git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-2416 use '-' not space for gap in score matrices
[jalview.git] / resources / scoreModel / pam250.scm
diff --git a/resources/scoreModel/pam250.scm b/resources/scoreModel/pam250.scm
index 02903ad..05404d0 100644 (file)
--- a/resources/scoreModel/pam250.scm
+++ b/resources/scoreModel/pam250.scm
@@ -1,41 +1,36 @@
 ScoreMatrix PAM250
-ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX *
+ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX-*
 #
 # The PAM250 substitution matrix
 # The first line declares a ScoreMatrix with the name PAM250 (shown in menus)
-# The second line gives the symbols for which scores are held in the matrix
-# These may include a space (but not as the first or last character)
 # Scores are not case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
-#
-#
-# Header line with symbols is provided as a guide
 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
 #
-#      A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X               *
-       2       -2      0       0       -2      0       0       1       -1      -1      -2      -1      -1      -3      1       1       1       -6      -3      0       0        0      0       -8      -8      
-       -2      6       0       -1      -4      1       -1      -3      2       -2      -3      3       0       -4      0       0       -1      2       -4      -2      -1       0      -1      -8      -8      
-       0       0       2       2       -4      1       1       0       2       -2      -3      1       -2      -3      0       1       0       -4      -2      -2      2        1      0       -8      -8      
-       0       -1      2       4       -5      2       3       1       1       -2      -4      0       -3      -6      -1      0       0       -7      -4      -2      3        3      -1      -8      -8      
-       -2      -4      -4      -5      12      -5      -5      -3      -3      -2      -6      -5      -5      -4      -3      0       -2      -8      0       -2      -4      -5      -3      -8      -8      
-       0       1       1       2       -5      4       2       -1      3       -2      -2      1       -1      -5      0       -1      -1      -5      -4      -2      1        3      -1      -8      -8      
-       0       -1      1       3       -5      2       4       0       1       -2      -3      0       -2      -5      -1      0       0       -7      -4      -2      3        3      -1      -8      -8      
-       1       -3      0       1       -3      -1      0       5       -2      -3      -4      -2      -3      -5      0       1       0       -7      -5      -1      0        0      -1      -8      -8      
-       -1      2       2       1       -3      3       1       -2      6       -2      -2      0       -2      -2      0       -1      -1      -3      0       -2      1        2      -1      -8      -8      
-       -1      -2      -2      -2      -2      -2      -2      -3      -2      5       2       -2      2       1       -2      -1      0       -5      -1      4       -2      -2      -1      -8      -8      
-       -2      -3      -3      -4      -6      -2      -3      -4      -2      2       6       -3      4       2       -3      -3      -2      -2      -1      2       -3      -3      -1      -8      -8      
-       -1      3       1       0       -5      1       0       -2      0       -2      -3      5       0       -5      -1      0       0       -3      -4      -2      1        0      -1      -8      -8      
-       -1      0       -2      -3      -5      -1      -2      -3      -2      2       4       0       6       0       -2      -2      -1      -4      -2      2       -2      -2      -1      -8      -8      
-       -3      -4      -3      -6      -4      -5      -5      -5      -2      1       2       -5      0       9       -5      -3      -3      0       7       -1      -4      -5      -2      -8      -8      
-       1       0       0       -1      -3      0       -1      0       0       -2      -3      -1      -2      -5      6       1       0       -6      -5      -1      -1       0      -1      -8      -8      
-       1       0       1       0       0       -1      0       1       -1      -1      -3      0       -2      -3      1       2       1       -2      -3      -1      0        0       0      -8      -8      
-       1       -1      0       0       -2      -1      0       0       -1      0       -2      0       -1      -3      0       1       3       -5      -3      0       0       -1       0      -8      -8      
-       -6      2       -4      -7      -8      -5      -7      -7      -3      -5      -2      -3      -4      0       -6      -2      -5      17      0       -6      -5      -6      -4      -8      -8      
-       -3      -4      -2      -4      0       -4      -4      -5      0       -1      -1      -4      -2      7       -5      -3      -3      0       10      -2      -3      -4      -2      -8      -8      
-       0       -2      -2      -2      -2      -2      -2      -1      -2      4       2       -2      2       -1      -1      -1      0       -6      -2      4       -2      -2      -1      -8      -8      
-       0       -1      2       3       -4      1       3       0       1       -2      -3      1       -2      -4      -1      0       0       -5      -3      -2      3        2      -1      -8      -8      
