ColumnSelection moved to datamodel
[jalview.git] / src / jalview / gui / IdCanvas.java
index c1df12d..7734f9a 100755 (executable)
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
+ * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ *\r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ *\r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ *\r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ */\r
 package jalview.gui;\r
 \r
-import java.awt.*;\r
-import java.awt.Graphics2D.*;\r
-\r
-import javax.swing.*;\r
 import jalview.datamodel.*;\r
-import jalview.analysis.*;\r
-public class IdCanvas extends JPanel\r
-{\r
-  protected Image    img;\r
-  protected Graphics2D gg;\r
-\r
-  protected int      imgWidth;\r
-  protected int      imgHeight;\r
-\r
-  protected AlignViewport av;\r
-\r
-  public boolean paintFlag   = false;\r
-  protected boolean showScores  = true;\r
-\r
-  protected int     maxIdLength = -1;\r
-  protected String  maxIdStr    = null;\r
-\r
-  public IdCanvas(AlignViewport av)\r
-  {\r
-    setLayout(new BorderLayout());\r
-    this.av         = av;\r
-    PaintRefresher.Register(this);\r
-  }\r
-\r
-  public void drawIdString(Graphics g,SequenceI ds,int i, int starty, int ypos) {\r
-      int charHeight = av.getCharHeight();\r
-\r
-      if (av.getSelection().contains(ds)) {\r
-         gg.setColor(Color.gray);\r
-         gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
-         gg.setColor(Color.white);\r
-      } else {\r
-         gg.setColor(ds.getColor());\r
-         gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
-         gg.setColor(Color.black);\r
-      }\r
-\r
-      String string = ds.getName() + "/" + ds.getStart() + "-" + ds.getEnd();\r
-\r
-      gg.drawString(string,0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight) + ypos + charHeight-   (charHeight/5));\r
-\r
-  }\r
 \r
-  public void paintComponent(Graphics g) {\r
-    AlignmentI da         = av.getAlignment();\r
-    int        charHeight = av.getCharHeight();\r
-    Font       f          = av.getFont();\r
-\r
-    if (img == null ||\r
-        imgWidth != getWidth()   ||\r
-        imgHeight != getHeight() ||\r
-        paintFlag == true) {\r
-\r
-      imgWidth = getWidth();\r
-      imgHeight = getHeight();\r
-\r
-      if (imgWidth <= 0 )  {\r
-        imgWidth  = 700;\r
-      }\r
-      if (imgHeight <= 0 ) {\r
-        imgHeight = 500;\r
-      }\r
-\r
-      img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
-\r
-\r
-      gg = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
-      gg.setColor(Color.white);\r
-      gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
+import java.awt.*;\r
+import java.awt.image.*;\r
 \r
-      gg.setFont(f);\r
+import javax.swing.*;\r
 \r
-      paintFlag = false;\r
 \r
+/**\r
+ * DOCUMENT ME!\r
+ *\r
+ * @author $author$\r
+ * @version $Revision$\r
+ */\r
+public class IdCanvas extends JPanel\r
+{\r
+    protected AlignViewport av;\r
+    protected boolean showScores = true;\r
+    protected int maxIdLength = -1;\r
+    protected String maxIdStr = null;\r
+    BufferedImage image;\r
+    Graphics2D gg;\r
+    int imgHeight = 0;\r
+    boolean fastPaint = false;\r
+    java.util.Vector searchResults;\r
+\r
+    /**\r
+     * Creates a new IdCanvas object.\r
+     *\r
+     * @param av DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public IdCanvas(AlignViewport av)\r
+    {\r
+        setLayout(new BorderLayout());\r
+        this.av = av;\r
+        PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
     }\r
 \r
-\r
-    //Fill in the background\r
-    gg.setColor(Color.white);\r
-    gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
-\r
-    Color currentColor     = Color.white;\r
-    Color currentTextColor = Color.black;\r
-\r
-    //Which ids are we printing\r
-    int starty = av.getStartSeq();\r
-    int endy   = av.getEndSeq();\r
-\r
-\r
-\r
-    if (av.getWrapAlignment())\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param gg DOCUMENT ME!\r
+     * @param s DOCUMENT ME!\r
+     * @param i DOCUMENT ME!\r
+     * @param starty DOCUMENT ME!\r
+     * @param ypos DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty, int ypos)\r
     {\r
-       starty = starty%av.getChunkHeight();\r
+        int charHeight = av.charHeight;\r
+\r
+        if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
+        {\r
+            gg.setColor(Color.black);\r
+            gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
+                charHeight);\r
+            gg.setColor(Color.white);\r
+        }\r
+        else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
+                av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(s))\r
+        {\r
+            gg.setColor(Color.lightGray);\r
+            gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
+                charHeight);\r
+            gg.setColor(Color.white);\r
+        }\r
+        else\r
+        {\r
+            gg.setColor(s.getColor());\r
+            gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
+                charHeight);\r
+            gg.setColor(Color.black);\r
+        }\r
+\r
+\r
+        gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
+                      0, (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
+\r
+        if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
+          drawMarker(i, starty, ypos);\r
 \r
-       int ypos     = 0;\r
-       int rowstart = starty;\r
 \r
-       if (starty == 0)\r
-           ypos = 2*charHeight;\r
-       else if (starty == 1)\r
-       {\r
-           starty = 0;\r
-           ypos = charHeight;\r
-       }\r
+    }\r
 \r
-       endy   = starty + da.getHeight();\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param vertical DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void fastPaint(int vertical)\r
+    {\r
+        if (gg == null)\r
+        {\r
+            repaint();\r
