Formatting changes
[jalview.git] / src / jalview / gui / ScalePanel.java
index 73a9e6e..486b87a 100755 (executable)
  */\r
 package jalview.gui;\r
 \r
+import jalview.datamodel.*;\r
+\r
 import java.awt.*;\r
 import java.awt.event.*;\r
+\r
 import javax.swing.*;\r
 \r
-import jalview.datamodel.*;\r
 \r
-public class ScalePanel\r
-    extends JPanel\r
+/**\r
+ * DOCUMENT ME!\r
+ *\r
+ * @author $author$\r
+ * @version $Revision$\r
+ */\r
+public class ScalePanel extends JPanel\r
 {\r
-  protected int offy = 4;\r
-  public int width;\r
-  protected AlignViewport av;\r
-  AlignmentPanel ap;\r
-  boolean stretchingGroup = false;\r
-\r
-  int min, max; //used by mouseDragged to see if user\r
-  // wants to delete columns\r
-\r
-  public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
-  {\r
-    this.av = av;\r
-    this.ap = ap;\r
-\r
-    addMouseListener(new MouseAdapter()\r
+    protected int offy = 4;\r
+\r
+    /** DOCUMENT ME!! */\r
+    public int width;\r
+    protected AlignViewport av;\r
+    AlignmentPanel ap;\r
+    boolean stretchingGroup = false;\r
+    int min; //used by mouseDragged to see if user\r
+    int max; //used by mouseDragged to see if user\r
+\r
+    // wants to delete columns\r
+    public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
     {\r
-      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
-      {\r
-        doMousePressed(evt);\r
-      }\r
-\r
-      public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
-      {\r
-        doMouseReleased(evt);\r
-      }\r
-    });\r
-    addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
-    {\r
-      public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
-      {\r
-        doMouseDragged(evt);\r
-      }\r
-    });\r
-  }\r
-\r
-  public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
-  {\r
-    int x = evt.getX();\r
-    int res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
-    SequenceGroup sg = null;\r
-\r
-    min=res;\r
-    max=res;\r
-\r
-    if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
-    {\r
-      av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
-      ap.annotationPanel.removeEditableColumn(res);\r
+        this.av = av;\r
+        this.ap = ap;\r
+\r
+        addMouseListener(new MouseAdapter()\r
+            {\r
+                public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
+                {\r
+                    doMousePressed(evt);\r
+                }\r
+\r
+                public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
+                {\r
+                    doMouseReleased(evt);\r
+                }\r
+            });\r
+        addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
+            {\r
+                public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
+                {\r
+                    doMouseDragged(evt);\r
+                }\r
+            });\r
     }\r
-    else\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param evt DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
     {\r
-      av.getColumnSelection().addElement(res);\r
-      sg = new SequenceGroup();\r
+        int x = evt.getX();\r
+        int res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
+        SequenceGroup sg = null;\r
+\r
+        min = res;\r
+        max = res;\r
+\r
+        if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
+        {\r
+            av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
+            ap.annotationPanel.removeEditableColumn(res);\r
+        }\r
+        else\r
+        {\r
+            av.getColumnSelection().addElement(res);\r
+            sg = new SequenceGroup();\r
 \r
-      for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
-      {\r
-        sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
-      }\r
+            for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
+            {\r
+                sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
+            }\r
 \r
-      sg.setStartRes(res);\r
-      sg.setEndRes(res);\r
+            sg.setStartRes(res);\r
+            sg.setEndRes(res);\r
+        }\r
 \r
+        av.setSelectionGroup(sg);\r
+        ap.repaint();\r
     }\r
 \r
-    av.setSelectionGroup(sg);\r
-    ap.repaint();\r
-  }\r
-\r
-  public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
-  {\r
-    int x = evt.getX();\r
-    int res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
-\r
-    if(av.getColumnSelection()!=null)\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param evt DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
     {\r
-      for(int i=0; i<av.getColumnSelection().size(); i++)\r
-      {\r
-        ap.annotationPanel.addEditableColumn(\r
-            av.getColumnSelection().columnAt(i));\r
-      }\r
+        int x = evt.getX();\r
+        int res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
+\r
+        if (av.getColumnSelection() != null)\r
+        {\r
+            for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
+            {\r
+                ap.annotationPanel.addEditableColumn(av.getColumnSelection()\r
+                                                       .columnAt(i));\r
+            }\r
+        }\r
+\r
+        if (!stretchingGroup)\r
+        {\r
+            ap.repaint();\r
+\r
+            return;\r
+        }\r
+\r
+        SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
+\r
+        if (res > sg.getStartRes())\r
+        {\r
+            sg.setEndRes(res);\r
+        }\r
+        else if (res < sg.getStartRes())\r
+        {\r
+            sg.setStartRes(res);\r
+        }\r
+\r
+        stretchingGroup = false;\r
+        ap.repaint();\r
     }\r
 \r
-    if (!stretchingGroup)\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param evt DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
     {\r
-      ap.repaint();\r
-      return;\r
+        int x = evt.getX();\r
+        int res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
+\r
+        if (res < min)\r
+        {\r
+            min = res;\r
+        }\r
+\r
+        if (res > max)\r
+        {\r
+            max = res;\r
+        }\r
+\r
+        SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
+\r
+        if (sg != null)\r
+        {\r
+            stretchingGroup = true;\r
+\r
+            if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
+            {\r
+                av.getColumnSelection().addElement(res);\r
+            }\r
+\r
+            if (res > sg.getStartRes())\r
+            {\r
+                sg.setEndRes(res);\r
+            }\r
+            else if (res < sg.getStartRes())\r
+            {\r
+                sg.setStartRes(res);\r
+            }\r
+\r
+            for (int i = min; i <= max; i++)\r
