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[jalview.git] / src / jalview / appletgui / AnnotationLabels.java
index 095377d..38013d1 100755 (executable)
@@ -1,40 +1,41 @@
-\r
 /*\r
-* Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
-* Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
-*\r
-* This program is free software; you can redistribute it and/or\r
-* modify it under the terms of the GNU General Public License\r
-* as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
-* of the License, or (at your option) any later version.\r
-*\r
-* This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
-* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
-* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
-* GNU General Public License for more details.\r
-*\r
-* You should have received a copy of the GNU General Public License\r
-* along with this program; if not, write to the Free Software\r
-* Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
-*/\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
+ * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ *\r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ *\r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ *\r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ */\r
 \r
 package jalview.appletgui;\r
 \r
-import java.awt.event.*;\r
 import java.awt.*;\r
+import java.awt.event.*;\r
+\r
 import jalview.datamodel.*;\r
 \r
-public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener\r
+public class AnnotationLabels\r
+    extends Panel implements ActionListener\r
 {\r
   boolean active = false;\r
-  AlignmentPanel ap ;\r
+  AlignmentPanel ap;\r
   boolean resizing = false;\r
   int oldY, mouseX;\r
   static String ADDNEW = "Add new row";\r
   static String HIDE = "Hide this row";\r
   static String DELETE = "Delete this row";\r
-  static String SHOWALL="Show all hidden rows";\r
-  static String OUTPUT_TEXT="Show Values In Textbox";\r
+  static String SHOWALL = "Show all hidden rows";\r
+  static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
   int selectedRow = 0;\r
   int scrollOffset = 0;\r
 \r
@@ -43,7 +44,8 @@ public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener
     this.ap = ap;\r
     setLayout(null);\r
     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
-    {public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
+    {\r
+      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
       {\r
         doMousePressed(evt);\r
       }\r
@@ -60,30 +62,32 @@ public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener
   {\r
     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 \r
-   if(evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
-   {\r
-     aa[selectedRow].visible = false;\r
-   }\r
-   else if(evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
-   {\r
-       for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
-         aa[i].visible = true;\r
-   }\r
-   else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
-   {\r
-     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false);\r
-     Frame frame = new Frame();\r
-     frame.add(cap);\r
-     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
-                                      ap.alignFrame.getTitle() + " - " +\r
-                                      aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
-     cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
-   }\r
-\r
-   ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
-   setSize(getSize().width,ap.annotationPanel.getSize().height);\r
-   ap.validate();\r
-   ap.repaint();\r
+    if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
+    {\r
+      aa[selectedRow].visible = false;\r
+    }\r
+    else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
+    {\r
+      for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
+      {\r
+        aa[i].visible = true;\r
+      }\r
+    }\r
+    else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
+    {\r
+      CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false);\r
+      Frame frame = new Frame();\r
+      frame.add(cap);\r
+      jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
+                                       ap.alignFrame.getTitle() + " - " +\r
+                                       aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
+      cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
+    }\r
+\r
+    ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
+    setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
+    ap.validate();\r
+    ap.repaint();\r
   }\r
 \r
   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
@@ -94,7 +98,9 @@ public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener
     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
     {\r
       if (!aa[i].visible)\r
+      {\r
         continue;\r
+      }\r
 \r
       height += aa[i].height;\r
       if (y < height)\r
@@ -128,33 +134,43 @@ public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener
   {\r
     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());\r
     g.setColor(Color.white);\r
-    g.fillRect(0,0, getSize().width, getSize().height);\r
+    g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 \r
     g.translate(0, scrollOffset);\r
     g.setColor(Color.black);\r
 \r
-   AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
-   int y = g.getFont().getSize();\r
-   int x = 0;\r
-\r
-   if(aa!=null)\r
-   for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
-   {\r
-     if(!aa[i].visible)\r
-       continue;\r
-\r
-     x = getSize().width - fm.stringWidth(aa[i].label)-3;\r
-\r
-     if(aa[i].isGraph)\r
-       y+=(aa[i].height/3);\r
-\r
-     g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
+    AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
+    int y = g.getFont().getSize();\r
+    int x = 0;\r
 \r
-     if(aa[i].isGraph)\r
-       y+=(2*aa[i].height/3);\r
-    else\r
-       y+=aa[i].height;\r
-   }\r
+    if (aa != null)\r
+    {\r
+      for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
+      {\r
+        if (!aa[i].visible)\r
+        {\r
+          continue;\r
+        }\r
+\r
+        x = getSize().width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
+\r
+        if (aa[i].isGraph)\r
+        {\r
+          y += (aa[i].height / 3);\r
+        }\r
+\r
+        g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
+\r
+        if (aa[i].isGraph)\r
+        {\r
+          y += (2 * aa[i].height / 3);\r
+        }\r
+        else\r
+        {\r
+          y += aa[i].height;\r
+        }\r
+      }\r
+    }\r
   }\r
 \r
 }\r