git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Formatted source
[jalview.git] / src / jalview / binding / JalviewModelSequence.java
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
index d22dcd4..2abee13 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
@@ -4,7 +4,6 @@
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
-\r
 /*\r
 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
@@ -23,24 +22,26 @@
 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
 */\r
-\r
 package jalview.binding;\r
 \r
-  //---------------------------------/\r
- //- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
+import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
 \r
+import org.xml.sax.ContentHandler;\r
+\r
+//---------------------------------/\r
+//- Imported classes and packages -/\r
+//---------------------------------/\r
 import java.io.IOException;\r
 import java.io.Reader;\r
 import java.io.Serializable;\r
 import java.io.Writer;\r
+\r
 import java.util.Enumeration;\r
 import java.util.Vector;\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
+\r
 \r
 /**\r
  * Class JalviewModelSequence.\r
@@ -48,10 +49,8 @@ import org.xml.sax.ContentHandler;
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
 public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {\r
-\r
-\r
-      //--------------------------/\r
-     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+    //- Class/Member Variables -/\r
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
@@ -74,36 +73,24 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      */\r
     private java.util.Vector _userColoursList;\r
 \r
-\r
-      //----------------/\r
-     //- Constructors -/\r
     //----------------/\r
-\r
+    //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
     public JalviewModelSequence() {\r
         super();\r
         _JSeqList = new Vector();\r
         _JGroupList = new Vector();\r
         _viewportList = new Vector();\r
         _userColoursList = new Vector();\r
-    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence()\r
-\r
-\r
-      //-----------/\r
-     //- Methods -/\r
-    //-----------/\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence()\r
+ //-----------/\r
 \r
-    /**\r
-     * Method addJGroup\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
-     * @param vJGroup\r
-     */\r
     public void addJGroup(jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _JGroupList.addElement(vJGroup);\r
-    } //-- void addJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
+    }\r
+     //-- void addJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
 \r
     /**\r
      * Method addJGroup\r
@@ -114,10 +101,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param vJGroup\r
      */\r
     public void addJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _JGroupList.insertElementAt(vJGroup, index);\r
-    } //-- void addJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
+    }\r
+     //-- void addJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
 \r
     /**\r
      * Method addJSeq\r
@@ -127,10 +114,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param vJSeq\r
      */\r
     public void addJSeq(jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _JSeqList.addElement(vJSeq);\r
-    } //-- void addJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
+    }\r
+     //-- void addJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
 \r
     /**\r
      * Method addJSeq\r
@@ -141,10 +128,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param vJSeq\r
      */\r
     public void addJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _JSeqList.insertElementAt(vJSeq, index);\r
-    } //-- void addJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
+    }\r
+     //-- void addJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
 \r
     /**\r
      * Method addUserColours\r
@@ -154,10 +141,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param vUserColours\r
      */\r
     public void addUserColours(jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _userColoursList.addElement(vUserColours);\r
-    } //-- void addUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
+    }\r
+     //-- void addUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
 \r
     /**\r
      * Method addUserColours\r
@@ -167,11 +154,12 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @param vUserColours\r
      */\r
-    public void addUserColours(int index, jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+    public void addUserColours(int index,\r
+        jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _userColoursList.insertElementAt(vUserColours, index);\r
-    } //-- void addUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
+    }\r
+     //-- void addUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
 \r
     /**\r
      * Method addViewport\r
@@ -181,10 +169,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param vViewport\r
      */\r
     public void addViewport(jalview.binding.Viewport vViewport)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _viewportList.addElement(vViewport);\r
-    } //-- void addViewport(jalview.binding.Viewport)\r
+    }\r
+     //-- void addViewport(jalview.binding.Viewport)\r
 \r
     /**\r
      * Method addViewport\r
@@ -195,10 +183,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param vViewport\r
      */\r
     public void addViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _viewportList.insertElementAt(vViewport, index);\r
-    } //-- void addViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
+    }\r
