JAL-629 Add a timeout to modal dialogs for command line warning
[jalview.git] / src / jalview / gui / JvOptionPane.java
index d805164..0a7c49e 100644 (file)
@@ -32,16 +32,18 @@ import java.awt.Toolkit;
 import java.awt.Window;
 import java.awt.event.ActionEvent;
 import java.awt.event.ActionListener;
+import java.awt.event.KeyEvent;
 import java.awt.event.MouseAdapter;
 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
 import java.beans.PropertyChangeEvent;
 import java.beans.PropertyChangeListener;
+import java.beans.PropertyVetoException;
 import java.util.ArrayList;
 import java.util.Arrays;
 import java.util.HashMap;
 import java.util.List;
 import java.util.Map;
-import java.util.concurrent.Callable;
+import java.util.concurrent.ExecutorService;
 import java.util.concurrent.Executors;
 
 import javax.swing.Icon;
@@ -50,26 +52,48 @@ import javax.swing.JDialog;
 import javax.swing.JFrame;
 import javax.swing.JInternalFrame;
 import javax.swing.JLayeredPane;
+import javax.swing.JMenu;
+import javax.swing.JMenuBar;
 import javax.swing.JOptionPane;
 import javax.swing.JPanel;
+import javax.swing.JRootPane;
 import javax.swing.SwingUtilities;
 import javax.swing.UIManager;
 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
 
+import jalview.bin.Console;
+import jalview.util.ChannelProperties;
+import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.Platform;
 import jalview.util.dialogrunner.DialogRunnerI;
 
-public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, PropertyChangeListener {
+public class JvOptionPane extends JOptionPane
+        implements DialogRunnerI, PropertyChangeListener
+{
   private static final long serialVersionUID = -3019167117756785229L;
 
   private static Object mockResponse = JvOptionPane.CANCEL_OPTION;
 
   private static boolean interactiveMode = true;
 
+  public static final Runnable NULLCALLABLE = () -> {
+  };
+
   private Component parentComponent;
 
-  private Map<Object, Callable<Void>> callbacks = new HashMap<>();
+  private ExecutorService executor = Executors.newCachedThreadPool();
+
+  private JDialog dialog = null;
+
+  private Map<Object, Runnable> callbacks = new HashMap<>();
+
+  private int timeout = -1;
+
+  public void setTimeout(int i)
+  {
+    timeout = i;
+  }
 
   /*
    * JalviewJS reports user choice in the dialog as the selected option (text);
@@ -77,13 +101,19 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    */
   List<Object> ourOptions;
 
-  public JvOptionPane(final Component parent) {
+  public JvOptionPane(final Component parent)
+  {
     this.parentComponent = Platform.isJS() ? this : parent;
+    this.setIcon(null);
   }
 
-  public static int showConfirmDialog(Component parentComponent, Object message) throws HeadlessException {
+  public static int showConfirmDialog(Component parentComponent,
+          Object message) throws HeadlessException
+  {
     // only called by test
-    return isInteractiveMode() ? JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message) : (int) getMockResponse();
+    return isInteractiveMode()
+            ? JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message)
+            : (int) getMockResponse();
   }
 
   /**
@@ -96,12 +126,16 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @return
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static int showConfirmDialog(Component parentComponent, Object message, String title, int optionType)
-      throws HeadlessException {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public static int showConfirmDialog(Component parentComponent,
+          Object message, String title, int optionType)
+          throws HeadlessException
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       return (int) getMockResponse();
     }
-    switch (optionType) {
+    switch (optionType)
+    {
     case JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION:
       // FeatureRenderer amendFeatures ?? TODO ??
       // Chimera close
@@ -114,7 +148,8 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
       // $FALL-THROUGH$
     case JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION:
       // will fall back to simple HTML
-      return JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title, optionType);
+      return JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title,
+              optionType);
     }
   }
 
@@ -129,12 +164,16 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @return
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static int showConfirmDialog(Component parentComponent, Object message, String title, int optionType,
-      int messageType) throws HeadlessException {
+  public static int showConfirmDialog(Component parentComponent,
+          Object message, String title, int optionType, int messageType)
+          throws HeadlessException
+  {
     // JalviewServicesChanged
     // PromptUserConfig raiseDialog
-    return isInteractiveMode() ? JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title, optionType, messageType)
-        : (int) getMockResponse();
+    return isInteractiveMode()
+            ? JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title,
+                    optionType, messageType)
+            : (int) getMockResponse();
   }
 
   /**
@@ -149,12 +188,15 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @return
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static int showConfirmDialog(Component parentComponent, Object message, String title, int optionType,
-      int messageType, Icon icon) throws HeadlessException {
+  public static int showConfirmDialog(Component parentComponent,
+          Object message, String title, int optionType, int messageType,
+          Icon icon) throws HeadlessException
+  {
     // JvOptionPaneTest only
     return isInteractiveMode()
-        ? JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title, optionType, messageType, icon)
-        : (int) getMockResponse();
+            ? JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title,
+                    optionType, messageType, icon)
+            : (int) getMockResponse();
   }
 
   /**
@@ -164,10 +206,14 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param message
    * @return
    */
-  public static int showInternalConfirmDialog(Component parentComponent, Object message) {
+  public static int showInternalConfirmDialog(Component parentComponent,
+          Object message)
+  {
     // JvOptionPaneTest only;
-    return isInteractiveMode() ? JOptionPane.showInternalConfirmDialog(parentComponent, message)
-        : (int) getMockResponse();
+    return isInteractiveMode()
+            ? JOptionPane.showInternalConfirmDialog(parentComponent,
+                    message)
+            : (int) getMockResponse();
   }
 
   /**
@@ -179,11 +225,15 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param optionType
    * @return
    */
-  public static int showInternalConfirmDialog(Component parentComponent, String message, String title, int optionType) {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public static int showInternalConfirmDialog(Component parentComponent,
+          String message, String title, int optionType)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       return (int) getMockResponse();
     }
-    switch (optionType) {
+    switch (optionType)
+    {
     case JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION:
       // ColourMenuHelper.addMenuItmers.offerRemoval TODO
     case JvOptionPane.YES_NO_OPTION:
@@ -196,7 +246,8 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
 
       // Desktop.inputURLMenuItem
       // WsPreferenses
-      return JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title, optionType);
+      return JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title,
+              optionType);
     }
   }
 
@@ -209,12 +260,15 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param messageType
    * @return
    */
-  public static int showInternalConfirmDialog(Component parentComponent, Object message, String title, int optionType,
-      int messageType) {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public static int showInternalConfirmDialog(Component parentComponent,
+          Object message, String title, int optionType, int messageType)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       return (int) getMockResponse();
     }
-    switch (optionType) {
+    switch (optionType)
+    {
     case JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION:
     case JvOptionPane.YES_NO_OPTION:
       // UserQuestionanaireCheck
@@ -223,7 +277,8 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
     default:
     case JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION:
       // will fall back to simple HTML
-      return JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title, optionType, messageType);
+      return JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title,
+              optionType, messageType);
     }
   }
 
