Merge branch 'patch/JAL-2197_jpredforjnets' into develop
[jalview.git] / src / jalview / bin / JalviewLite.java
index 7f15b3e..de011ea 100644 (file)
@@ -470,7 +470,7 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
         SequenceI rs = sel.getSequenceAt(0);
         start = rs.findIndex(start);
         end = rs.findIndex(end);
-        List<Integer> cs = csel.getSelected();
+        List<Integer> cs = new ArrayList<Integer>(csel.getSelected());
         csel.clear();
         for (Integer selectedCol : cs)
         {
@@ -2255,6 +2255,11 @@ public class JalviewLite extends Applet implements
     {
       boolean result = false;
       String param = applet.getParameter("jnetfile");
+      if (param == null)
+      {
+        // jnet became jpred around 2016
+        param = applet.getParameter("jpredfile");
+      }
       if (param != null)
       {
         try