package jalview.appletgui;
import jalview.datamodel.ColumnSelection;
+import jalview.datamodel.HiddenColumns;
import jalview.datamodel.SequenceGroup;
import jalview.renderer.ScaleRenderer;
import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
if (av.hasHiddenColumns())
{
- res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
+ res = av.getAlignment().getHiddenColumns().adjustForHiddenColumns(x);
}
else
{
});
pop.add(item);
- if (av.getColumnSelection().hasManyHiddenColumns())
+ if (av.getAlignment().getHiddenColumns().hasManyHiddenColumns())
{
item = new MenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
item.addActionListener(new ActionListener()
if (av.hasHiddenColumns())
{
- res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
+ res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
+ .adjustForHiddenColumns(res);
}
if (!stretchingGroup)
int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
+ av.getRanges().getStartRes();
res = Math.max(0, res);
- res = cs.adjustForHiddenColumns(res);
+ res = av.getAlignment().getHiddenColumns().adjustForHiddenColumns(res);
res = Math.min(res, av.getAlignment().getWidth() - 1);
min = Math.min(res, min);
max = Math.max(res, max);
int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
+ av.getRanges().getStartRes();
- res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
+ res = av.getAlignment().getHiddenColumns().adjustForHiddenColumns(res);
reveal = null;
- for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
+ for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
+ .getHiddenRegions())
{
if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
{
// Fill the selected columns
ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
+ HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
int avCharWidth = av.getCharWidth();
int avcharHeight = av.getCharHeight();
if (cs != null)
{
gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
- boolean hasHiddenColumns = cs.hasHiddenColumns();
+ boolean hasHiddenColumns = hidden.hasHiddenColumns();
for (int sel : cs.getSelected())
{
// TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected in a
// given range
if (hasHiddenColumns)
{
- if (cs.isVisible(sel))
+ if (hidden.isVisible(sel))
{
- sel = cs.findColumnPosition(sel);
+ sel = hidden.findColumnPosition(sel);
}
else
{
if (av.getShowHiddenMarkers())
{
int widthx = 1 + endx - startx;
- for (int i = 0; i < cs.getHiddenColumns().size(); i++)
+ for (int i = 0; i < hidden.getHiddenRegions().size(); i++)
{
- res = cs.findHiddenRegionPosition(i) - startx;
+ res = hidden.findHiddenRegionPosition(i) - startx;
if (res < 0 || res > widthx)
{