@@ -238,19 +293,24 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param icon
    * @return
    */
-  public static int showInternalConfirmDialog(Component parentComponent, Object message, String title, int optionType,
-      int messageType, Icon icon) {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public static int showInternalConfirmDialog(Component parentComponent,
+          Object message, String title, int optionType, int messageType,
+          Icon icon)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       return (int) getMockResponse();
     }
-    switch (optionType) {
+    switch (optionType)
+    {
     case JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION:
     case JvOptionPane.YES_NO_OPTION:
       //$FALL-THROUGH$
     default:
     case JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION:
       // Preferences editLink/newLink
-      return JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title, optionType, messageType, icon);
+      return JOptionPane.showConfirmDialog(parentComponent, message, title,
+              optionType, messageType, icon);
     }
 
   }
@@ -269,9 +329,13 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @return
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static int showOptionDialog(Component parentComponent, String message, String title, int optionType,
-      int messageType, Icon icon, Object[] options, Object initialValue) throws HeadlessException {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public static int showOptionDialog(Component parentComponent,
+          String message, String title, int optionType, int messageType,
+          Icon icon, Object[] options, Object initialValue)
+          throws HeadlessException
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       return (int) getMockResponse();
     }
     // two uses:
@@ -288,8 +352,8 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
     //
     // 2) UserDefinedColors warning about saving over a name already defined
     //
-    return JOptionPane.showOptionDialog(parentComponent, message, title, optionType, messageType, icon, options,
-        initialValue);
+    return JOptionPane.showOptionDialog(parentComponent, message, title,
+            optionType, messageType, icon, options, initialValue);
   }
 
   /**
@@ -298,8 +362,11 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param message
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static void showMessageDialog(Component parentComponent, String message) throws HeadlessException {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public static void showMessageDialog(Component parentComponent,
+          String message) throws HeadlessException
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       outputMessage(message);
       return;
     }
@@ -318,16 +385,20 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param messageType
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static void showMessageDialog(Component parentComponent, String message, String title, int messageType)
-      throws HeadlessException {
+  public static void showMessageDialog(Component parentComponent,
+          String message, String title, int messageType)
+          throws HeadlessException
+  {
     // 30 implementations -- all just fine.
 
-    if (!isInteractiveMode()) {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       outputMessage(message);
       return;
     }
 
-    JOptionPane.showMessageDialog(parentComponent, getPrefix(messageType) + message, title, messageType);
+    JOptionPane.showMessageDialog(parentComponent,
+            getPrefix(messageType) + message, title, messageType);
   }
 
   /**
@@ -340,28 +411,35 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param icon
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static void showMessageDialog(Component parentComponent, String message, String title, int messageType,
-      Icon icon) throws HeadlessException {
+  public static void showMessageDialog(Component parentComponent,
+          String message, String title, int messageType, Icon icon)
+          throws HeadlessException
+  {
 
     // test only
 
-    if (!isInteractiveMode()) {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       outputMessage(message);
       return;
     }
 
-    JOptionPane.showMessageDialog(parentComponent, message, title, messageType, icon);
+    JOptionPane.showMessageDialog(parentComponent, message, title,
+            messageType, icon);
   }
 
   /**
    * was internal
    * 
    */
-  public static void showInternalMessageDialog(Component parentComponent, Object message) {
+  public static void showInternalMessageDialog(Component parentComponent,
+          Object message)
+  {
 
     // WsPreferences only
 
-    if (!isInteractiveMode()) {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       outputMessage(message);
       return;
     }
@@ -377,17 +455,20 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param title
    * @param messageType
    */
-  public static void showInternalMessageDialog(Component parentComponent, String message, String title,
-      int messageType) {
+  public static void showInternalMessageDialog(Component parentComponent,
+          String message, String title, int messageType)
+  {
 
     // 41 references
 
-    if (!isInteractiveMode()) {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       outputMessage(message);
       return;
     }
 
-    JOptionPane.showMessageDialog(parentComponent, getPrefix(messageType) + message, title, messageType);
+    JOptionPane.showMessageDialog(parentComponent,
+            getPrefix(messageType) + message, title, messageType);
   }
 
   /**
@@ -398,17 +479,20 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param messageType
    * @param icon
    */
-  public static void showInternalMessageDialog(Component parentComponent, Object message, String title, int messageType,
-      Icon icon) {
+  public static void showInternalMessageDialog(Component parentComponent,
+          Object message, String title, int messageType, Icon icon)
+  {
 
     // test only
 
-    if (!isInteractiveMode()) {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       outputMessage(message);
       return;
     }
 
-    JOptionPane.showMessageDialog(parentComponent, message, title, messageType, icon);
+    JOptionPane.showMessageDialog(parentComponent, message, title,
+            messageType, icon);
   }
 
   /**
@@ -417,10 +501,13 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @return
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static String showInputDialog(Object message) throws HeadlessException {
+  public static String showInputDialog(Object message)
+          throws HeadlessException
+  {
     // test only
 
-    if (!isInteractiveMode()) {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       return getMockResponse().toString();
     }
 
@@ -434,8 +521,11 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param initialSelectionValue
    * @return
    */
-  public static String showInputDialog(String message, String initialSelectionValue) {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public static String showInputDialog(String message,
+          String initialSelectionValue)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       return getMockResponse().toString();
     }
 
@@ -451,8 +541,11 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param initialSelectionValue
    * @return
    */
-  public static String showInputDialog(Object message, Object initialSelectionValue) {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public static String showInputDialog(Object message,
+          Object initialSelectionValue)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       return getMockResponse().toString();
     }
 
@@ -469,10 +562,14 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @return
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static String showInputDialog(Component parentComponent, String message) throws HeadlessException {
+  public static String showInputDialog(Component parentComponent,
+          String message) throws HeadlessException
+  {
     // test only
 
-    return isInteractiveMode() ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message) : getMockResponse().toString();
+    return isInteractiveMode()
+            ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message)
+            : getMockResponse().toString();
   }
 
   /**
@@ -483,12 +580,16 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param initialSelectionValue
    * @return
    */
-  public static String showInputDialog(Component parentComponent, String message, String initialSelectionValue) {
+  public static String showInputDialog(Component parentComponent,
+          String message, String initialSelectionValue)
+  {
 
     // AnnotationPanel
 
-    return isInteractiveMode() ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message, initialSelectionValue)
-        : getMockResponse().toString();
+    return isInteractiveMode()
+            ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message,
+                    initialSelectionValue)
+            : getMockResponse().toString();
   }
 
   /**
@@ -499,12 +600,16 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param initialSelectionValue
    * @return
    */
-  public static String showInputDialog(Component parentComponent, Object message, Object initialSelectionValue) {
+  public static String showInputDialog(Component parentComponent,
+          Object message, Object initialSelectionValue)
+  {
 
     // AnnotationPanel
 
-    return isInteractiveMode() ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message, initialSelectionValue)
-        : getMockResponse().toString();
+    return isInteractiveMode()
+            ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message,
+                    initialSelectionValue)
+            : getMockResponse().toString();
   }
 
