git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Formatted source
[jalview.git] / src / jalview / binding / JalviewModelSequence2Item.java
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2Item.java b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2Item.java
index dcd3ebc..7998794 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2Item.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2Item.java
@@ -4,7 +4,6 @@
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
-\r
 /*\r
 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
@@ -23,18 +22,19 @@
 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
 */\r
-\r
 package jalview.binding;\r
 \r
-  //---------------------------------/\r
- //- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
 \r
+//---------------------------------/\r
+//- Imported classes and packages -/\r
+//---------------------------------/\r
 import java.io.Serializable;\r
+\r
 import java.util.Enumeration;\r
 import java.util.Vector;\r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
+\r
 \r
 /**\r
  * Class JalviewModelSequence2Item.\r
@@ -42,10 +42,8 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
 public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {\r
-\r
-\r
-      //--------------------------/\r
-     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+    //- Class/Member Variables -/\r
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
@@ -53,33 +51,22 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      */\r
     private java.util.Vector _userColourSchemeList;\r
 \r
-\r
-      //----------------/\r
-     //- Constructors -/\r
     //----------------/\r
-\r
+    //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
     public JalviewModelSequence2Item() {\r
         super();\r
         _userColourSchemeList = new Vector();\r
-    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item()\r
-\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item()\r
+ //-----------/\r
 \r
-      //-----------/\r
-     //- Methods -/\r
-    //-----------/\r
-\r
-    /**\r
-     * Method addUserColourScheme\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
-     * @param vUserColourScheme\r
-     */\r
-    public void addUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+    public void addUserColourScheme(\r
+        jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _userColourSchemeList.addElement(vUserColourScheme);\r
-    } //-- void addUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme)\r
+    }\r
+     //-- void addUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme)\r
 \r
     /**\r
      * Method addUserColourScheme\r
@@ -89,11 +76,12 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @param vUserColourScheme\r
      */\r
-    public void addUserColourScheme(int index, jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+    public void addUserColourScheme(int index,\r
+        jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _userColourSchemeList.insertElementAt(vUserColourScheme, index);\r
-    } //-- void addUserColourScheme(int, jalview.binding.UserColourScheme)\r
+    }\r
+     //-- void addUserColourScheme(int, jalview.binding.UserColourScheme)\r
 \r
     /**\r
      * Method enumerateUserColourScheme\r
@@ -102,10 +90,10 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return Enumeration\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateUserColourScheme()\r
-    {\r
+    public java.util.Enumeration enumerateUserColourScheme() {\r
         return _userColourSchemeList.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateUserColourScheme()\r
+    }\r
+     //-- java.util.Enumeration enumerateUserColourScheme()\r
 \r
     /**\r
      * Method getUserColourScheme\r
@@ -116,15 +104,15 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      * @return UserColourScheme\r
      */\r
     public jalview.binding.UserColourScheme getUserColourScheme(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _userColourSchemeList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
 \r
         return (jalview.binding.UserColourScheme) _userColourSchemeList.elementAt(index);\r
-    } //-- jalview.binding.UserColourScheme getUserColourScheme(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.UserColourScheme getUserColourScheme(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method getUserColourScheme\r
@@ -133,15 +121,17 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return UserColourScheme\r
      */\r
-    public jalview.binding.UserColourScheme[] getUserColourScheme()\r
-    {\r
+    public jalview.binding.UserColourScheme[] getUserColourScheme() {\r
         int size = _userColourSchemeList.size();\r
         jalview.binding.UserColourScheme[] mArray = new jalview.binding.UserColourScheme[size];\r
+\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
             mArray[index] = (jalview.binding.UserColourScheme) _userColourSchemeList.elementAt(index);\r
         }\r
+\r
         return mArray;\r
-    } //-- jalview.binding.UserColourScheme[] getUserColourScheme()\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.UserColourScheme[] getUserColourScheme()\r
 \r
     /**\r
      * Method getUserColourSchemeCount\r
@@ -150,19 +140,19 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return int\r
      */\r
-    public int getUserColourSchemeCount()\r
-    {\r
+    public int getUserColourSchemeCount() {\r
         return _userColourSchemeList.size();\r
-    } //-- int getUserColourSchemeCount()\r
+    }\r
+     //-- int getUserColourSchemeCount()\r
 \r
     /**\r
      * Method removeAllUserColourScheme\r
      *\r
      */\r
-    public void removeAllUserColourScheme()\r
-    {\r
+    public void removeAllUserColourScheme() {\r
         _userColourSchemeList.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllUserColourScheme()\r
+    }\r
+     //-- void removeAllUserColourScheme()\r
 \r
     /**\r
      * Method removeUserColourScheme\r
@@ -172,12 +162,13 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @return UserColourScheme\r
      */\r
-    public jalview.binding.UserColourScheme removeUserColourScheme(int index)\r
-    {\r
+    public jalview.binding.UserColourScheme removeUserColourScheme(int index) {\r
         java.lang.Object obj = _userColourSchemeList.elementAt(index);\r
         _userColourSchemeList.removeElementAt(index);\r
+\r
         return (jalview.binding.UserColourScheme) obj;\r
-    } //-- jalview.binding.UserColourScheme removeUserColourScheme(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.UserColourScheme removeUserColourScheme(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method setUserColourScheme\r
@@ -187,15 +178,17 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @param vUserColourScheme\r
      */\r
-    public void setUserColourScheme(int index, jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+    public void setUserColourScheme(int index,\r
+        jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _userColourSchemeList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
+\r
         _userColourSchemeList.setElementAt(vUserColourScheme, index);\r
-    } //-- void setUserColourScheme(int, jalview.binding.UserColourScheme)\r
+    }\r
+     //-- void setUserColourScheme(int, jalview.binding.UserColourScheme)\r
 \r
     /**\r
      * Method setUserColourScheme\r
@@ -204,13 +197,14 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @param userColourSchemeArray\r
      */\r
-    public void setUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme[] userColourSchemeArray)\r
-    {\r
+    public void setUserColourScheme(\r
+        jalview.binding.UserColourScheme[] userColourSchemeArray) {\r
         //-- copy array\r
         _userColourSchemeList.removeAllElements();\r
+\r
         for (int i = 0; i < userColourSchemeArray.length; i++) {\r
             _userColourSchemeList.addElement(userColourSchemeArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme)\r
-\r
+    }\r
+     //-- void setUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme)\r
 }\r