-       0       0       1       3       -5      3       3       0       2       -2      -3      0       -2      -5      0       0       -1      -6      -4      -2      2        3      -1      -8      -8      
-       0       -1      0       -1      -3      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -2      -1      0       0       -4      -2      -1      -1      -1      -1      -8      -8      
-       -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8       1   1
-       -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8       1   1
+#      A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       -       *
+A      2       -2      0       0       -2      0       0       1       -1      -1      -2      -1      -1      -3      1       1       1       -6      -3      0       0       0       0       -8      -8
+R      -2      6       0       -1      -4      1       -1      -3      2       -2      -3      3       0       -4      0       0       -1      2       -4      -2      -1      0       -1      -8      -8
+N      0       0       2       2       -4      1       1       0       2       -2      -3      1       -2      -3      0       1       0       -4      -2      -2      2       1       0       -8      -8
+D      0       -1      2       4       -5      2       3       1       1       -2      -4      0       -3      -6      -1      0       0       -7      -4      -2      3       3       -1      -8      -8
+C      -2      -4      -4      -5      12      -5      -5      -3      -3      -2      -6      -5      -5      -4      -3      0       -2      -8      0       -2      -4      -5      -3      -8      -8      
+Q      0       1       1       2       -5      4       2       -1      3       -2      -2      1       -1      -5      0       -1      -1      -5      -4      -2      1       3       -1      -8      -8      
+E      0       -1      1       3       -5      2       4       0       1       -2      -3      0       -2      -5      -1      0       0       -7      -4      -2      3       3       -1      -8      -8      
+G      1       -3      0       1       -3      -1      0       5       -2      -3      -4      -2      -3      -5      0       1       0       -7      -5      -1      0       0       -1      -8      -8      
+H      -1      2       2       1       -3      3       1       -2      6       -2      -2      0       -2      -2      0       -1      -1      -3      0       -2      1       2       -1      -8      -8      
+I      -1      -2      -2      -2      -2      -2      -2      -3      -2      5       2       -2      2       1       -2      -1      0       -5      -1      4       -2      -2      -1      -8      -8      
+L      -2      -3      -3      -4      -6      -2      -3      -4      -2      2       6       -3      4       2       -3      -3      -2      -2      -1      2       -3      -3      -1      -8      -8      
+K      -1      3       1       0       -5      1       0       -2      0       -2      -3      5       0       -5      -1      0       0       -3      -4      -2      1       0       -1      -8      -8      
+M      -1      0       -2      -3      -5      -1      -2      -3      -2      2       4       0       6       0       -2      -2      -1      -4      -2      2       -2      -2      -1      -8      -8      
+F      -3      -4      -3      -6      -4      -5      -5      -5      -2      1       2       -5      0       9       -5      -3      -3      0       7       -1      -4      -5      -2      -8      -8      
+P      1       0       0       -1      -3      0       -1      0       0       -2      -3      -1      -2      -5      6       1       0       -6      -5      -1      -1      0       -1      -8      -8      
+S      1       0       1       0       0       -1      0       1       -1      -1      -3      0       -2      -3      1       2       1       -2      -3      -1      0       0        0      -8      -8      
+T      1       -1      0       0       -2      -1      0       0       -1      0       -2      0       -1      -3      0       1       3       -5      -3      0       0       -1       0      -8      -8      
+W      -6      2       -4      -7      -8      -5      -7      -7      -3      -5      -2      -3      -4      0       -6      -2      -5      17      0       -6      -5      -6      -4      -8      -8      
+Y      -3      -4      -2      -4      0       -4      -4      -5      0       -1      -1      -4      -2      7       -5      -3      -3      0       10      -2      -3      -4      -2      -8      -8      
+V      0       -2      -2      -2      -2      -2      -2      -1      -2      4       2       -2      2       -1      -1      -1      0       -6      -2      4       -2      -2      -1      -8      -8      
+B      0       -1      2       3       -4      1       3       0       1       -2      -3      1       -2      -4      -1      0       0       -5      -3      -2      3       2       -1      -8      -8      
+Z      0       0       1       3       -5      3       3       0       2       -2      -3      0       -2      -5      0       0       -1      -6      -4      -2      2       3       -1      -8      -8      
+X      0       -1      0       -1      -3      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -2      -1      0       0       -4      -2      -1      -1      -1      -1      -8      -8      
+-      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8       1   1
+*      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8       1   1
 #
 #      A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       *