   /**
@@ -516,13 +621,17 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @return
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static String showInputDialog(Component parentComponent, String message, String title, int messageType)
-      throws HeadlessException {
+  public static String showInputDialog(Component parentComponent,
+          String message, String title, int messageType)
+          throws HeadlessException
+  {
 
     // test only
 
-    return isInteractiveMode() ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message, title, messageType)
-        : getMockResponse().toString();
+    return isInteractiveMode()
+            ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message, title,
+                    messageType)
+            : getMockResponse().toString();
   }
 
   /**
@@ -538,15 +647,19 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @return
    * @throws HeadlessException
    */
-  public static Object showInputDialog(Component parentComponent, Object message, String title, int messageType,
-      Icon icon, Object[] selectionValues, Object initialSelectionValue) throws HeadlessException {
+  public static Object showInputDialog(Component parentComponent,
+          Object message, String title, int messageType, Icon icon,
+          Object[] selectionValues, Object initialSelectionValue)
+          throws HeadlessException
+  {
 
     // test only
 
     return isInteractiveMode()
-        ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message, title, messageType, icon, selectionValues,
-            initialSelectionValue)
-        : getMockResponse().toString();
+            ? JOptionPane.showInputDialog(parentComponent, message, title,
+                    messageType, icon, selectionValues,
+                    initialSelectionValue)
+            : getMockResponse().toString();
   }
 
   /**
@@ -556,11 +669,14 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param message
    * @return
    */
-  public static String showInternalInputDialog(Component parentComponent, String message) {
+  public static String showInternalInputDialog(Component parentComponent,
+          String message)
+  {
     // test only
 
-    return isInteractiveMode() ? JOptionPane.showInternalInputDialog(parentComponent, message)
-        : getMockResponse().toString();
+    return isInteractiveMode()
+            ? JOptionPane.showInternalInputDialog(parentComponent, message)
+            : getMockResponse().toString();
   }
 
   /**
@@ -572,14 +688,16 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param messageType
    * @return
    */
-  public static String showInternalInputDialog(Component parentComponent, String message, String title,
-      int messageType) {
+  public static String showInternalInputDialog(Component parentComponent,
+          String message, String title, int messageType)
+  {
 
     // AlignFrame tabbedPane_mousePressed
 
     return isInteractiveMode()
-        ? JOptionPane.showInternalInputDialog(parentComponent, getPrefix(messageType) + message, title, messageType)
-        : getMockResponse().toString();
+            ? JOptionPane.showInternalInputDialog(parentComponent,
+                    getPrefix(messageType) + message, title, messageType)
+            : getMockResponse().toString();
   }
 
   /**
@@ -594,47 +712,62 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param initialSelectionValue
    * @return
    */
-  public static Object showInternalInputDialog(Component parentComponent, String message, String title, int messageType,
-      Icon icon, Object[] selectionValues, Object initialSelectionValue) {
+  public static Object showInternalInputDialog(Component parentComponent,
+          String message, String title, int messageType, Icon icon,
+          Object[] selectionValues, Object initialSelectionValue)
+  {
     // test only
 
-    return isInteractiveMode() ? JOptionPane.showInternalInputDialog(parentComponent, message, title, messageType, icon,
-        selectionValues, initialSelectionValue) : getMockResponse().toString();
+    return isInteractiveMode()
+            ? JOptionPane.showInternalInputDialog(parentComponent, message,
+                    title, messageType, icon, selectionValues,
+                    initialSelectionValue)
+            : getMockResponse().toString();
   }
 
   ///////////// end of options ///////////////
 
-  private static void outputMessage(Object message) {
-    System.out.println(">>> JOption Message : " + message.toString());
+  private static void outputMessage(Object message)
+  {
+    jalview.bin.Console
+            .outPrintln(">>> JOption Message : " + message.toString());
   }
 
-  public static Object getMockResponse() {
+  public static Object getMockResponse()
+  {
     return mockResponse;
   }
 
-  public static void setMockResponse(Object mockOption) {
+  public static void setMockResponse(Object mockOption)
+  {
     JvOptionPane.mockResponse = mockOption;
   }
 
-  public static void resetMock() {
+  public static void resetMock()
+  {
     setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
     setInteractiveMode(true);
   }
 
-  public static boolean isInteractiveMode() {
+  public static boolean isInteractiveMode()
+  {
     return interactiveMode;
   }
 
-  public static void setInteractiveMode(boolean interactive) {
+  public static void setInteractiveMode(boolean interactive)
+  {
     JvOptionPane.interactiveMode = interactive;
   }
 
-  private static String getPrefix(int messageType) {
+  private static String getPrefix(int messageType)
+  {
     String prefix = "";
 
     // JavaScript only
-    if (Platform.isJS()) {
-      switch (messageType) {
+    if (Platform.isJS())
+    {
+      switch (messageType)
+      {
       case JvOptionPane.WARNING_MESSAGE:
         prefix = "WARNING! ";
         break;
@@ -662,28 +795,39 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * @param string2
    * @return
    */
-  public static JvOptionPane newOptionDialog() {
+  public static JvOptionPane newOptionDialog()
+  {
     return new JvOptionPane(null);
   }
 
-  public static JvOptionPane newOptionDialog(Component parentComponent) {
+  public static JvOptionPane newOptionDialog(Component parentComponent)
+  {
     return new JvOptionPane(parentComponent);
   }
 
-  public void showDialog(String message, String title, int optionType, int messageType, Icon icon, Object[] options,
-      Object initialValue) {
-    showDialog(message, title, optionType, messageType, icon, options, initialValue, true);
+  public void showDialog(String message, String title, int optionType,
+          int messageType, Icon icon, Object[] options, Object initialValue)
+  {
+    showDialog(message, title, optionType, messageType, icon, options,
+            initialValue, true);
   }
 
-  public void showDialog(Object message, String title, int optionType, int messageType, Icon icon, Object[] options,
-      Object initialValue, boolean modal) {
-    showDialog(message, title, optionType, messageType, icon, options, initialValue, modal, null);
+  public void showDialog(Object message, String title, int optionType,
+          int messageType, Icon icon, Object[] options, Object initialValue,
+          boolean modal)
+  {
+    showDialog(message, title, optionType, messageType, icon, options,
+            initialValue, modal, null);
   }
 
-  public void showDialog(Object message, String title, int optionType, int messageType, Icon icon, Object[] options,
-      Object initialValue, boolean modal, JButton[] buttons) {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public void showDialog(Object message, String title, int optionType,
+          int messageType, Icon icon, Object[] options, Object initialValue,
+          boolean modal, JButton[] buttons)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       handleResponse(getMockResponse());
+      return;
     }
     // two uses:
     //
@@ -702,44 +846,94 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
 
     ourOptions = Arrays.asList(options);
 