+     //-- void addViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
 \r
     /**\r
      * Method enumerateJGroup\r
@@ -207,10 +195,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return Enumeration\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
-    {\r
+    public java.util.Enumeration enumerateJGroup() {\r
         return _JGroupList.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
+    }\r
+     //-- java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 \r
     /**\r
      * Method enumerateJSeq\r
@@ -219,10 +207,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return Enumeration\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
-    {\r
+    public java.util.Enumeration enumerateJSeq() {\r
         return _JSeqList.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
+    }\r
+     //-- java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 \r
     /**\r
      * Method enumerateUserColours\r
@@ -231,10 +219,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return Enumeration\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
-    {\r
+    public java.util.Enumeration enumerateUserColours() {\r
         return _userColoursList.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
+    }\r
+     //-- java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 \r
     /**\r
      * Method enumerateViewport\r
@@ -243,10 +231,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return Enumeration\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
-    {\r
+    public java.util.Enumeration enumerateViewport() {\r
         return _viewportList.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
+    }\r
+     //-- java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 \r
     /**\r
      * Method getJGroup\r
@@ -257,15 +245,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @return JGroup\r
      */\r
     public jalview.binding.JGroup getJGroup(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
 \r
         return (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
-    } //-- jalview.binding.JGroup getJGroup(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JGroup getJGroup(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method getJGroup\r
@@ -274,15 +262,17 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return JGroup\r
      */\r
-    public jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
-    {\r
+    public jalview.binding.JGroup[] getJGroup() {\r
         int size = _JGroupList.size();\r
         jalview.binding.JGroup[] mArray = new jalview.binding.JGroup[size];\r
+\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
             mArray[index] = (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
         }\r
+\r
         return mArray;\r
-    } //-- jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
 \r
     /**\r
      * Method getJGroupCount\r
@@ -291,10 +281,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return int\r
      */\r
-    public int getJGroupCount()\r
-    {\r
+    public int getJGroupCount() {\r
         return _JGroupList.size();\r
-    } //-- int getJGroupCount()\r
+    }\r
+     //-- int getJGroupCount()\r
 \r
     /**\r
      * Method getJSeq\r
@@ -305,15 +295,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @return JSeq\r
      */\r
     public jalview.binding.JSeq getJSeq(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
 \r
         return (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
-    } //-- jalview.binding.JSeq getJSeq(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JSeq getJSeq(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method getJSeq\r
@@ -322,15 +312,17 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return JSeq\r
      */\r
-    public jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
-    {\r
+    public jalview.binding.JSeq[] getJSeq() {\r
         int size = _JSeqList.size();\r
         jalview.binding.JSeq[] mArray = new jalview.binding.JSeq[size];\r
+\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
             mArray[index] = (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
         }\r
+\r
         return mArray;\r
-    } //-- jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
 \r
     /**\r
      * Method getJSeqCount\r
@@ -339,10 +331,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return int\r
      */\r
-    public int getJSeqCount()\r
-    {\r
+    public int getJSeqCount() {\r
         return _JSeqList.size();\r
-    } //-- int getJSeqCount()\r
+    }\r
+     //-- int getJSeqCount()\r
 \r
     /**\r
      * Method getUserColours\r
@@ -353,15 +345,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @return UserColours\r
      */\r
     public jalview.binding.UserColours getUserColours(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
 \r
         return (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
-    } //-- jalview.binding.UserColours getUserColours(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.UserColours getUserColours(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method getUserColours\r
@@ -370,15 +362,17 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return UserColours\r
      */\r
-    public jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
-    {\r
+    public jalview.binding.UserColours[] getUserColours() {\r
         int size = _userColoursList.size();\r
         jalview.binding.UserColours[] mArray = new jalview.binding.UserColours[size];\r
+\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
             mArray[index] = (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
         }\r
+\r
         return mArray;\r
