Merge JAL-2136_phyre2_integration to develop
[jalview.git] / src / jalview / gui / ChimeraViewFrame.java
index fe4a000..b4a57a2 100644 (file)
@@ -591,7 +591,8 @@ public class ChimeraViewFrame extends StructureViewerBase
             }
             // Explicitly map to the filename used by Chimera ;
             pdb = jmb.getSsm().setMapping(jmb.getSequence()[pos],
-                    jmb.getChains()[pos], pe.getFile(), protocol);
+                    jmb.getChains()[pos], pe.getFile(), protocol,
+                    progressBar);
             stashFoundChains(pdb, pe.getFile());
           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
           {
@@ -639,7 +640,7 @@ public class ChimeraViewFrame extends StructureViewerBase
 
   /**
    * Fetch PDB data and save to a local file. Returns the full path to the file,
-   * or null if fetch fails.
+   * or null if fetch fails. TODO: refactor to common with Jmol ? duplication
    * 
    * @param processingEntry
    * @return
@@ -872,4 +873,16 @@ public class ChimeraViewFrame extends StructureViewerBase
     }
     return reply;
   }
+
+  @Override
+  protected IProgressIndicator getIProgressIndicator()
+  {
+    return progressBar;
+  }
+
+  @Override
+  protected AAStructureBindingModel getBindingModel()
+  {
+    return jmb;
+  }
 }