-    if (modal) {
+    if (modal)
+    {
       boolean useButtons = false;
       Object initialValueButton = null;
-      NOTNULL: if (buttons != null) {
-        if (buttons.length != options.length) {
-          jalview.bin.Console.error("Supplied buttons array not the same length as supplied options array.");
+      NOTNULL: if (buttons != null)
+      {
+        if (buttons.length != options.length)
+        {
+          jalview.bin.Console.error(
+                  "Supplied buttons array not the same length as supplied options array.");
           break NOTNULL;
         }
-        int[] buttonActions = { JOptionPane.YES_OPTION, JOptionPane.NO_OPTION, JOptionPane.CANCEL_OPTION };
-        for (int i = 0; i < options.length; i++) {
+
+        // run through buttons for initialValue first so can set a final
+        // timeoutThreadF
+        Thread timeoutThread = null;
+        for (int i = 0; i < options.length; i++)
+        {
           Object o = options[i];
-          jalview.bin.Console.debug("Setting button " + i + " to '" + o.toString() + "'");
           JButton jb = buttons[i];
-
           if (o.equals(initialValue))
+          {
             initialValueButton = jb;
+            if (timeout > 0 && initialValueButton != null
+                    && initialValueButton instanceof JButton)
+            {
+              Runnable timeoutClose = () -> {
+                try
+                {
+                  Thread.sleep(timeout);
+                } catch (InterruptedException e)
+                {
+                  Console.debug(
+                          "Dialog timeout interrupted.  Probably a button pressed.");
+                }
+                jb.doClick();
+              };
+              timeoutThread = new Thread(timeoutClose);
+            }
+          }
+        }
+        final Thread timeoutThreadF = timeoutThread;
+        timeoutThreadF.start();
+
+        int[] buttonActions = { JOptionPane.YES_OPTION,
+            JOptionPane.NO_OPTION, JOptionPane.CANCEL_OPTION };
+        for (int i = 0; i < options.length; i++)
+        {
+          Object o = options[i];
+          jalview.bin.Console.debug(
+                  "Setting button " + i + " to '" + o.toString() + "'");
+          JButton jb = buttons[i];
 
           int buttonAction = buttonActions[i];
-          Callable<Void> action = callbacks.get(buttonAction);
+          Runnable action = callbacks.get(buttonAction);
           jb.setText((String) o);
-          jb.addActionListener(new ActionListener() {
+          jb.addActionListener(new ActionListener()
+          {
             @Override
-            public void actionPerformed(ActionEvent e) {
+            public void actionPerformed(ActionEvent e)
+            {
+              if (timeoutThreadF != null)
+              {
+                timeoutThreadF.interrupt();
+              }
 
               Object obj = e.getSource();
-              if (obj == null || !(obj instanceof Component)) {
-                jalview.bin.Console.debug("Could not find Component source of event object " + obj);
+              if (obj == null || !(obj instanceof Component))
+              {
+                jalview.bin.Console.debug(
+                        "Could not find Component source of event object "
+                                + obj);
                 return;
               }
-              Object joptionpaneObject = SwingUtilities.getAncestorOfClass(JOptionPane.class, (Component) obj);
-              if (joptionpaneObject == null || !(joptionpaneObject instanceof JOptionPane)) {
-                jalview.bin.Console.debug("Could not find JOptionPane ancestor of event object " + obj);
+              Object joptionpaneObject = SwingUtilities.getAncestorOfClass(
+                      JOptionPane.class, (Component) obj);
+              if (joptionpaneObject == null
+                      || !(joptionpaneObject instanceof JOptionPane))
+              {
+                jalview.bin.Console.debug(
+                        "Could not find JOptionPane ancestor of event object "
+                                + obj);
                 return;
               }
               JOptionPane joptionpane = (JOptionPane) joptionpaneObject;
               joptionpane.setValue(buttonAction);
               if (action != null)
-                Executors.newSingleThreadExecutor().submit(action);
+                new Thread(action).start();
               joptionpane.transferFocusBackward();
               joptionpane.setVisible(false);
               // put focus and raise parent window if possible, unless cancel or
@@ -747,16 +941,21 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
               boolean raiseParent = (parentComponent != null);
               if (buttonAction == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
                 raiseParent = false;
-              if (optionType == JOptionPane.YES_NO_OPTION && buttonAction == JOptionPane.NO_OPTION)
+              if (optionType == JOptionPane.YES_NO_OPTION
+                      && buttonAction == JOptionPane.NO_OPTION)
                 raiseParent = false;
-              if (raiseParent) {
+              if (raiseParent)
+              {
                 parentComponent.requestFocus();
-                if (parentComponent instanceof JInternalFrame) {
+                if (parentComponent instanceof JInternalFrame)
+                {
                   JInternalFrame jif = (JInternalFrame) parentComponent;
                   jif.show();
                   jif.moveToFront();
                   jif.grabFocus();
-                } else if (parentComponent instanceof Window) {
+                }
+                else if (parentComponent instanceof Window)
+                {
                   Window w = (Window) parentComponent;
                   w.toFront();
                   w.requestFocus();
@@ -770,8 +969,10 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
         useButtons = true;
       }
       // use a JOptionPane as usual
-      int response = JOptionPane.showOptionDialog(parentComponent, message, title, optionType, messageType, icon,
-          useButtons ? buttons : options, useButtons ? initialValueButton : initialValue);
+      int response = JOptionPane.showOptionDialog(parentComponent, message,
+              title, optionType, messageType, icon,
+              useButtons ? buttons : options,
+              useButtons ? initialValueButton : initialValue);
 
       /*
        * In Java, the response is returned to this thread and handled here; (for
@@ -786,7 +987,9 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
       {
         handleResponse(response);
       }
-    } else {
+    }
+    else
+    {
       /*
        * This is java similar to the swingjs handling, with the callbacks attached to
        * the button press of the dialog. This means we can use a non-modal JDialog for
@@ -794,37 +997,50 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
        */
       JOptionPane joptionpane = new JOptionPane();
       // Make button options
-      int[] buttonActions = { JvOptionPane.YES_OPTION, JvOptionPane.NO_OPTION, JvOptionPane.CANCEL_OPTION };
+      int[] buttonActions = { JvOptionPane.YES_OPTION,
+          JvOptionPane.NO_OPTION, JvOptionPane.CANCEL_OPTION };
 
       // we need the strings to make the buttons with actionEventListener
-      if (options == null) {
+      if (options == null)
+      {
         ArrayList<String> options_default = new ArrayList<>();
-        options_default.add(UIManager.getString("OptionPane.yesButtonText"));
-        if (optionType == JvOptionPane.YES_NO_OPTION || optionType == JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION) {
-          options_default.add(UIManager.getString("OptionPane.noButtonText"));
+        options_default
+                .add(UIManager.getString("OptionPane.yesButtonText"));
+        if (optionType == JvOptionPane.YES_NO_OPTION
+                || optionType == JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION)
+        {
+          options_default
+                  .add(UIManager.getString("OptionPane.noButtonText"));
         }
-        if (optionType == JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION) {
-          options_default.add(UIManager.getString("OptionPane.cancelButtonText"));
+        if (optionType == JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION)
+        {
+          options_default
+                  .add(UIManager.getString("OptionPane.cancelButtonText"));
         }
         options = options_default.toArray();
       }
 