-    } //-- jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
 \r
     /**\r
      * Method getUserColoursCount\r
@@ -387,10 +381,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return int\r
      */\r
-    public int getUserColoursCount()\r
-    {\r
+    public int getUserColoursCount() {\r
         return _userColoursList.size();\r
-    } //-- int getUserColoursCount()\r
+    }\r
+     //-- int getUserColoursCount()\r
 \r
     /**\r
      * Method getViewport\r
@@ -401,15 +395,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @return Viewport\r
      */\r
     public jalview.binding.Viewport getViewport(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
 \r
         return (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
-    } //-- jalview.binding.Viewport getViewport(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.Viewport getViewport(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method getViewport\r
@@ -418,15 +412,17 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return Viewport\r
      */\r
-    public jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
-    {\r
+    public jalview.binding.Viewport[] getViewport() {\r
         int size = _viewportList.size();\r
         jalview.binding.Viewport[] mArray = new jalview.binding.Viewport[size];\r
+\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
             mArray[index] = (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
         }\r
+\r
         return mArray;\r
-    } //-- jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
 \r
     /**\r
      * Method getViewportCount\r
@@ -435,10 +431,10 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return int\r
      */\r
-    public int getViewportCount()\r
-    {\r
+    public int getViewportCount() {\r
         return _viewportList.size();\r
-    } //-- int getViewportCount()\r
+    }\r
+     //-- int getViewportCount()\r
 \r
     /**\r
      * Method isValid\r
@@ -447,16 +443,16 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean isValid()\r
-    {\r
+    public boolean isValid() {\r
         try {\r
             validate();\r
-        }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
             return false;\r
         }\r
+\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid()\r
+    }\r
+     //-- boolean isValid()\r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
@@ -466,11 +462,11 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param out\r
      */\r
     public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
+    }\r
+     //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
@@ -480,47 +476,47 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param handler\r
      */\r
     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-\r
+        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
+    }\r
+     //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 \r
     /**\r
      * Method removeAllJGroup\r
      *\r
      */\r
-    public void removeAllJGroup()\r
-    {\r
+    public void removeAllJGroup() {\r
         _JGroupList.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllJGroup()\r
+    }\r
+     //-- void removeAllJGroup()\r
 \r
     /**\r
      * Method removeAllJSeq\r
      *\r
      */\r
-    public void removeAllJSeq()\r
-    {\r
+    public void removeAllJSeq() {\r
         _JSeqList.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllJSeq()\r
+    }\r
+     //-- void removeAllJSeq()\r
 \r
     /**\r
      * Method removeAllUserColours\r
      *\r
      */\r
-    public void removeAllUserColours()\r
-    {\r
+    public void removeAllUserColours() {\r
         _userColoursList.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllUserColours()\r
+    }\r
+     //-- void removeAllUserColours()\r
 \r
     /**\r
      * Method removeAllViewport\r
      *\r
      */\r
-    public void removeAllViewport()\r
-    {\r
+    public void removeAllViewport() {\r
         _viewportList.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllViewport()\r
+    }\r
+     //-- void removeAllViewport()\r
 \r
     /**\r
      * Method removeJGroup\r
@@ -530,12 +526,13 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @return JGroup\r
      */\r
-    public jalview.binding.JGroup removeJGroup(int index)\r
-    {\r
+    public jalview.binding.JGroup removeJGroup(int index) {\r
         java.lang.Object obj = _JGroupList.elementAt(index);\r
         _JGroupList.removeElementAt(index);\r
+\r
         return (jalview.binding.JGroup) obj;\r
-    } //-- jalview.binding.JGroup removeJGroup(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JGroup removeJGroup(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method removeJSeq\r
@@ -545,12 +542,13 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @return JSeq\r
      */\r
-    public jalview.binding.JSeq removeJSeq(int index)\r
-    {\r
+    public jalview.binding.JSeq removeJSeq(int index) {\r
         java.lang.Object obj = _JSeqList.elementAt(index);\r
         _JSeqList.removeElementAt(index);\r
+\r
         return (jalview.binding.JSeq) obj;\r
-    } //-- jalview.binding.JSeq removeJSeq(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JSeq removeJSeq(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method removeUserColours\r
@@ -560,12 +558,13 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @return UserColours\r
      */\r
-    public jalview.binding.UserColours removeUserColours(int index)\r
-    {\r
+    public jalview.binding.UserColours removeUserColours(int index) {\r
         java.lang.Object obj = _userColoursList.elementAt(index);\r
         _userColoursList.removeElementAt(index);\r
