}
if (hideStart > vstart)
{
- int[] contig = new int[] { vstart, hideStart - 1 };
- vcontigs.add(contig);
- endsAtHidden = true;
+ if (end - 1 > hideStart - 1)
+ {
+ int[] contig = new int[] { vstart, hideStart - 1 };
+ vcontigs.add(contig);
+ endsAtHidden = true;
+ }
+ else
+ {
+ int[] contig = new int[] { vstart, end - 1 };
+ vcontigs.add(contig);
+ }
}
vstart = hideEnd + 1;