       ArrayList<JButton> options_btns = new ArrayList<>();
       Object initialValue_btn = null;
-      if (!Platform.isJS()) // JalviewJS already uses callback, don't need to add them here
+      if (!Platform.isJS()) // JalviewJS already uses callback, don't need to
+                            // add them here
       {
-        for (int i = 0; i < options.length && i < 3; i++) {
+        for (int i = 0; i < options.length && i < 3; i++)
+        {
           Object o = options[i];
           int buttonAction = buttonActions[i];
-          Callable<Void> action = callbacks.get(buttonAction);
+          Runnable action = callbacks.get(buttonAction);
           JButton jb = new JButton();
           jb.setText((String) o);
-          jb.addActionListener(new ActionListener() {
+          jb.addActionListener(new ActionListener()
+          {
+
             @Override
-            public void actionPerformed(ActionEvent e) {
+            public void actionPerformed(ActionEvent e)
+            {
               joptionpane.setValue(buttonAction);
               if (action != null)
-                Executors.newSingleThreadExecutor().submit(action);
+                new Thread(action).start();
               // joptionpane.transferFocusBackward();
               joptionpane.transferFocusBackward();
               joptionpane.setVisible(false);
@@ -833,16 +1049,21 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
               boolean raiseParent = (parentComponent != null);
               if (buttonAction == JvOptionPane.CANCEL_OPTION)
                 raiseParent = false;
-              if (optionType == JvOptionPane.YES_NO_OPTION && buttonAction == JvOptionPane.NO_OPTION)
+              if (optionType == JvOptionPane.YES_NO_OPTION
+                      && buttonAction == JvOptionPane.NO_OPTION)
                 raiseParent = false;
-              if (raiseParent) {
+              if (raiseParent)
+              {
                 parentComponent.requestFocus();
-                if (parentComponent instanceof JInternalFrame) {
+                if (parentComponent instanceof JInternalFrame)
+                {
                   JInternalFrame jif = (JInternalFrame) parentComponent;
                   jif.show();
                   jif.moveToFront();
                   jif.grabFocus();
-                } else if (parentComponent instanceof Window) {
+                }
+                else if (parentComponent instanceof Window)
+                {
                   Window w = (Window) parentComponent;
                   w.toFront();
                   w.requestFocus();
@@ -860,20 +1081,27 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
       joptionpane.setMessageType(messageType);
       joptionpane.setOptionType(optionType);
       joptionpane.setIcon(icon);
-      joptionpane.setOptions(Platform.isJS() ? options : options_btns.toArray());
-      joptionpane.setInitialValue(Platform.isJS() ? initialValue : initialValue_btn);
+      joptionpane.setOptions(
+              Platform.isJS() ? options : options_btns.toArray());
+      joptionpane.setInitialValue(
+              Platform.isJS() ? initialValue : initialValue_btn);
 
       JDialog dialog = joptionpane.createDialog(parentComponent, title);
-      dialog.setIconImage(WindowIcons.logoIcon.getImage());
-      dialog.setModalityType(modal ? ModalityType.APPLICATION_MODAL : ModalityType.MODELESS);
+      dialog.setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
+      dialog.setModalityType(modal ? ModalityType.APPLICATION_MODAL
+              : ModalityType.MODELESS);
       dialog.setDefaultCloseOperation(JDialog.DISPOSE_ON_CLOSE);
       dialog.setVisible(true);
+      setDialog(dialog);
     }
   }
 
-  public void showInternalDialog(JPanel mainPanel, String title, int yesNoCancelOption, int questionMessage, Icon icon,
-      Object[] options, String initresponse) {
-    if (!isInteractiveMode()) {
+  public void showInternalDialog(Object mainPanel, String title,
+          int yesNoCancelOption, int questionMessage, Icon icon,
+          Object[] options, String initresponse)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
       handleResponse(getMockResponse());
     }
 
@@ -886,54 +1114,81 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
     this.setMessage(mainPanel);
 
     ourOptions = Arrays.asList(options);
-    int response;
-    if (parentComponent != this) {
-      JInternalFrame jif = this.createInternalFrame(parentComponent, title);
-      jif.setFrameIcon(WindowIcons.logoIcon);
-      jif.addInternalFrameListener(new InternalFrameListener() {
+    if (parentComponent != this
+            && !(parentComponent == null && Desktop.instance == null))
+    {
+      // note the parent goes back to a JRootPane so is probably
+      // Desktop.getDesktop()
+      JInternalFrame jif = this.createInternalFrame(
+              parentComponent != null ? parentComponent : Desktop.instance,
+              title);
+      // connect to the alignFrame using a map in Desktop
+      if (parentComponent instanceof AlignFrame)
+      {
+        Desktop.addModal((AlignFrame) parentComponent, jif);
+      }
+      jif.setFrameIcon(null);
+      jif.addInternalFrameListener(new InternalFrameListener()
+      {
         @Override
-        public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent arg0) {
+        public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent arg0)
+        {
         }
 
         @Override
-        public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent arg0) {
+        public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent arg0)
+        {
           JvOptionPane.this.internalDialogHandleResponse();
         }
 
         @Override
-        public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent arg0) {
+        public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent arg0)
+        {
         }
 
         @Override
-        public void internalFrameDeactivated(InternalFrameEvent arg0) {
+        public void internalFrameDeactivated(InternalFrameEvent arg0)
+        {
         }
 
         @Override
-        public void internalFrameDeiconified(InternalFrameEvent arg0) {
+        public void internalFrameDeiconified(InternalFrameEvent arg0)
+        {
         }
 
         @Override
-        public void internalFrameIconified(InternalFrameEvent arg0) {
+        public void internalFrameIconified(InternalFrameEvent arg0)
+        {
         }
 
         @Override
-        public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent arg0) {
+        public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent arg0)
+        {
         }
       });
       jif.setVisible(true);
       startModal(jif);
       return;
-    } else {
+    }
+    else
+    {
       JDialog dialog = this.createDialog(parentComponent, title);
-      dialog.setIconImage(WindowIcons.logoIcon.getImage());
+      dialog.setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
       dialog.setVisible(true); // blocking
       this.internalDialogHandleResponse();
       return;
     }
   }
 
-  private void internalDialogHandleResponse() {
-    String responseString = (String) this.getValue();
+  private void internalDialogHandleResponse()
+  {
+    Object value = this.getValue();
+    if (value == null
+            || (value instanceof Integer && (Integer) value == -1))
+    {
+      return;
+    }
+    String responseString = value.toString();
     int response = ourOptions.indexOf(responseString);
 
     if (!Platform.isJS())
@@ -955,17 +1210,45 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * }
    */
   @Override
-  public JvOptionPane setResponseHandler(Object response, Callable<Void> action) {
+  public JvOptionPane setResponseHandler(Object response, Runnable action)
+  {
+    if (action == null)
+    {
+      action = NULLCALLABLE;
+    }
     callbacks.put(response, action);
     return this;
   }
 
