JAL-2316 Changes following review.
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
index 8739d74..295dec4 100644 (file)
@@ -126,6 +126,7 @@ action.colour = Colour
 action.calculate = Calculate
 action.select_all = Select all
 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
+tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
 action.deselect_all = Deselect all
 action.invert_selection = Invert selection
 action.using_jmol = Using Jmol
@@ -138,7 +139,8 @@ action.view_flanking_regions = Show flanking regions
 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
 label.structures_manager = Structures Manager
 label.nickname = Nickname:
-label.url = URL:
+label.url = URL
+label.url\: = URL:
 label.input_file_url = Enter URL or Input File
 label.select_feature = Select feature
 label.name = Name
@@ -383,8 +385,8 @@ label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation =
 label.translation_failed = Translation Failed
 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
 label.implementation_error  = Implementation error:
-label.automatically_associate_pdb_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} PDB files with sequences in the alignment that have the same name?
-label.automatically_associate_pdb_files_by_name = Automatically Associate PDB files by name
+label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
+label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
 label.view_name_original = Original
@@ -410,7 +412,6 @@ label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas ses
 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
 label.url_not_found = URL not found
-label.no_link_selected = No link selected
 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
@@ -788,9 +789,9 @@ label.hide_columns_containing = Hide columns containing
 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
-label.use_sequence_id_1 = Use $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/<regex>/=$
-label.use_sequence_id_2 = to embed sequence id in URL
-label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_NAME$ similarly to embed sequence name
+label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
+label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
+label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
 label.use_sequence_id_4 = 
 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
 label.switch_server = Switch server
@@ -1145,7 +1146,7 @@ warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotatio
 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
-warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$ or a regex $SEQUENCE_ID=/<regex>/=$
+warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
@@ -1269,3 +1270,23 @@ status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
 label.column = Column
 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
 label.operation_failed = Operation failed
+label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
+label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
+label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
+label.do_not_display_again = Do not display this message again
+exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
+exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
+label.filter = Filter text:
+action.customfilter = Custom only
+action.showall = Show All
+label.insert = Insert:
+action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
+action.db_acc = $DB_ACCESSION$
+label.primary = On Click
+label.inmenu = In Menu
+label.id = ID
+label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
+label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
+warn.name_cannot_be_duplicate = URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
+label.invalid_name = Invalid Name !
+label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
\ No newline at end of file