Merge branch 'Release_2_8_1_Branch' into JAL-1372_referenceseq
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
index 80f82cf..7edc787 100644 (file)
@@ -57,6 +57,8 @@ action.by_pairwise_id = by Pairwise Identity
 action.by_id = by Id\r
 action.by_length = by Length\r
 action.by_group = by Group\r
+action.unmark_as_reference = Unmark as Reference \r
+action.set_as_reference = Set as Reference \r
 action.remove = Remove\r
 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...\r
 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignments...\r
@@ -132,6 +134,9 @@ action.group_link = Group Links
 action.show_chain = Show Chain\r
 action.show_group = Show Group\r
 action.fetch_db_references = Fetch DB References\r
+action.edit = Edit\r
+action.view_flanking_regions = Show flanking regions\r
+label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment\r
 label.str = Str:\r
 label.seq = Seq:\r
 label.structures_manager = Structures Manager\r
@@ -162,6 +167,15 @@ label.redo_command = Redo {0}
 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis\r
 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity\r
 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity\r
+label.treecalc_title = {0} Using {1}\r
+label.tree_calc_av = Average Distance\r
+label.tree_calc_nj = Neighbour Joining\r
+label.select_score_model = Select score model\r
+label.score_model_pid = % Identity\r
+label.score_model_blosum62 = BLOSUM62\r
+label.score_model_pam250 = PAM 250\r
+label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation\r
+label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation\r
 label.status_bar = Status bar\r
 label.out_to_textbox = Output to Textbox\r
 label.clustalx = Clustalx\r
@@ -291,7 +305,7 @@ label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in
 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.\r
 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.\r
 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file\r
-label.source_to_target = {0} to '{1}'\r
+label.source_to_target = {0} ... {1}\r
 label.per_sequence_only= Per-sequence only\r
 label.to_file = to File\r
 label.to_textbox = to Textbox\r
@@ -407,8 +421,8 @@ label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
 label.user_defined_colours = User defined colours\r
 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}\r
 label.jaview_build_date = Build date: {0}\r
-label.jalview_authors_1 = Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Jan Engelhardt, Lauren Lui,\r
-label.jalview_authors_2 = Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.\r
+label.jalview_authors_1 = Authors: :  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Lauren Lui, Jan Engelhardt, Natasha Sherstnev,\r
+label.jalview_authors_2 = Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.\r
 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.\r
 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list\r
 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:\r
@@ -433,6 +447,7 @@ label.calculating_tree = Calculating tree
 label.state_queueing = queuing\r
 label.state_running = running\r
 label.state_complete = complete\r
+label.state_completed = finished\r
 label.state_job_cancelled = job cancelled!!\r
 label.state_job_error = job error!\r
 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)\r
@@ -615,6 +630,8 @@ label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group.\r
 label.view_structure_for = View structure for {0}\r
 label.view_all_structures = View all {0} structures.\r
+label.view_all_representative_structures = View all {0} representative structures.\r
+label.open_new_jmol_view_with_all_representative_structures_associated_current_selection_superimpose_using_alignment = "Opens a new Jmol view with all representative structures\nassociated with the current selection\nsuperimposed with the current alignment."\r
 label.associate_structure_with_sequence = Associate Structure with Sequence\r
 label.from_file = from file\r
 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id\r
@@ -670,7 +687,6 @@ label.case_sensitive = Case Sensitive
 label.lower_case_colour = Lower Case Colour\r
 label.index_by_host = Index by host\r
 label.index_by_type = Index by type\r
-label.enable_enfin_services = Enable Enfin Services\r
 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services\r
 label.display_warnings = Display warnings\r
 label.move_url_up = Move URL up\r
@@ -682,7 +698,7 @@ label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified agai
 label.sequence_names_updated = Sequence names updated\r
 label.dbref_search_completed = DBRef search completed\r
 label.show_all_chains = Show all chains\r
-label.fetch_all_param = Fetch all '{0}'\r
+label.fetch_all_param = Fetch all {0}\r
 label.paste_new_window = Paste To New Window\r
 label.settings_for_param = Settings for {0}\r
 label.view_params = View {0}\r
@@ -719,4 +735,8 @@ label.example_query_param = Example query: {0}
 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility\r
 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues\r
 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1):W25-W28 (2005));\r
-label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
\ No newline at end of file
+label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
+label.select_columns_containing = Select columns containing\r
+label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain\r
+option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences\r
+label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.\r