+  public void setDialog(JDialog d)
+  {
+    dialog = d;
+  }
+
+  public JDialog getDialog()
+  {
+    return dialog;
+  }
+
   /**
    * showDialogOnTop will create a dialog that (attempts to) come to top of OS
    * desktop windows
    */
-  public static int showDialogOnTop(String label, String actionString, int JOPTIONPANE_OPTION,
-      int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE) {
+  public static int showDialogOnTop(String label, String actionString,
+          int JOPTIONPANE_OPTION, int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE)
+  {
+    return showDialogOnTop(null, label, actionString, JOPTIONPANE_OPTION,
+            JOPTIONPANE_MESSAGETYPE);
+  }
+
+  public static int showDialogOnTop(Component dialogParentComponent,
+          String label, String actionString, int JOPTIONPANE_OPTION,
+          int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
+      return (int) getMockResponse();
+    }
     // Ensure Jalview window is brought to front (primarily for Quit
     // confirmation window to be visible)
 
@@ -976,34 +1259,68 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
     // A better hack which works is to create a new JFrame parent with
     // setAlwaysOnTop(true)
     JFrame dialogParent = new JFrame();
-    dialogParent.setIconImage(WindowIcons.logoIcon.getImage());
-    dialogParent.setAlwaysOnTop(true);
+    if (dialogParentComponent == null)
+    {
+      dialogParent.setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
+      dialogParent.setAlwaysOnTop(true);
+    }
 
-    int answer = JOptionPane.showConfirmDialog(dialogParent, label, actionString, JOPTIONPANE_OPTION,
-        JOPTIONPANE_MESSAGETYPE);
+    int answer = JOptionPane.showConfirmDialog(
+            dialogParentComponent == null ? dialogParent
+                    : dialogParentComponent,
+            label, actionString, JOPTIONPANE_OPTION,
+            JOPTIONPANE_MESSAGETYPE);
 
-    dialogParent.setAlwaysOnTop(false);
-    dialogParent.dispose();
+    if (dialogParentComponent == null)
+    {
+      dialogParent.setAlwaysOnTop(false);
+      dialogParent.dispose();
+    }
 
     return answer;
   }
 
-  public void showDialogOnTopAsync(String label, String actionString, int JOPTIONPANE_OPTION,
-      int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, Icon icon, Object[] options, Object initialValue, boolean modal) {
+  public void showDialogOnTopAsync(String label, String actionString,
+          int JOPTIONPANE_OPTION, int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, Icon icon,
+          Object[] options, Object initialValue, boolean modal)
+  {
     JFrame frame = new JFrame();
-    frame.setIconImage(WindowIcons.logoIcon.getImage());
-    showDialogOnTopAsync(frame, label, actionString, JOPTIONPANE_OPTION, JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, icon, options,
-        initialValue, modal);
+    frame.setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
+    showDialogOnTopAsync(frame, label, actionString, JOPTIONPANE_OPTION,
+            JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, icon, options, initialValue, modal);
   }
 
-  public void showDialogOnTopAsync(JFrame dialogParent, Object label, String actionString, int JOPTIONPANE_OPTION,
-      int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, Icon icon, Object[] options, Object initialValue, boolean modal) {
-    showDialogOnTopAsync(dialogParent, label, actionString, JOPTIONPANE_OPTION, JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, icon, options,
-        initialValue, modal, null);
+  public void showDialogOnTopAsync(JFrame dialogParent, Object label,
+          String actionString, int JOPTIONPANE_OPTION,
+          int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, Icon icon, Object[] options,
+          Object initialValue, boolean modal)
+  {
+    showDialogOnTopAsync(dialogParent, label, actionString,
+            JOPTIONPANE_OPTION, JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, icon, options,
+            initialValue, modal, null);
   }
 
-  public void showDialogOnTopAsync(JFrame dialogParent, Object label, String actionString, int JOPTIONPANE_OPTION,
-      int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, Icon icon, Object[] options, Object initialValue, boolean modal, JButton[] buttons) {
+  public void showDialogOnTopAsync(JFrame dialogParent, Object label,
+          String actionString, int JOPTIONPANE_OPTION,
+          int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, Icon icon, Object[] options,
+          Object initialValue, boolean modal, JButton[] buttons)
+  {
+    showDialogOnTopAsync(dialogParent, label, actionString,
+            JOPTIONPANE_OPTION, JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, icon, options,
+            initialValue, modal, buttons, true);
+  }
+
+  public void showDialogOnTopAsync(JFrame dialogParent, Object label,
+          String actionString, int JOPTIONPANE_OPTION,
+          int JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, Icon icon, Object[] options,
+          Object initialValue, boolean modal, JButton[] buttons,
+          boolean dispose)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
+      handleResponse(getMockResponse());
+      return;
+    }
     // Ensure Jalview window is brought to front (primarily for Quit
     // confirmation window to be visible)
 
@@ -1016,45 +1333,59 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
     dialogParent.setAlwaysOnTop(true);
     parentComponent = dialogParent;
 
-    showDialog(label, actionString, JOPTIONPANE_OPTION, JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, icon, options, initialValue, modal,
-        buttons);
+    showDialog(label, actionString, JOPTIONPANE_OPTION,
+            JOPTIONPANE_MESSAGETYPE, icon, options, initialValue, modal,
+            buttons);
 
-    dialogParent.setAlwaysOnTop(false);
-    dialogParent.dispose();
+    if (dispose)
+    {
+      dialogParent.setAlwaysOnTop(false);
+      dialogParent.dispose();
+    }
   }
 
   /**
-   * JalviewJS signals option selection by a property change event for the option
-   * e.g. "OK". This methods responds to that by running the response action that
-   * corresponds to that option.
+   * JalviewJS signals option selection by a property change event for the
+   * option e.g. "OK". This methods responds to that by running the response
+   * action that corresponds to that option.
    * 
    * @param evt
    */
   @Override
-  public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt) {
+  public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
+  {
     Object newValue = evt.getNewValue();
     int ourOption = ourOptions.indexOf(newValue);
-    if (ourOption >= 0) {
+    if (ourOption >= 0)
+    {
       handleResponse(ourOption);
-    } else {
+    }
+    else
+    {
       // try our luck..
       handleResponse(newValue);
     }
   }
 
