JAL-2859 release notes
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index 003ba8b..0382f22 100755 (executable)
@@ -1,37 +1,66 @@
-<html>\r
-<head>\r
-<title>What's new ?</title>\r
-</head>\r
-<body>\r
-<p><strong>What's new ?</strong></p>\r
-\r
-<p><strong>Jalview Version 2.3</strong></p>\r
-<ul>\r
-  Jmol 11.0.2 integration<br>\r
-  PDB views stored in Jalview XML files<br>\r
-  Slide sequences<br>\r
-  Edit sequence in place<br>\r
-  EMBL CDS features<br>\r
-  DAS Feature mapping<br>\r
-  Feature ordering<br>\r
-  Alignment Properties<br>\r
-  Annotation Scores<br>\r
-  Sort by scores<br>\r
-  Feature/annotation editing in applet<br>\r
-</ul>\r
-<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<ul>\r
-  Headless state operation in 2.2.1 <br>\r
-  Incorrect and unstable DNA pairwise alignment <br>\r
-  Cut and paste of sequences with annotation <br>\r
-  Feature group display state in XML<br>\r
-  Feature ordering in XML<br>\r
-  2.2.1 applet had no feature transparency<br>\r
-  Number pad keys can be used in cursor mode<br>\r
-  Structure Viewer mirror image resolved</p>\r
-  </ul>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for\r
-details of all new features and resolved issues.</p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>What's new ?</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>What's new in Jalview 2.10.3b1 ?</strong>
+  </p>
+  <p>
+    This release - Jalview 2.10.3b1 is the January 2018 patch release for Version 2.10.3 was released in November 2017. The major focus was to
+    improve Jalview's sequence features datamodel and the scalability of
+    the alignment rendering system. The bugs fixed in this release can be found in the <a href="releases.html#Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1
+      Release Notes</a>.
+  </p>
+  <p>The highlights for Jalview 2.10.3 include:
+  </p>
+  <ul>
+    <li>Faster and more responsive UI when importing and working
+      with wide alignments and handling hundreds and thousands of
+      sequence features</li>
+    <li>Improved usability with <a
+      href="features/pdbsequencefetcher.html">PDB</a> and <a
+      href="features/uniprotsequencefetcher.html">UniProt</a> Free Text
+      Search dialog, and new tab for retrieval of sequences for lists of
+      IDs.
+    </li>
+    <li>Short names assigned to sequences retrieved from UniProt</li>
+    <li>Groovy console upgraded to 2.4.12 (improved support for Java 9)</li>
+  </ul>
+  <p>
+    <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
+  </p>
+  <p>
+    Remember, please enable the <em>Experimental Features</em> option in
+    the Jalview Desktop's <em>Tools</em> menu, and then restart Jalview
+    if you want to try out features below:
+  </p>
+  <ul>
+    <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
+      <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
+        the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
+      be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
+  </ul>
+  
+</body>
+</html>