JAL-1645 yet more documentation tweaks
[jalview.git] / help / html / webServices / jnet.html
index cf914d3..0f64115 100755 (executable)
 </head>
 <body>
 <strong>JNet Secondary Structure Prediction</strong>
-<p>Secondary structure prediction methods attempts to infer the
-likely secondary structure for a protein based on its amino acid
-composition and similarity to sequences with known secondary structure.
-The JNet method uses several different neural networks and decides on
-the most likely prediction via a jury network. <br>
-<ul>
+<p>
+    Secondary structure prediction methods attempts to infer the likely
+    secondary structure for a protein based on its amino acid
+    composition and similarity to sequences with known secondary
+    structure. The most recent version of the method, JPred4, employs a
+    series of neural networks trained to predict different secondary
+    structure types from a sequence profile, and when necessary, employs
+    a jury network to identify the most likely secondary structure
+    prediction.<br><ul><li>Drozdetskiy A, Cole C, Procter J & Barton GJ. (2015)<br/>
+JPred4: a protein secondary structure prediction server<br/>
+<em>Nucleic Acids Research</em>, <strong>Web Server issue</strong> (first published 15th April 2015)<br/>
+<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332">http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv332</a>
+  </li>
        <li>Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3
        secondary structure prediction server <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>36</strong>
        W197-W201</li>