Merge branch 'develop' into features/JAL-518_justify_seqs_in_region
[jalview.git] / src / jalview / gui / Console.java
index 9cf2cc9..41da01f 100644 (file)
@@ -50,6 +50,7 @@ import javax.swing.JLabel;
 import javax.swing.JPanel;
 import javax.swing.JScrollPane;
 import javax.swing.JTextArea;
+import javax.swing.SwingUtilities;
 import javax.swing.border.Border;
 import javax.swing.text.DefaultCaret;
 
@@ -106,7 +107,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
 
   private JComboBox<LogLevel> logLevelCombo = new JComboBox<LogLevel>();
 
-  protected LogLevel startingLogLevel = LogLevel.INFO;
+  protected LogLevel startingLogLevel = null;
 
   public Console()
   {
@@ -114,6 +115,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
     frame = initFrame("Java Console", screenSize.width / 2,
             screenSize.height / 2, -1, -1);
+    frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
     initConsole(true);
   }
 
@@ -146,6 +148,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
     scrollPane.setBorder(noBorder);
     textArea.addMouseListener(new MouseAdapter()
     {
+      @Override
       public void mouseClicked(MouseEvent e)
       {
         if (e.getButton() == MouseEvent.BUTTON1)
@@ -171,6 +174,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
             MessageManager.getString("label.copy_to_clipboard"));
     copyToClipboardButton.addActionListener(new ActionListener()
     {
+      @Override
       public void actionPerformed(ActionEvent e)
       {
         copyConsoleTextToClipboard();
@@ -182,12 +186,14 @@ public class Console extends WindowAdapter
 
       private Color fg = textArea.getForeground();
 
+      @Override
       public void mousePressed(MouseEvent e)
       {
         textArea.setBackground(textArea.getSelectionColor());
         textArea.setForeground(textArea.getSelectedTextColor());
       }
 
+      @Override
       public void mouseReleased(MouseEvent e)
       {
         textArea.setBackground(bg);
@@ -211,11 +217,19 @@ public class Console extends WindowAdapter
     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.ERROR);
     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.OFF);
     // set startingLogLevel
-    startingLogLevel = jalview.bin.Console.log == null ? LogLevel.INFO
-            : jalview.bin.Console.log.getLevel();
+
+    if (jalview.bin.Console.getLogger() == null)
+    {
+      startingLogLevel = jalview.bin.Console.getCachedLogLevel();
+    }
+    else
+    {
+      startingLogLevel = jalview.bin.Console.getLogger().getLevel();
+    }
     setChosenLogLevelCombo();
     logLevelCombo.addActionListener(new ActionListener()
     {
+      @Override
       public void actionPerformed(ActionEvent e)
       {
         if (jalview.bin.Console.log != null)
@@ -312,7 +326,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
         boolean added = false;
         for (int i = 0; i < logLevelCombo.getItemCount(); i++)
         {
-          LogLevel l = (LogLevel) logLevelCombo.getItemAt(i);
+          LogLevel l = logLevelCombo.getItemAt(i);
           if (l.compareTo(setLogLevel) >= 0)
           {
             logLevelCombo.insertItemAt(setLogLevel, i);
@@ -432,20 +446,20 @@ public class Console extends WindowAdapter
     // you may omit this part for your application
     //
 
-    System.out.println("Hello World 2");
-    System.out.println("All fonts available to Graphic2D:\n");
+    jalview.bin.Console.outPrintln("Hello World 2");
+    jalview.bin.Console.outPrintln("All fonts available to Graphic2D:\n");
     GraphicsEnvironment ge = GraphicsEnvironment
             .getLocalGraphicsEnvironment();
     String[] fontNames = ge.getAvailableFontFamilyNames();
     for (int n = 0; n < fontNames.length; n++)
     {
-      System.out.println(fontNames[n]);
+      jalview.bin.Console.outPrintln(fontNames[n]);
     }
     // Testing part: simple an error thrown anywhere in this JVM will be printed
     // on the Console
     // We do it with a seperate Thread becasue we don't wan't to break a Thread
     // used by the Console.
-    System.out.println("\nLets throw an error on this console");
+    jalview.bin.Console.outPrintln("\nLets throw an error on this console");
     errorThrower = new Thread(this);
     errorThrower.setDaemon(true);
     errorThrower.start();
@@ -474,36 +488,32 @@ public class Console extends WindowAdapter
    */
   public Console(Desktop desktop)
   {
-    this(desktop, true);
-  }
-
-  /**
-   * attach a console to the desktop - the desktop will open it if requested.
-   * 
-   * @param desktop
-   * @param showjconsole
-   *          - if true, then redirect stdout immediately
-   */
-  public Console(Desktop desktop, boolean showjconsole)
-  {
     parent = desktop;
     // window name - get x,y,width, height possibly scaled
-    Rectangle bounds = desktop.getLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_");
-    if (bounds == null)
+    Rectangle bounds = parent == null ? null
+            : parent.getLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_");
+    if (bounds != null)
     {
       frame = initFrame(
               ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Java Console",
-              desktop.getWidth() / 2, desktop.getHeight() / 4,
-              desktop.getX(), desktop.getY());
+              bounds.width, bounds.height, bounds.x, bounds.y);
+    }
+    else if (parent != null && parent.getWidth() > 0
+            && parent.getHeight() > 0)
+    {
+      frame = initFrame(
+              ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Java Console",
+              parent.getWidth() / 2, parent.getHeight() / 4, parent.getX(),
+              parent.getY());
     }
     else
     {
       frame = initFrame(
               ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Java Console",
-              bounds.width, bounds.height, bounds.x, bounds.y);
+              MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT, 10, 10);
     }
     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
-    // desktop.add(frame);
+    // parent.add(frame);
     initConsole(false);
     LogLevel level = (LogLevel) logLevelCombo.getSelectedItem();
     if (!Platform.isJS())
@@ -536,6 +546,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
         pin.close();
       } catch (Exception e)
       {
+        jalview.bin.Console.debug("pin.close() error", e);
       }
       try
       {
@@ -543,18 +554,22 @@ public class Console extends WindowAdapter
         pin2.close();
       } catch (Exception e)
       {
+        jalview.bin.Console.debug("pin2.close() error", e);
       }
       try
       {
         textAppender.join(10);
       } catch (Exception e)
       {
+        jalview.bin.Console.debug("textAppender.join(10) error", e);
       }
     }
+    /*
     if (!frame.isVisible())
     {
       frame.dispose();
     }
+    */
     // System.exit(0);
   }
 
