Modified for 2.08
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index 7bc6de4..5a3ed19 100755 (executable)
@@ -2,28 +2,32 @@
 <head><title>What's new ?</title></head>\r
 <body>\r
 <p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
-<p>Jalview Version 2.07 </p>\r
-<p><a href="features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a> has been added to quickly\r
-  retrieve sequences with known ids from several databases.</p>\r
-<p><a href="features/seqfeatures.html">Sequence Features enhanced</a> to allow\r
-  the user to display all features of a Uniprot file on the alignment and subsequently\r
-  colour, hide or show overlapping features. </p>\r
-<p><a href="io/fileformats.html">Choose to omit /start-end from sequences when\r
-  saving files.</a> This is important for saving files to be used by some programs\r
-  which cannot read the original Jalview sequence output with the appended /start-end.</p>\r
-<p><a href="features/pdbviewer.html">PDB structure viewer enhanced</a>. Mapping\r
-  between sequence and structure has been enhanced, colours on the alignment are\r
-  reflected in the structure viewer.</p>\r
-<p><a href="http://www.jalview.org/examples/applets.html">Jalview Applet can read\r
-  in feature files, PDB files be used as input to HTML form</a> See the website\r
-  to find out the new parameters available for the Applet Version of Jalview.</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
+<p>Jalview Version 2.08</p>\r
+<p> <a href="editing/index.html">Editing</a> can be locked to selection area. \r
+  Any edits made within the locked area do not affect the rest of the alignment.</p>\r
+<p> Keyboard editing - press F2 to toggle Cursor mode On / Off. For a full list \r
+  of keyboard controls, look <a href="keys.html">here</a>.</p>\r
+<p> <a href="features/search.html">Create sequence features from Searches</a>. \r
+  Previously results from searches were added as alignment positions, which was \r
+  wrong. Now the search results are saved as sequence features and their visibility \r
+  and colour can be modified using the <a href="features/seqfeatures.html">Sequence \r
+  Feature Settings</a> window.</p>\r
+<p> Precalculated annotations can be loaded onto alignments. The <a href="features/annotationsFormat.html">Annotation \r
+  File</a> format is a tab delimited set of values.</p>\r
+<p> <a href="features/featuresFormat.html">Features file</a> allows grouping of \r
+  features. The <a href="features/seqfeatures.html">Sequence Feature Settings</a> \r
+  window then makes it very easy to set the visibility of groups of features. \r
+</p>\r
+<p> <a href="colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a> \r
+  scheme added. A new colour scheme which colours columns on a per-column value.</p>\r
+<p> Smooth fonts off by default - Faster rendering. Toggle on / off from the View \r
+  menu, or can be set in Preferences.</p>\r
+<p> Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off from the Calculate menu.<br>\r
+</p>\r
 <p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<p>Group Editing is possible with Control and mouse click. Alt key and mouse press\r
-  does not work as this translates as the middle mouse button, which since 2.04\r
-  is now used to scroll the alignment and change the font size. </p>\r
-<p>HTML export now writes groups and features which were previously missing.</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
+<p> Drag &amp; Drop fixed on Linux</p>\r
+<p> Jalview Archive file faster to load/save, sequence descriptions saved.<br>\r
+</p>\r
 <p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
   new features and resolved issues. </p>\r
 </body>\r