <li>Jalview SOAP Web Services for <a href="jnet.html">secondary
-            structure prediction</a> based at the University of Dundee.
-        </li>
-        <li>Services for alignment analysis, such as <a
-          href="shmr.html">Multi-Harmony</a>.
-      </ul>
-      <p>
-        <strong>Web Service Dialog Box</strong>
-      </p> <img src="clwqueued.gif">
-      <p>This dialog box is displayed when a web service job is
-        submitted. It gives the name of the service and any method
-        citation information, and monitors the progress of the
-        calculation. The cancel button will permanently cancel the job,
-        but this is only possible for some services.</p> The <a
-      href="webServicesPrefs.html">Web Services Preference
-        panel</a> controls the display and appearance of the submission and
-      analysis services in the <strong>Web Services</strong> menu.
-    </li>
-    <li>If Jalview encounters problems accessing any services, it
-      may display a <a href="webServicesPrefs.html#wswarnings">warning
-        dialog box</a> (this can be turned off using the web services
-      preferences tab).
-    </li>
-  </ul>
-  </p>
-  <p>
-    <strong>More about Jalview's Web Services</strong> <br>
-    Jalview's distributed computations utilise <a
-      href="http://en.wikipedia.org/wiki/SOAP">SOAP</a> and <a
-      href="http://en.wikipedia.org/wiki/Representational_State_Transfer">REST</a>
-    web services exposing sequence alignment, analysis, and secondary
-    structure prediction programs. Originally, Jalview 2's services were
-    maintained by the Barton group at the University of Dundee, and ran
-    programs on the Life Sciences High-performance Computing Cluster.
-    With the advent of <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS</a>,
-    however, it is possible for anyone to host Jalview web services.
-  </p>
-</body>
-</html>