@@ -607,12 +622,9 @@ public class Console extends WindowAdapter
           try
           {
             this.wait(100);
-            if (pin.available() == 0)
-            {
-              trimBuffer(false);
-            }
           } catch (InterruptedException ie)
           {
+            jalview.bin.Console.debug("pin.available() error", ie);
           }
         }
 
@@ -638,13 +650,14 @@ public class Console extends WindowAdapter
         {
           try
           {
-            this.wait(100);
+            this.wait(100); // ##### implicated BLOCKED
             if (pin2.available() == 0)
             {
               trimBuffer(false);
             }
           } catch (InterruptedException ie)
           {
+            jalview.bin.Console.debug("pin.available() error", ie);
           }
         }
         while (pin2.available() != 0)
@@ -669,23 +682,23 @@ public class Console extends WindowAdapter
           // check string buffer - if greater than console, clear console and
           // replace with last segment of content, otherwise, append all to
           // content.
-          long count;
           while (displayPipe.length() > 0)
           {
-            count = 0;
             StringBuffer tmp = new StringBuffer(), replace;
             synchronized (displayPipe)
             {
               replace = displayPipe;
               displayPipe = tmp;
             }
-            // simply append whole buffer
-            textArea.append(replace.toString());
-            count += replace.length();
-            if (count > byteslim)
+            // Append formatted message to textarea using the Swing Thread.
+            SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
             {
-              trimBuffer(false);
-            }
+              public void run()
+              {
+                textArea.append(replace.toString());
+                trimBuffer(false);
+              }
+            });
           }
           if (displayPipe.length() == 0)
           {
@@ -694,10 +707,18 @@ public class Console extends WindowAdapter
               this.wait(100);
               if (displayPipe.length() == 0)
               {
-                trimBuffer(false);
+                // post a trim on Swing Thread.
+                SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
+                {
+                  public void run()
+                  {
+                    trimBuffer(false);
+                  }
+                });
               }
             } catch (InterruptedException e)
             {
+              jalview.bin.Console.debug("displayPipe.length() error", e);
             }
           }
         }
@@ -708,7 +729,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
             this.wait(100);
           } catch (InterruptedException e)
           {
-
+            jalview.bin.Console.debug("this.wait(100) error", e);
           }
         }
         if (quit)
@@ -735,6 +756,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
         this.wait(1000);
       } catch (InterruptedException ie)
       {
+        jalview.bin.Console.debug("this.wait(1000) error", ie);
       }
       throw new NullPointerException(
               MessageManager.getString("exception.application_test_npe"));
@@ -754,9 +776,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
       @Override
       public void run()
       {
-        displayPipe.append(input); // change to stringBuffer
-        // displayPipe.flush();
-
+        displayPipe.append(input);
       }
     });
     // stderr.println("Time taken to Spawnappend:\t" + (System.nanoTime() -
@@ -778,7 +798,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
                 + "\nTruncated...\n";
       } catch (Exception e)
       {
-        e.printStackTrace();
+        jalview.bin.Console.warn("textArea Exception", e);
       }
     }
     // trim the buffer
@@ -802,7 +822,7 @@ public class Console extends WindowAdapter
           }
         } catch (Exception e)
         {
-          e.printStackTrace();
+          jalview.bin.Console.warn("textArea Exception", e);
         }
         // lines = textArea.getLineCount();
       }