JAL-2069 update spike branch with latest
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
index a24e768..35ead5e 100644 (file)
@@ -283,7 +283,6 @@ label.sequence = Sequence
 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
 label.min = Min:
 label.max = Max:
-label.colour_by_label = Colour by label
 label.new_feature = New Feature
 label.match_case = Match Case
 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
@@ -490,6 +489,10 @@ label.settings_for_type = Settings for {0}
 label.view_full_application = View in Full Application
 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
+label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
+label.load_vcf_file = Load VCF File
+label.searching_vcf = Loading VCF variants...
+label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
 label.export_features = Export Features...
 label.export_annotations = Export Annotations...
 label.to_upper_case = To Upper Case
@@ -528,7 +531,7 @@ label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
 label.adjust_threshold = Adjust threshold
 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
-label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
+label.colour_by_label_tip = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
 label.open_url_param = Open URL {0}
@@ -745,7 +748,6 @@ label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
 label.sequences_updated = Sequences updated
 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
-label.show_all_chains = Show all chains
 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
 label.paste_new_window = Paste To New Window
 label.settings_for_param = Settings for {0}
@@ -914,7 +916,6 @@ label.as_percentage = As Percentage
 error.not_implemented = Not implemented
 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
-error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
@@ -1283,7 +1284,6 @@ label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB access
 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
 label.do_not_display_again = Do not display this message again
-exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
 label.filter = Filter text:
 action.customfilter = Custom only
@@ -1298,9 +1298,10 @@ label.database = Database
 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
-label.invalid_name = Invalid Name !
 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
 label.urllinks = Links
+label.default_cache_size = Default Cache Size
+action.clear_cached_items = Clear Cached Items
 label.togglehidden = Show hidden regions
 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
@@ -1311,3 +1312,40 @@ label.occupancy_descr = Number of aligned positions
 label.show_experimental = Enable experimental features
 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
+label.overview_settings = Overview settings
+label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
+label.gap_colour = Gap colour:
+label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
+label.hidden_colour = Hidden colour:
+label.select_gap_colour = Select gap colour
+label.select_hidden_colour = Select hidden colour
+label.overview = Overview
+label.reset_to_defaults = Reset to defaults
+label.oview_calc = Recalculating overview...
+label.feature_details = Feature details
+label.matchCondition_contains = Contains
+label.matchCondition_notcontains = Does not contain
+label.matchCondition_matches = Matches
+label.matchCondition_notmatches = Does not match
+label.matchCondition_eq = =
+label.matchCondition_ne = not =
+label.matchCondition_lt = <
+label.matchCondition_le = <=
+label.matchCondition_gt = >
+label.matchCondition_ge = >=
+label.numeric_required = The value should be numeric
+label.no_attributes = No attributes known
+label.no_numeric_attributes = No numeric attributes known
+label.filters = Filters
+label.match_condition = Match condition
+label.join_conditions = Join conditions with
+label.feature_to_filter = Feature to filter
+label.colour_by_value = Colour by value
+label.colour_by_text = Colour by text
+label.score = Score
+label.attribute = Attribute
+label.colour_by_label = Colour by label
+label.variable_colour = Variable colour
+label.no_colour = No colour:
+label.select_no_value_colour = Select colour when no value
+label.select_new_colour = Select new colour