git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
formatting
[jalview.git] / src / jalview / gui / IdPanel.java
diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java
index 7a2ecf7..4a540e0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/IdPanel.java
@@ -30,7 +30,7 @@ import jalview.util.UrlLink;
 
 /**
  * DOCUMENT ME!
- *
+ * 
  * @author $author$
  * @version $Revision$
  */
@@ -53,11 +53,12 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
   int lastid = -1;
 
   boolean mouseDragging = false;
+
   private final SequenceAnnotationReport seqAnnotReport;
 
   /**
    * Creates a new IdPanel object.
-   *
+   * 
    * @param av
    *          DOCUMENT ME!
    * @param parent
@@ -77,9 +78,10 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     addMouseWheelListener(this);
     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
   }
+
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param e
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -92,17 +94,18 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
       StringBuffer tip = new StringBuffer();
-      seqAnnotReport.createSequenceAnnotationReport(tip, sequence,
-              av.isShowDbRefs(), av.isShowNpFeats(),
-              sp.seqCanvas.fr.minmax);
+      seqAnnotReport
+              .createSequenceAnnotationReport(tip, sequence,
+                      av.isShowDbRefs(), av.isShowNpFeats(),
+                      sp.seqCanvas.fr.minmax);
       setToolTipText("<html>" + sequence.getDisplayId(true) + " "
-              + tip.toString()+"</html>");
+              + tip.toString() + "</html>");
     }
   }
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param e
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -135,8 +138,10 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       if (e.isShiftDown())
       {
         alignPanel.scrollRight(true);
-        
-      } else {
+
+      }
+      else
+      {
         alignPanel.scrollUp(false);
       }
     }
@@ -145,7 +150,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       if (e.isShiftDown())
       {
         alignPanel.scrollRight(false);
-      } else {
+      }
+      else
+      {
         alignPanel.scrollUp(true);
       }
     }
@@ -153,7 +160,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param e
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -226,7 +233,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param e
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -241,7 +248,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param e
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -267,7 +274,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param e
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -287,7 +294,8 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       // build a new links menu based on the current links + any non-positional
       // features
       Vector nlinks = new Vector(Preferences.sequenceURLLinks);
-      SequenceFeature sf[] = sq==null ? null : sq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
+      SequenceFeature sf[] = sq == null ? null : sq.getDatasetSequence()
+              .getSequenceFeatures();
       for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)
       {
         if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)
@@ -331,7 +339,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param seq
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -345,7 +353,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param start
    *          DOCUMENT ME!
    * @param end
@@ -376,13 +384,13 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     for (int i = start; i <= end; i++)
     {
       av.getSelectionGroup().addSequence(
-              av.getAlignment().getSequenceAt(i), i==end);
+              av.getAlignment().getSequenceAt(i), i == end);
     }
   }
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param e
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -402,7 +410,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param list
    *          DOCUMENT ME!
    */