git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
documentation
[jalview.git] / help / html / webServices / mafft.html
diff --git a/help/html/webServices/mafft.html b/help/html/webServices/mafft.html
index 34ee58b..4ee0237 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/mafft.html
+++ b/help/html/webServices/mafft.html
@@ -1,13 +1,18 @@
 <html>\r
-<head><title>MAFFT Alignment</title></head>\r
+<head><title>MAFFT Multiple Sequence Alignments</title></head>\r
 <body>\r
-<p><strong>MAFFT Alignments</strong></p>\r
-<p>MAFFT is a program for the alignment of many protein sequences.</p>\r
+<p><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignments</strong></p>\r
 <p> Katoh, K., K. Kuma, K., Toh, H., and Miyata, T. (2005) &quot;MAFFT version \r
   5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment.&quot; Nucleic Acids \r
   Research, 33 511-518</p>\r
-<p> This alignment method is applied to the selected region, if any, or the whole \r
-  sequence set when the <strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;MAFFT Multiple \r
-  Sequence Alignment</strong> menu item is selected. </p>\r
+<p>MAFFT is a program for the multiple alignment of nucleic acid or protein\r
+sequences, and is available from the <strong>Web\r
+Service&#8594;Alignment&#8594;MAFFT Multiple Sequence\r
+Alignment</strong> entry in the web services menu.</p>\r
+<p>MAFFT utilizes algorithms for spectral correlation to identify\r
+homologous regions in a fast-fourier transform representation of each\r
+sequence. The Jalview web service runs MAFFT using the\r
+'--auto' option which picks optimal parameters\r
+for the set of sequences to be aligned.</p>\r
 </body>\r
 </html>\r