+            {\r
+                if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
+                {\r
+                    av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
+                    ap.annotationPanel.removeEditableColumn(res);\r
+                }\r
+                else\r
+                {\r
+                    av.getColumnSelection().addElement(i);\r
+                }\r
+            }\r
+\r
+            ap.repaint();\r
+        }\r
     }\r
 \r
-    SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
-\r
-    if (res > sg.getStartRes())\r
-    {\r
-      sg.setEndRes(res);\r
-    }\r
-    else if (res < sg.getStartRes())\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param g DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void paintComponent(Graphics g)\r
     {\r
-      sg.setStartRes(res);\r
+        drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
     }\r
 \r
-    stretchingGroup = false;\r
-    ap.repaint();\r
-  }\r
-\r
-  public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
-  {\r
-    int x = evt.getX();\r
-    int res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
-\r
-    if(res < min)\r
-      min = res;\r
-    if(res>max)\r
-      max = res;\r
-\r
-    SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
-\r
-    if (sg != null)\r
+    // scalewidth will normally be screenwidth,\r
+    public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
+        int height)\r
     {\r
-      stretchingGroup = true;\r
-      if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
-      {\r
-        av.getColumnSelection().addElement(res);\r
-      }\r
-\r
-\r
-      if (res > sg.getStartRes())\r
-      {\r
-        sg.setEndRes(res);\r
-      }\r
-      else if (res < sg.getStartRes())\r
-      {\r
-        sg.setStartRes(res);\r
-      }\r
-\r
-      for(int i=min; i<=max; i++)\r
-      {\r
-        if (i < sg.getStartRes() || i > sg.getEndRes())\r
-         {\r
-           av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
-           ap.annotationPanel.removeEditableColumn(res);\r
-         }\r
-        else\r
-          av.getColumnSelection().addElement(i);\r
-      }\r
-      ap.repaint();\r
-    }\r
-  }\r
-\r
-  public void paintComponent(Graphics g)\r
-  {\r
-    drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
-  }\r
-\r
-  // scalewidth will normally be screenwidth,\r
-  public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
-                        int height)\r
-  {\r
-    Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
-    gg.setFont(av.getFont());\r
-    gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
-                        RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
-\r
-    //Fill in the background\r
-    gg.setColor(Color.white);\r
-    gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
-    gg.setColor(Color.black);\r
-\r
-    //Fill the selected columns\r
-    ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
-    gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
-\r
-    for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
-    {\r
-      int sel = cs.columnAt(i);\r
-\r
-      if ( (sel >= startx) && (sel <= endx))\r
-      {\r
-        gg.fillRect( (sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
+        Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
+        gg.setFont(av.getFont());\r
+        gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
+            RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
+\r
+        //Fill in the background\r
+        gg.setColor(Color.white);\r
+        gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
+        gg.setColor(Color.black);\r
+\r
+        //Fill the selected columns\r
+        ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
+        gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
+\r
+        for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
+        {\r
+            int sel = cs.columnAt(i);\r
+\r
+            if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
+            {\r
+                gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
                     getHeight());\r
-      }\r
-    }\r
-\r
-    // Draw the scale numbers\r
-    gg.setColor(Color.black);\r
-\r
-    int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
-\r
-    FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
-    int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
-\r
-    if ( (scalestartx % 10) == 0)\r
-    {\r
-      scalestartx += 5;\r
-    }\r
-\r
-    for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
-    {\r
-      if ( (i % 10) == 0)\r
-      {\r
-        gg.drawString(String.valueOf(i),\r
-                      (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
-        gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
-                            (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
-                    (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
-                           (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
-                            (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
-                    (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
-                           (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
-      }\r
+            }\r
+        }\r
+\r
+        // Draw the scale numbers\r
+        gg.setColor(Color.black);\r
+\r
+        int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
+\r
+        FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
+        int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
+\r
+        if ((scalestartx % 10) == 0)\r
+        {\r
+            scalestartx += 5;\r
+        }\r
+\r
+        for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
+        {\r
+            if ((i % 10) == 0)\r
+            {\r
+                gg.drawString(String.valueOf(i),\r
+                    (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
+                gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
+                    (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
+                    (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
+                    (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
+            }\r
+            else\r
+            {\r
+                gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
+                    (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
+                    (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
+                    (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
+            }\r
+        }\r
     }\r
-  }\r
 }\r