+\r
         return (jalview.binding.UserColours) obj;\r
-    } //-- jalview.binding.UserColours removeUserColours(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.UserColours removeUserColours(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method removeViewport\r
@@ -575,12 +574,13 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @return Viewport\r
      */\r
-    public jalview.binding.Viewport removeViewport(int index)\r
-    {\r
+    public jalview.binding.Viewport removeViewport(int index) {\r
         java.lang.Object obj = _viewportList.elementAt(index);\r
         _viewportList.removeElementAt(index);\r
+\r
         return (jalview.binding.Viewport) obj;\r
-    } //-- jalview.binding.Viewport removeViewport(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.Viewport removeViewport(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method setJGroup\r
@@ -591,14 +591,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param vJGroup\r
      */\r
     public void setJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
+\r
         _JGroupList.setElementAt(vJGroup, index);\r
-    } //-- void setJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
+    }\r
+     //-- void setJGroup(int, jalview.binding.JGroup)\r
 \r
     /**\r
      * Method setJGroup\r
@@ -607,14 +608,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @param JGroupArray\r
      */\r
-    public void setJGroup(jalview.binding.JGroup[] JGroupArray)\r
-    {\r
+    public void setJGroup(jalview.binding.JGroup[] JGroupArray) {\r
         //-- copy array\r
         _JGroupList.removeAllElements();\r
+\r
         for (int i = 0; i < JGroupArray.length; i++) {\r
             _JGroupList.addElement(JGroupArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
+    }\r
+     //-- void setJGroup(jalview.binding.JGroup)\r
 \r
     /**\r
      * Method setJSeq\r
@@ -625,14 +627,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param vJSeq\r
      */\r
     public void setJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
+\r
         _JSeqList.setElementAt(vJSeq, index);\r
-    } //-- void setJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
+    }\r
+     //-- void setJSeq(int, jalview.binding.JSeq)\r
 \r
     /**\r
      * Method setJSeq\r
@@ -641,14 +644,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @param JSeqArray\r
      */\r
-    public void setJSeq(jalview.binding.JSeq[] JSeqArray)\r
-    {\r
+    public void setJSeq(jalview.binding.JSeq[] JSeqArray) {\r
         //-- copy array\r
         _JSeqList.removeAllElements();\r
+\r
         for (int i = 0; i < JSeqArray.length; i++) {\r
             _JSeqList.addElement(JSeqArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
+    }\r
+     //-- void setJSeq(jalview.binding.JSeq)\r
 \r
     /**\r
      * Method setUserColours\r
@@ -658,15 +662,17 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @param vUserColours\r
      */\r
-    public void setUserColours(int index, jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+    public void setUserColours(int index,\r
+        jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
+\r
         _userColoursList.setElementAt(vUserColours, index);\r
-    } //-- void setUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
+    }\r
+     //-- void setUserColours(int, jalview.binding.UserColours)\r
 \r
     /**\r
      * Method setUserColours\r
@@ -675,14 +681,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @param userColoursArray\r
      */\r
-    public void setUserColours(jalview.binding.UserColours[] userColoursArray)\r
-    {\r
+    public void setUserColours(jalview.binding.UserColours[] userColoursArray) {\r
         //-- copy array\r
         _userColoursList.removeAllElements();\r
+\r
         for (int i = 0; i < userColoursArray.length; i++) {\r
             _userColoursList.addElement(userColoursArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
+    }\r
+     //-- void setUserColours(jalview.binding.UserColours)\r
 \r
     /**\r
      * Method setViewport\r
@@ -693,14 +700,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @param vViewport\r
      */\r
     public void setViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
+\r
         _viewportList.setElementAt(vViewport, index);\r
-    } //-- void setViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
+    }\r
+     //-- void setViewport(int, jalview.binding.Viewport)\r
 \r
     /**\r
      * Method setViewport\r
@@ -709,14 +717,15 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @param viewportArray\r
      */\r
-    public void setViewport(jalview.binding.Viewport[] viewportArray)\r
-    {\r
+    public void setViewport(jalview.binding.Viewport[] viewportArray) {\r
         //-- copy array\r
         _viewportList.removeAllElements();\r
+\r
         for (int i = 0; i < viewportArray.length; i++) {\r
             _viewportList.addElement(viewportArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setViewport(jalview.binding.Viewport)\r
+    }\r
+     //-- void setViewport(jalview.binding.Viewport)\r
 \r
     /**\r
      * Method unmarshal\r
@@ -727,20 +736,20 @@ public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {
      * @return Object\r
      */\r
     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence.class,\r
+            reader);\r
+    }\r
+     //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 \r
     /**\r
      * Method validate\r
      *\r
      */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+    public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate()\r
-\r
+    }\r
+     //-- void validate()\r
 }\r