git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-2416 allow alphabet symbol (optional) in first column of score table
[jalview.git] / resources / scoreModel / blosum62.scm
diff --git a/resources/scoreModel/blosum62.scm b/resources/scoreModel/blosum62.scm
index 3df8833..c7af6b0 100644 (file)
--- a/resources/scoreModel/blosum62.scm
+++ b/resources/scoreModel/blosum62.scm
@@ -5,38 +5,39 @@ ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX *
 # The first line declares a ScoreMatrix with the name BLOSUM62 (shown in menus)
 # The second line gives the symbols for which scores are held in the matrix
 # These may include a space (but not as the first or last character)
-# Scores are not case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
 #
+# Scores are not symbol case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
+# The 'guide symbol' at the start of each row of score values is optional
 #
-# Comment line with symbols is provided as a guide
+# Comment header line with symbols is provided as a guide
 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
 #
 #      A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X           *
 #
-       4       -1      -2      -2      0       -1      -1      0       -2      -1      -1      -1      -1      -2      -1      1       0       -3      -2      0       -2      -1      0       -4 -4
-       -1      5       0       -2      -3      1       0       -2      0       -3      -2      2       -1      -3      -2      -1      -1      -3      -2      -3      -1      0       -1      -4 -4
-       -2      0       6       1       -3      0       0       0       1       -3      -3      0       -2      -3      -2      1       0       -4      -2      -3      3       0       -1      -4 -4
-       -2      -2      1       6       -3      0       2       -1      -1      -3      -4      -1      -3      -3      -1      0       -1      -4      -3      -3      4       1       -1      -4 -4
-       0       3       -3      -3      9       -3      -4      -3      -3      -1      -1      -3      -1      -2      -3      -1      -1      -2      -2      -1      -3      -3      -2      -4 -4
-       -1      1       0       0       -3      5       2       -2      0       -3      -2      1       0       -3      -1      0       -1      -2      -1      -2      0       3       -1      -4 -4
-       -1      0       0       2       -4      2       5       -2      0       -3      -3      1       -2      -3      -1      0       -1      -3      -2      -2      1       4       -1      -4 -4
-       0       -2      0       -1      -3      -2      -2      6       -2      -4      -4      -2      -3      -3      -2      0       -2      -2      -3      -3      -1      -2      -1      -4 -4
-       -2      0       1       -1      -3      0       0       -2      8       -3      -3      -1      -2      -1      -2      -1      -2      -2      2       -3      0       0       -1      -4 -4
-       -1      -3      -3      -3      -1      -3      -3      -4      -3      4       2       -3      1       0       -3      -2      -1      -3      -1      3       -3      -3      -1      -4 -4
-       -1      -2      -3      -4      -1      -2      -3      -4      -3      2       4       -2      2       0       -3      -2      -1      -2      -1      1       -4      -3      -1      -4 -4
-       -1      2       0       -1      -3      1       1       -2      -1      -3      -2      5       -1      -3      -1      0       -1      -3      -2      -2      0       1       -1      -4 -4
-       -1      -1      -2      -3      -1      0       -2      -3      -2      1       2       -1      5       0       -2      -1      -1      -1      -1      1       -3      -1      -1      -4 -4
-       -2      -3      -3      -3      -2      -3      -3      -3      -1      0       0       -3      0       6       -4      -2      -2      1       3       -1      -3      -3      -1      -4 -4
-       -1      -2      -2      -1      -3      -1      -1      -2      -2      -3      -3      -1      -2      -4      7       -1      -1      -4      -3      -2      -2      -1      -2      -4 -4
-       1       -1      1       0       -1      0       0       0       -1      -2      -2      0       -1      -2      -1      4       1       -3      -2      -2      0       0       0       -4 -4
-       0       -1      0       -1      -1      -1      -1      -2      -2      -1      -1      -1      -1      -2      -1      1       5       -2      -2      0       -1      -1      0       -4 -4
-       -3      -3      -4      -4      -2      -2      -3      -2      -2      -3      -2      -3      -1      1       -4      -3      -2      11      2       -3      -4      -3      -2      -4 -4
-       -2      -2      -2      -3      -2      -1      -2      -3      2       -1      -1      -2      -1      3       -3      -2      -2      2       7       -1      -3      -2      -1      -4 -4
-       0       -3      -3      -3      -1      -2      -2      -3      -3      3       1       -2      1       -1      -2      -2      0       -3      -1      4       -3      -2      -1      -4 -4
-       -2      -1      3       4       -3      0       1       -1      0       -3      -4      0       -3      -3      -2      0       -1      -4      -3      -3      4       1       -1      -4 -4