   @Override
-  public void handleResponse(Object response) {
+  public void handleResponse(Object response)
+  {
     /*
      * this test is for NaN in Chrome
      */
-    if (response != null && !response.equals(response)) {
+    if (response != null && !response.equals(response))
+    {
       return;
     }
-    Callable<Void> action = callbacks.get(response);
-    if (action != null) {
-      try {
-        action.call();
-      } catch (Exception e) {
+    Runnable action = callbacks.get(response);
+    if (action != null)
+    {
+      try
+      {
+        new Thread(action).start();
+        // action.call();
+      } catch (Exception e)
+      {
         e.printStackTrace();
       }
       if (parentComponent != null)
@@ -1065,61 +1396,90 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
   /**
    * Create a non-modal confirm dialog
    */
-  public JDialog createDialog(Component parentComponent, Object message, String title, int optionType, int messageType,
-      Icon icon, Object[] options, Object initialValue, boolean modal) {
-    return createDialog(parentComponent, message, title, optionType, messageType, icon, options, initialValue, modal,
-        null);
+  public JDialog createDialog(Component parentComponent, Object message,
+          String title, int optionType, int messageType, Icon icon,
+          Object[] options, Object initialValue, boolean modal)
+  {
+    return createDialog(parentComponent, message, title, optionType,
+            messageType, icon, options, initialValue, modal, null);
   }
 
-  public JDialog createDialog(Component parentComponent, Object message, String title, int optionType, int messageType,
-      Icon icon, Object[] options, Object initialValue, boolean modal, JButton[] buttons) {
+  public JDialog createDialog(Component parentComponent, Object message,
+          String title, int optionType, int messageType, Icon icon,
+          Object[] options, Object initialValue, boolean modal,
+          JButton[] buttons)
+  {
+    if (!isInteractiveMode())
+    {
+      handleResponse(getMockResponse());
+      return null;
+    }
     JButton[] optionsButtons = null;
     Object initialValueButton = null;
     JOptionPane joptionpane = new JOptionPane();
     // Make button options
-    int[] buttonActions = { JOptionPane.YES_OPTION, JOptionPane.NO_OPTION, JOptionPane.CANCEL_OPTION };
+    int[] buttonActions = { JOptionPane.YES_OPTION, JOptionPane.NO_OPTION,
+        JOptionPane.CANCEL_OPTION };
 
     // we need the strings to make the buttons with actionEventListener
-    if (options == null) {
+    if (options == null)
+    {
       ArrayList<String> options_default = new ArrayList<>();
       options_default.add(UIManager.getString("OptionPane.yesButtonText"));
-      if (optionType == JOptionPane.YES_NO_OPTION || optionType == JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION) {
+      if (optionType == JOptionPane.YES_NO_OPTION
+              || optionType == JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION)
+      {
         options_default.add(UIManager.getString("OptionPane.noButtonText"));
       }
-      if (optionType == JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION) {
-        options_default.add(UIManager.getString("OptionPane.cancelButtonText"));
+      if (optionType == JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION)
+      {
+        options_default
+                .add(UIManager.getString("OptionPane.cancelButtonText"));
       }
       options = options_default.toArray();
     }
     if (!Platform.isJS()) // JalviewJS already uses callback, don't need to
                           // add them here
     {
-      if (((optionType == JOptionPane.YES_OPTION || optionType == JOptionPane.NO_OPTION
-          || optionType == JOptionPane.CANCEL_OPTION || optionType == JOptionPane.OK_OPTION
-          || optionType == JOptionPane.DEFAULT_OPTION) && options.length < 1)
-          || ((optionType == JOptionPane.YES_NO_OPTION || optionType == JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION)
-              && options.length < 2)
-          || (optionType == JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION && options.length < 3)) {
-        jalview.bin.Console.debug("JvOptionPane: not enough options for dialog type");
+      if (((optionType == JOptionPane.YES_OPTION
+              || optionType == JOptionPane.NO_OPTION
+              || optionType == JOptionPane.CANCEL_OPTION
+              || optionType == JOptionPane.OK_OPTION
+              || optionType == JOptionPane.DEFAULT_OPTION)
+              && options.length < 1)
+              || ((optionType == JOptionPane.YES_NO_OPTION
+                      || optionType == JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION)
+                      && options.length < 2)
+              || (optionType == JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION
+                      && options.length < 3))
+      {
+        jalview.bin.Console
+                .debug("JvOptionPane: not enough options for dialog type");
       }
       optionsButtons = new JButton[options.length];
-      for (int i = 0; i < options.length && i < 3; i++) {
+      for (int i = 0; i < options.length && i < 3; i++)
+      {
         Object o = options[i];
         int buttonAction = buttonActions[i];
-        Callable<Void> action = callbacks.get(buttonAction);
+        Runnable action = callbacks.get(buttonAction);
         JButton jb;
-        if (buttons != null && buttons.length > i && buttons[i] != null) {
+        if (buttons != null && buttons.length > i && buttons[i] != null)
+        {
           jb = buttons[i];
-        } else {
+        }
+        else
+        {
           jb = new JButton();
         }
         jb.setText((String) o);
-        jb.addActionListener(new ActionListener() {
+        jb.addActionListener(new ActionListener()
+        {
           @Override
-          public void actionPerformed(ActionEvent e) {
+          public void actionPerformed(ActionEvent e)
+          {
             joptionpane.setValue(buttonAction);
             if (action != null)
-              Executors.newSingleThreadExecutor().submit(action);
+              new Thread(action).start();
             // joptionpane.transferFocusBackward();
             joptionpane.transferFocusBackward();
             joptionpane.setVisible(false);
@@ -1128,16 +1488,21 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
             boolean raiseParent = (parentComponent != null);
             if (buttonAction == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
               raiseParent = false;
-            if (optionType == JOptionPane.YES_NO_OPTION && buttonAction == JOptionPane.NO_OPTION)
+            if (optionType == JOptionPane.YES_NO_OPTION
+                    && buttonAction == JOptionPane.NO_OPTION)
               raiseParent = false;
-            if (raiseParent) {
+            if (raiseParent)
+            {
               parentComponent.requestFocus();
-              if (parentComponent instanceof JInternalFrame) {
+              if (parentComponent instanceof JInternalFrame)
+              {
                 JInternalFrame jif = (JInternalFrame) parentComponent;
                 jif.show();
                 jif.moveToFront();
                 jif.grabFocus();
-              } else if (parentComponent instanceof Window) {
+              }
+              else if (parentComponent instanceof Window)
+              {
                 Window w = (Window) parentComponent;
                 w.toFront();
                 w.requestFocus();
@@ -1156,12 +1521,15 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
     joptionpane.setOptionType(optionType);
     joptionpane.setIcon(icon);
     joptionpane.setOptions(Platform.isJS() ? options : optionsButtons);
-    joptionpane.setInitialValue(Platform.isJS() ? initialValue : initialValueButton);
+    joptionpane.setInitialValue(
+            Platform.isJS() ? initialValue : initialValueButton);
 
     JDialog dialog = joptionpane.createDialog(parentComponent, title);
-    dialog.setIconImage(WindowIcons.logoIcon.getImage());
-    dialog.setModalityType(modal ? ModalityType.APPLICATION_MODAL : ModalityType.MODELESS);
+    dialog.setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
+    dialog.setModalityType(
+            modal ? ModalityType.APPLICATION_MODAL : ModalityType.MODELESS);
     dialog.setDefaultCloseOperation(JDialog.DISPOSE_ON_CLOSE);
+    setDialog(dialog);
     return dialog;
   }
 