+\r
+            return;\r
+        }\r
+\r
+        gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
+\r
+        int ss = av.startSeq;\r
+        int es = av.endSeq;\r
+        int transY = 0;\r
+\r
+        if (vertical > 0) // scroll down\r
+        {\r
+            ss = es - vertical;\r
+\r
+            if (ss < av.startSeq)\r
+            { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
+                ss = av.startSeq;\r
+            }\r
+            else\r
+            {\r
+                transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
+            }\r
+        }\r
+        else if (vertical < 0)\r
+        {\r
+            es = ss - vertical;\r
+\r
+            if (es > av.endSeq)\r
+            {\r
+                es = av.endSeq;\r
+            }\r
+        }\r
+\r
+        gg.translate(0, transY);\r
+\r
+        drawIds(ss, es);\r
+\r
+        gg.translate(0, -transY);\r
+\r
+        fastPaint = true;\r
+        repaint();\r
+    }\r
 \r
-       if (endy > da.getHeight()) {\r
-           endy = da.getHeight();\r
-       }\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param g DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void paintComponent(Graphics g)\r
+    {\r
+        g.setColor(Color.white);\r
+        g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 \r
-       for (int i = starty; i < endy; i++) {\r
-         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
-         drawIdString(gg,s,i,starty,ypos);\r
-       }\r
-       if (rowstart == 0) {\r
-           ypos   = ypos +  av.getChunkHeight();\r
-       } else if (rowstart == 1) {\r
-           ypos   = ypos +  av.getChunkHeight();\r
-       } else {\r
-           ypos   = ypos +  av.getChunkHeight() - rowstart*charHeight;\r
-       }\r
+        if (fastPaint)\r
+        {\r
+            fastPaint = false;\r
+            g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 \r
-       starty = 0;\r
+            return;\r
+        }\r
 \r
-       int chunkwidth = av.getChunkWidth();\r
-       int startx = (int)(av.getEndSeq()/chunkwidth)*chunkwidth;\r
-       int endx   = startx + chunkwidth;\r
+        int oldHeight = imgHeight;\r
 \r
+        imgHeight = getHeight();\r
+        imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 \r
-       while (ypos <= getHeight() && endx < da.getWidth()) {\r
+        if (imgHeight < 1)\r
+        {\r
+            return;\r
+        }\r
 \r
-           for (int i = starty; i < endy; i++) {\r
-             SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
-             drawIdString(gg,s,i,starty,ypos);\r
-           }\r
+        if(oldHeight!=imgHeight)\r
+        {\r
+          image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
+                                    BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
+        }\r
 \r
-           ypos   += av.getChunkHeight();\r
-           startx += chunkwidth;\r
-           endx = startx + chunkwidth;\r
+        gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
+        //Fill in the background\r
+        gg.setColor(Color.white);\r
+        gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 \r
-           if (endx > da.getWidth()) {\r
-               endx = da.getWidth();\r
-           }\r
+        drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 \r
-           starty = 0;\r
+        g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
+    }\r
 \r
-           if (endy > da.getHeight()) {\r
-               endy = da.getHeight();\r
-           }\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param starty DOCUMENT ME!\r
+     * @param endy DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    void drawIds(int starty, int endy)\r
+    {\r
+      Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
+                             av.getFont().getSize());\r
+\r
+      gg.setFont(italic);\r
+\r
+      if (av.antiAlias)\r
+        gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
+                            RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
+\r
+        Color currentColor = Color.white;\r
+        Color currentTextColor = Color.black;\r
+\r
+        if (av.getWrapAlignment())\r
+        {\r
+          int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
+          int alheight = av.alignment.getHeight();\r
+\r
+          if (av.hasHiddenColumns)\r
+            maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
+\r
+          int annotationHeight = 0;\r
+          AnnotationLabels labels = null;\r
+\r
+          if(av.showAnnotation)\r
+          {\r
+            AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
+            annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
+            labels = new AnnotationLabels(av);\r
+          }\r
+\r
+          int hgap = av.charHeight;\r
+          if (av.scaleAboveWrapped)\r
+            hgap += av.charHeight;\r
+\r
+          int cHeight = alheight * av.charHeight\r
+              + hgap\r
+              + annotationHeight;\r
+\r
+          int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
+\r
+\r
+            // Draw the rest of the panels\r
+            for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
+                    (ypos <= getHeight()) && (row < maxwidth);\r
+                    ypos += cHeight, row += rowSize)\r
+            {\r
+              for (int i = starty; i < alheight; i++)\r
+              {\r
+                if (av.hasHiddenRows)\r
+                {\r
+                  setHiddenFont(i);\r
+                }\r
+                else\r
+                  gg.setFont(italic);\r
+\r
+                SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
+                drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
+              }\r
+\r
+                if(labels!=null)\r
+                {\r
+                  gg.translate(0, ypos+(alheight * av.charHeight));\r