-       -1      0       0       1       -3      3       4       -2      0       -3      -3      1       -1      -3      -1      0       -1      -3      -2      -2      1       4       -1      -4 -4
-       0       -1      -1      -1      -2      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -2      0       0       -2      -1      -1      -1      -1      -1      -4 -4
-       -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      1  1
+A      4       -1      -2      -2      0       -1      -1      0       -2      -1      -1      -1      -1      -2      -1      1       0       -3      -2      0       -2      -1      0       -4 -4
+R      -1      5       0       -2      -3      1       0       -2      0       -3      -2      2       -1      -3      -2      -1      -1      -3      -2      -3      -1      0       -1      -4 -4
+N      -2      0       6       1       -3      0       0       0       1       -3      -3      0       -2      -3      -2      1       0       -4      -2      -3      3       0       -1      -4 -4
+D      -2      -2      1       6       -3      0       2       -1      -1      -3      -4      -1      -3      -3      -1      0       -1      -4      -3      -3      4       1       -1      -4 -4
+C      0       3       -3      -3      9       -3      -4      -3      -3      -1      -1      -3      -1      -2      -3      -1      -1      -2      -2      -1      -3      -3      -2      -4 -4
+Q      -1      1       0       0       -3      5       2       -2      0       -3      -2      1       0       -3      -1      0       -1      -2      -1      -2      0       3       -1      -4 -4
+E      -1      0       0       2       -4      2       5       -2      0       -3      -3      1       -2      -3      -1      0       -1      -3      -2      -2      1       4       -1      -4 -4
+G      0       -2      0       -1      -3      -2      -2      6       -2      -4      -4      -2      -3      -3      -2      0       -2      -2      -3      -3      -1      -2      -1      -4 -4
+H      -2      0       1       -1      -3      0       0       -2      8       -3      -3      -1      -2      -1      -2      -1      -2      -2      2       -3      0       0       -1      -4 -4
+I      -1      -3      -3      -3      -1      -3      -3      -4      -3      4       2       -3      1       0       -3      -2      -1      -3      -1      3       -3      -3      -1      -4 -4
+L      -1      -2      -3      -4      -1      -2      -3      -4      -3      2       4       -2      2       0       -3      -2      -1      -2      -1      1       -4      -3      -1      -4 -4
+K      -1      2       0       -1      -3      1       1       -2      -1      -3      -2      5       -1      -3      -1      0       -1      -3      -2      -2      0       1       -1      -4 -4
+M      -1      -1      -2      -3      -1      0       -2      -3      -2      1       2       -1      5       0       -2      -1      -1      -1      -1      1       -3      -1      -1      -4 -4
+F      -2      -3      -3      -3      -2      -3      -3      -3      -1      0       0       -3      0       6       -4      -2      -2      1       3       -1      -3      -3      -1      -4 -4
+P      -1      -2      -2      -1      -3      -1      -1      -2      -2      -3      -3      -1      -2      -4      7       -1      -1      -4      -3      -2      -2      -1      -2      -4 -4
+S      1       -1      1       0       -1      0       0       0       -1      -2      -2      0       -1      -2      -1      4       1       -3      -2      -2      0       0       0       -4 -4
+T      0       -1      0       -1      -1      -1      -1      -2      -2      -1      -1      -1      -1      -2      -1      1       5       -2      -2      0       -1      -1      0       -4 -4
+W      -3      -3      -4      -4      -2      -2      -3      -2      -2      -3      -2      -3      -1      1       -4      -3      -2      11      2       -3      -4      -3      -2      -4 -4
+Y      -2      -2      -2      -3      -2      -1      -2      -3      2       -1      -1      -2      -1      3       -3      -2      -2      2       7       -1      -3      -2      -1      -4 -4
+V      0       -3      -3      -3      -1      -2      -2      -3      -3      3       1       -2      1       -1      -2      -2      0       -3      -1      4       -3      -2      -1      -4 -4
+B      -2      -1      3       4       -3      0       1       -1      0       -3      -4      0       -3      -3      -2      0       -1      -4      -3      -3      4       1       -1      -4 -4
+Z      -1      0       0       1       -3      3       4       -2      0       -3      -3      1       -1      -3      -1      0       -1      -3      -2      -2      1       4       -1      -4 -4
+X      0       -1      -1      -1      -2      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -2      0       0       -2      -1      -1      -1      -1      -1      -4 -4
        -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      1  1
+*      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      1  1
 #
 #      A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       *