@@ -1170,7 +1538,8 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * 
    * returns true if button was found
    */
-  public static boolean clickButton(JFrame frame, int buttonType) {
+  public static boolean clickButton(JFrame frame, int buttonType)
+  {
 
     return false;
   }
@@ -1181,9 +1550,11 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
    * the JInternalFrame and sizes it according to the JInternalFrame's preferred
    * size.
    *
-   * @param f The JInternalFrame to make modal.
+   * @param f
+   *          The JInternalFrame to make modal.
    */
-  private static void startModal(JInternalFrame f) {
+  private static void startModal(JInternalFrame f)
+  {
     // We need to add an additional glasspane-like component directly
     // below the frame, which intercepts all mouse events that are not
     // directed at the frame itself.
@@ -1192,19 +1563,39 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
     JLayeredPane lp = JLayeredPane.getLayeredPaneAbove(f);
     lp.setLayer(modalInterceptor, JLayeredPane.MODAL_LAYER.intValue());
     modalInterceptor.setBounds(0, 0, lp.getWidth(), lp.getHeight());
-    modalInterceptor.addMouseListener(new MouseAdapter() {
+    modalInterceptor.addMouseListener(new MouseAdapter()
+    {
     });
-    modalInterceptor.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter() {
+    modalInterceptor.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
+    {
     });
     lp.add(modalInterceptor);
     f.toFront();
 
+    // disable the main menu bar if in Linux
+    JMenuBar menubar = null;
+    if (Platform.isLinux())
+    {
+      JRootPane rootpane = Desktop.getDesktop().getRootPane();
+      menubar = rootpane.getJMenuBar();
+    }
+
     // We need to explicitly dispatch events when we are blocking the event
     // dispatch thread.
     EventQueue queue = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemEventQueue();
-    try {
-      while (!f.isClosed()) {
-        if (EventQueue.isDispatchThread()) {
+    try
+    {
+      if (menubar != null)
+      {
+        // don't allow clicks on main menu on linux due to a hanging bug.
+        // see JAL-4214.
+        setMenusEnabled(menubar, false);
+      }
+
+      while (!f.isClosed())
+      {
+        if (EventQueue.isDispatchThread())
+        {
           // The getNextEventMethod() issues wait() when no
           // event is available, so we don't need do explicitly wait().
           AWTEvent ev = queue.getNextEvent();
@@ -1212,29 +1603,145 @@ public class JvOptionPane extends JOptionPane implements DialogRunnerI, Property
           // EventQueue.dispatchEvent() directly, because it is
           // protected, unfortunately.
           if (ev instanceof ActiveEvent)
+          {
             ((ActiveEvent) ev).dispatch();
-          else if (ev.getSource() instanceof Component)
+          }
+          else if (ev instanceof KeyEvent && ((KeyEvent) ev).isControlDown()
+                  && menubar != null)
+          {
+            // temporarily enable menus to send Ctrl+? KeyEvents
+            setMenusEnabled(menubar, true);
             ((Component) ev.getSource()).dispatchEvent(ev);
+            setMenusEnabled(menubar, false);
+          }
           else if (ev.getSource() instanceof MenuComponent)
+          {
             ((MenuComponent) ev.getSource()).dispatchEvent(ev);
+          }
+          else if (ev.getSource() instanceof Component)
+          {
+            ((Component) ev.getSource()).dispatchEvent(ev);
+          }
           // Other events are ignored as per spec in
           // EventQueue.dispatchEvent
-        } else {
+        }
+        else
+        {
           // Give other threads a chance to become active.
           Thread.yield();
         }
       }
-    } catch (InterruptedException ex) {
+    } catch (InterruptedException ex)
+    {
       // If we get interrupted, then leave the modal state.
-    } finally {
+    } finally
+    {
+      // re-enable the main menu bar
+      if (menubar != null)
+      {
+        setMenusEnabled(menubar, true);
+      }
+
       // Clean up the modal interceptor.
       lp.remove(modalInterceptor);
 
+      // unpaint the frame
+      f.setVisible(false);
+
+      // close the frame
+      try
+      {
+        f.setClosed(true);
+      } catch (PropertyVetoException e)
+      {
+        f.doDefaultCloseAction();
+      }
+
       // Remove the internal frame from its parent, so it is no longer
       // lurking around and clogging memory.
       Container parent = f.getParent();
       if (parent != null)
+      {
         parent.remove(f);
+      }
+    }
+  }
+
+  public static JvOptionPane frameDialog(Object message, String title,
+          int messageType, String[] buttonsTextS, String defaultButtonS,
+          List<Runnable> handlers, boolean modal)
+  {
+    JFrame parent = new JFrame();
+    JvOptionPane jvop = JvOptionPane.newOptionDialog();
+    final String[] buttonsText;
+    final String defaultButton;
+    if (buttonsTextS == null)
+    {
+      String ok = MessageManager.getString("action.ok");
+      buttonsText = new String[] { ok };
+      defaultButton = ok;
+    }
+    else
+    {
+      buttonsText = buttonsTextS;
+      defaultButton = defaultButtonS;
     }
+    JButton[] buttons = new JButton[buttonsText.length];
+    for (int i = 0; i < buttonsText.length; i++)
+    {
+      buttons[i] = new JButton();
+      buttons[i].setText(buttonsText[i]);
+      Console.debug("DISABLING BUTTON " + buttons[i].getText());
+      buttons[i].setEnabled(false);
+      buttons[i].setVisible(false);
+    }
+
+    int dialogType = -1;
+    if (buttonsText.length == 1)
+    {
+      dialogType = JOptionPane.OK_OPTION;
+    }
+    else if (buttonsText.length == 2)
+    {
+      dialogType = JOptionPane.YES_NO_OPTION;
+    }
+    else
+    {
+      dialogType = JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION;
+    }
+    jvop.setResponseHandler(JOptionPane.YES_OPTION,
+            (handlers != null && handlers.size() > 0) ? handlers.get(0)
+                    : NULLCALLABLE);
+    if (dialogType == JOptionPane.YES_NO_OPTION
+            || dialogType == JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION)
+    {
+      jvop.setResponseHandler(JOptionPane.NO_OPTION,
+              (handlers != null && handlers.size() > 1) ? handlers.get(1)
+                      : NULLCALLABLE);
+    }
+    if (dialogType == JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION)
+    {
+      jvop.setResponseHandler(JOptionPane.CANCEL_OPTION,
+              (handlers != null && handlers.size() > 2) ? handlers.get(2)
+                      : NULLCALLABLE);
+    }
+
+    final int dt = dialogType;
+    new Thread(() -> {
+      jvop.showDialog(message, title, dt, messageType, null, buttonsText,
+              defaultButton, modal, buttons);
+    }).start();
+
+    return jvop;
   }
+
+  private static void setMenusEnabled(JMenuBar menubar, boolean b)
+  {
+    for (int i = 0; i < menubar.getMenuCount(); i++)
+    {
+      JMenu menu = menubar.getMenu(i);
+      menu.setEnabled(b);
+    }
+  }
+
 }