Formatting changes
[jalview.git] / src / jalview / binding / AnnotationElement.java
index e4aec31..16c3dab 100755 (executable)
@@ -1,36 +1,36 @@
 /*\r
- * This class was automatically generated with \r
+ * This class was automatically generated with\r
  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
-\r
 package jalview.binding;\r
 \r
-  //---------------------------------/\r
- //- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
-\r
-import java.io.IOException;\r
-import java.io.Reader;\r
-import java.io.Serializable;\r
-import java.io.Writer;\r
 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
+\r
 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
+//---------------------------------/\r
+//- Imported classes and packages -/\r
+//---------------------------------/\r
+import java.io.IOException;\r
+import java.io.Reader;\r
+import java.io.Serializable;\r
+import java.io.Writer;\r
+\r
+\r
 /**\r
  * Class AnnotationElement.\r
- * \r
+ *\r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {\r
-\r
-\r
-      //--------------------------/\r
-     //- Class/Member Variables -/\r
+public class AnnotationElement implements java.io.Serializable\r
+{\r
+    //--------------------------/\r
+    //- Class/Member Variables -/\r
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
@@ -68,239 +68,276 @@ public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {
      */\r
     private boolean _has_value;\r
 \r
-\r
-      //----------------/\r
-     //- Constructors -/\r
     //----------------/\r
-\r
-    public AnnotationElement() {\r
+    //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
+    public AnnotationElement()\r
+    {\r
         super();\r
-    } //-- jalview.binding.AnnotationElement()\r
-\r
+    }\r
 \r
-      //-----------/\r
-     //- Methods -/\r
+    //-- jalview.binding.AnnotationElement()\r
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
-     * Method deletePosition\r
-     * \r
+     * DOCUMENT ME!\r
      */\r
     public void deletePosition()\r
     {\r
-        this._has_position= false;\r
-    } //-- void deletePosition() \r
+        this._has_position = false;\r
+    }\r
+\r
+    //-- void deletePosition() \r
 \r
     /**\r
      * Method deleteValue\r
-     * \r
+     *\r
      */\r
     public void deleteValue()\r
     {\r
-        this._has_value= false;\r
-    } //-- void deleteValue() \r
+        this._has_value = false;\r
+    }\r
+\r
+    //-- void deleteValue() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'description'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @return String\r
      * @return the value of field 'description'.\r
      */\r
     public java.lang.String getDescription()\r
     {\r
         return this._description;\r
-    } //-- java.lang.String getDescription() \r
+    }\r
+\r
+    //-- java.lang.String getDescription() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'displayCharacter'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @return String\r
      * @return the value of field 'displayCharacter'.\r
      */\r
     public java.lang.String getDisplayCharacter()\r
     {\r
         return this._displayCharacter;\r
-    } //-- java.lang.String getDisplayCharacter() \r
+    }\r
+\r
+    //-- java.lang.String getDisplayCharacter() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'position'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'position'.\r
      */\r
     public int getPosition()\r
     {\r
         return this._position;\r
-    } //-- int getPosition() \r
+    }\r
+\r
+    //-- int getPosition() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'secondaryStructure'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @return String\r
      * @return the value of field 'secondaryStructure'.\r
      */\r
     public java.lang.String getSecondaryStructure()\r
     {\r
         return this._secondaryStructure;\r
-    } //-- java.lang.String getSecondaryStructure() \r
+    }\r
+\r
+    //-- java.lang.String getSecondaryStructure() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'value'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @return float\r
      * @return the value of field 'value'.\r
      */\r
     public float getValue()\r
     {\r
         return this._value;\r
-    } //-- float getValue() \r
+    }\r
+\r
+    //-- float getValue() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasPosition\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasPosition()\r
     {\r
         return this._has_position;\r
-    } //-- boolean hasPosition() \r
+    }\r
+\r
+    //-- boolean hasPosition() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasValue\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasValue()\r
     {\r
         return this._has_value;\r
-    } //-- boolean hasValue() \r
+    }\r
+\r
+    //-- boolean hasValue() \r
 \r
     /**\r
      * Method isValid\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean isValid()\r
     {\r
-        try {\r
+        try\r
+        {\r
             validate();\r
         }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
+        {\r
             return false;\r
         }\r
+\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid() \r
+    }\r
+\r
+    //-- boolean isValid() \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @param out\r
      */\r
     public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
-        \r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @param handler\r
      */\r
     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
-        \r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'description'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @param description the value of field 'description'.\r
      */\r
     public void setDescription(java.lang.String description)\r
     {\r
         this._description = description;\r
-    } //-- void setDescription(java.lang.String) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void setDescription(java.lang.String) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'displayCharacter'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @param displayCharacter the value of field 'displayCharacter'\r
      */\r
     public void setDisplayCharacter(java.lang.String displayCharacter)\r
     {\r
         this._displayCharacter = displayCharacter;\r
-    } //-- void setDisplayCharacter(java.lang.String) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void setDisplayCharacter(java.lang.String) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'position'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @param position the value of field 'position'.\r
      */\r
     public void setPosition(int position)\r
     {\r
         this._position = position;\r
         this._has_position = true;\r
-    } //-- void setPosition(int) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void setPosition(int) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'secondaryStructure'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @param secondaryStructure the value of field\r
      * 'secondaryStructure'.\r
      */\r
     public void setSecondaryStructure(java.lang.String secondaryStructure)\r
     {\r
         this._secondaryStructure = secondaryStructure;\r
-    } //-- void setSecondaryStructure(java.lang.String) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void setSecondaryStructure(java.lang.String) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'value'.\r
-     * \r
+     *\r
      * @param value the value of field 'value'.\r
      */\r
     public void setValue(float value)\r
     {\r
         this._value = value;\r
         this._has_value = true;\r
-    } //-- void setValue(float) \r
+    }\r
+\r
+    //-- void setValue(float) \r
 \r
     /**\r
      * Method unmarshal\r
-     * \r
-     * \r
-     * \r
+     *\r
+     *\r
+     *\r
      * @param reader\r
      * @return Object\r
      */\r
     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
-        return (jalview.binding.AnnotationElement) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.AnnotationElement.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
+        return (jalview.binding.AnnotationElement) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.AnnotationElement.class,\r
+            reader);\r
+    }\r
+\r
+    //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 \r
     /**\r
      * Method validate\r
-     * \r
+     *\r
      */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate() \r
+    }\r
 \r
+    //-- void validate() \r
 }\r