+                  labels.drawComponent(gg, getWidth());\r
+                  gg.translate(0, -ypos-(alheight * av.charHeight));\r
+                }\r
+\r
+\r
+            }\r
+        }\r
+        else\r
+        {\r
+          //Now draw the id strings\r
+\r
+            //Now draw the id strings\r
+            for (int i = starty; i < endy; i++)\r
+            {\r
+              if (av.hasHiddenRows)\r
+              {\r
+                setHiddenFont(i);\r
+              }\r
+\r
+                // Selected sequence colours\r
+                if ( (searchResults != null) &&\r
+                    searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
+                {\r
+                  currentColor = Color.black;\r
+                  currentTextColor = Color.white;\r
+                }\r
+                else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
+                         av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
+                             av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
+                {\r
+                  currentColor = Color.lightGray;\r
+                  currentTextColor = Color.black;\r
+                }\r
+                else\r
+                {\r
+                  currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
+                  currentTextColor = Color.black;\r
+                }\r
+\r
+                gg.setColor(currentColor);\r
+\r
+                gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
+                            av.charHeight);\r
+\r
+                gg.setColor(currentTextColor);\r
+\r
+                String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
+\r
+                gg.drawString(string, 0,\r
+                    (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
+                    (av.charHeight / 5));\r
+\r
+               if(av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
+                 drawMarker(i, starty, 0);\r
+\r
+            }\r
+\r
+        }\r
+    }\r
 \r
-       }\r
-    } else {\r
+    void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)\r
+    {\r
+      int hiddenIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i);\r
+      int lastIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i - 1);\r
+      int nextIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i + 1);\r
+\r
+      boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);\r
+      boolean above = (nextIndex>hiddenIndex+1);\r
+\r
+        gg.setColor(Color.blue);\r
+        if(below)\r
+        {\r
+          gg.fillPolygon(new int[]\r
+                         {getWidth()- av.charHeight,\r
+                         getWidth()- av.charHeight,\r
+                         getWidth()},\r
+                         new int[]\r
+                         {\r
+                         (i - starty) * av.charHeight +yoffset,\r
+                         (i - starty) * av.charHeight +yoffset+ av.charHeight / 4,\r
+                         (i - starty) * av.charHeight+yoffset\r
+          }, 3);\r
+        }\r
+        if(above)\r
+        {\r
+          gg.fillPolygon(new int[]\r
+                        {getWidth()- av.charHeight,\r
+                        getWidth()- av.charHeight,\r
+                        getWidth() },\r
+                        new int[]\r
+                        {\r
+                        (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset,\r
+                        (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset- av.charHeight / 4,\r
+                        (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset\r
+         }, 3);\r
+\r
+        }\r
+    }\r
 \r
-    //Now draw the id strings\r
-    for (int i = starty; i < endy; i++)\r
+    void setHiddenFont(int i)\r
     {\r
+      Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
+                             av.getFont().getSize());\r
+      Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,\r
+                           av.getFont().getSize());\r
 \r
-      // Selected sequence colours\r
-      if (av.getSelection().contains(da.getSequenceAt(i)))\r
-      {\r
-          currentColor     = Color.gray;\r
-          currentTextColor = Color.black;\r
-      }\r
+      if (av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences() != null)\r
+        gg.setFont(bold);\r
       else\r
-      {\r
-        currentColor = da.getSequenceAt(i).getColor();\r
-        currentTextColor = Color.black;\r
-      }\r
-\r
-      gg.setColor(currentColor);\r
-\r
-\r
-\r
-      gg.fillRect(0,\r
-                    AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight),\r
-                    getWidth(),\r
-                    charHeight);\r
-\r
-      gg.setColor(currentTextColor);\r
-\r
-      String string = da.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
-\r
-      gg.drawString(string,0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight) +  charHeight-   (charHeight/5));\r
-    }\r
+        gg.setFont(italic);\r
     }\r
 \r
-    g.drawImage(img,0,0,this);\r
-  }\r
-\r
-\r
-  public Dimension getLabelWidth()\r
-  {\r
-\r
-   FontMetrics fm = this.getGraphics().getFontMetrics(av.font);\r
-   AlignmentI al = av.getAlignment();\r
-\r
-   int i   = 0;\r
-   int idWidth = 0;\r
-\r
-   while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
-   {\r
-     SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
-     String str   = s.getDisplayId();\r
-     if (fm.stringWidth(str) > idWidth)\r
-       idWidth = fm.stringWidth(str);\r
-     i++;\r
-   }\r
-\r
-   return new Dimension(idWidth + 10,getHeight());\r
- }\r
-\r
- public Dimension getPreferredSize()\r
- {\r
-   return getLabelWidth();\r
- }\r
-\r
-\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param found DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
+    {\r
+        searchResults = found;\r
+        repaint();\r
+    }\r
 }\r