Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor
[jalview.git] / src / jalview / binding / FeatureSettings.java
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
index b6c3640..321536d
@@ -1,26 +1,15 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
- * 
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- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.binding;
 
-// ---------------------------------/
-// - Imported classes and packages -/
-// ---------------------------------/
+//---------------------------------/
+//- Imported classes and packages -/
+//---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
@@ -61,7 +50,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param vSetting
    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
    */
   public void addSetting(final jalview.binding.Setting vSetting)
           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
@@ -75,7 +64,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * @param index
    * @param vSetting
    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
    */
   public void addSetting(final int index,
           final jalview.binding.Setting vSetting)
@@ -99,7 +88,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param index
    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
    * @return the value of the jalview.binding.Setting at the given index
    */
   public jalview.binding.Setting getSetting(final int index)
@@ -108,9 +97,9 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
     // check bounds for index
     if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
     {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+      throw new IndexOutOfBoundsException(
+              "getSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.."
+                      + (this._settingList.size() - 1) + "]");
     }
 
     return (jalview.binding.Setting) _settingList.get(index);
@@ -163,11 +152,10 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param out
    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *                 if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *                 marshaling
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *                 if this object is an invalid instance according to the
-   *                 schema
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
    */
   public void marshal(final java.io.Writer out)
           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
@@ -181,13 +169,12 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param handler
    * @throws java.io.IOException
-   *                 if an IOException occurs during marshaling
+   *           if an IOException occurs during marshaling
    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *                 if this object is an invalid instance according to the
-   *                 schema
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *                 if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *                 marshaling
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
    */
   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
           throws java.io.IOException,
@@ -198,7 +185,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
   }
 
   /**
-   */
+     */
   public void removeAllSetting()
   {
     this._settingList.clear();
@@ -234,7 +221,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * @param index
    * @param vSetting
    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
    */
   public void setSetting(final int index,
           final jalview.binding.Setting vSetting)
@@ -243,9 +230,9 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
     // check bounds for index
     if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
     {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+      throw new IndexOutOfBoundsException(
+              "setSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.."
+                      + (this._settingList.size() - 1) + "]");
     }
 
     this._settingList.set(index, vSetting);
@@ -272,11 +259,10 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param reader
    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *                 if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *                 marshaling
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *                 if this object is an invalid instance according to the
-   *                 schema
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
    * @return the unmarshaled jalview.binding.FeatureSettings
    */
   public static jalview.binding.FeatureSettings unmarshal(
@@ -284,16 +270,15 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
           org.exolab.castor.xml.ValidationException
   {
-    return (jalview.binding.FeatureSettings) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.binding.FeatureSettings.class, reader);
+    return (jalview.binding.FeatureSettings) Unmarshaller
+            .unmarshal(jalview.binding.FeatureSettings.class, reader);
   }
 
   /**
    * 
    * 
    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *                 if this object is an invalid instance according to the
-   *                 schema
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
    */
   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
   {