JAL-2831 Don't show cursor if position in hidden region
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqCanvas.java
index 2f4a89a..36ae682 100755 (executable)
@@ -296,47 +296,48 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       int transX = 0;
       int transY = 0;
 
-    gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
-            img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
-            -vertical * charHeight);
+      gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
+              img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
+              -vertical * charHeight);
 
-    if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
-    {
-      transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
-      startRes = endRes - horizontal;
-    }
-    else if (horizontal < 0)
-    {
-      endRes = startRes - horizontal;
-    }
-    else if (vertical > 0) // scroll down
-    {
-      startSeq = endSeq - vertical;
-
-      if (startSeq < ranges.getStartSeq())
-      { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
-        startSeq = ranges.getStartSeq();
+      if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
+      {
+        transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
+        startRes = endRes - horizontal;
       }
-      else
+      else if (horizontal < 0)
       {
-        transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
+        endRes = startRes - horizontal;
       }
-    }
-    else if (vertical < 0)
-    {
-      endSeq = startSeq - vertical;
 
-      if (endSeq > ranges.getEndSeq())
+      if (vertical > 0) // scroll down
       {
-        endSeq = ranges.getEndSeq();
+        startSeq = endSeq - vertical;
+
+        if (startSeq < ranges.getStartSeq())
+        { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
+          startSeq = ranges.getStartSeq();
+        }
+        else
+        {
+          transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
+        }
+      }
+      else if (vertical < 0)
+      {
+        endSeq = startSeq - vertical;
+
+        if (endSeq > ranges.getEndSeq())
+        {
+          endSeq = ranges.getEndSeq();
+        }
       }
-    }
 
-    gg.translate(transX, transY);
-    drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
-    gg.translate(-transX, -transY);
+      gg.translate(transX, transY);
+      drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
+      gg.translate(-transX, -transY);
 
-    repaint();
+      repaint();
     } finally
     {
       fastpainting = false;
@@ -920,9 +921,9 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
           int canvasWidth,
           int canvasHeight, int startRes)
   {
-       int charHeight = av.getCharHeight();
-       int charWidth = av.getCharWidth();
-         
+    int charHeight = av.getCharHeight();
+    int charWidth = av.getCharWidth();
+      
     // height gap above each panel
     int hgap = charHeight;
     if (av.getScaleAboveWrapped())
@@ -1269,7 +1270,8 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
             .findIndexWithoutHiddenSeqs(cursorY);
 
     // don't do work unless we have to
-    if (cursor_ypos >= startSeq && cursor_ypos <= endSeq)
+    if (!av.getAlignment().getHiddenSequences().isHidden(cursorY)
+            && cursor_ypos >= startSeq && cursor_ypos <= endSeq)
     {
       int yoffset = 0;
       int xoffset = 0;
@@ -1280,52 +1282,56 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       int cursor_xpos = av.getAlignment().getHiddenColumns()
               .findColumnPosition(cursorX);
 
-      if (av.getWrapAlignment())
+      if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(cursorX))
       {
-        // work out the correct offsets for the cursor
-        int charHeight = av.getCharHeight();
-        int charWidth = av.getCharWidth();
-        int canvasWidth = getWidth();
-        int canvasHeight = getHeight();
 
-        // height gap above each panel
-        int hgap = charHeight;
-        if (av.getScaleAboveWrapped())
+        if (av.getWrapAlignment())
         {
-          hgap += charHeight;
-        }
+          // work out the correct offsets for the cursor
+          int charHeight = av.getCharHeight();
+          int charWidth = av.getCharWidth();
+          int canvasWidth = getWidth();
+          int canvasHeight = getHeight();
+
+          // height gap above each panel
+          int hgap = charHeight;
+          if (av.getScaleAboveWrapped())
+          {
+            hgap += charHeight;
+          }
 
-        int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
-                / charWidth;
-        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
+          int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
+                  / charWidth;
+          int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 
-        endx = startx + cWidth - 1;
-        int ypos = hgap; // vertical offset
+          endx = startx + cWidth - 1;
+          int ypos = hgap; // vertical offset
 
-        // iterate down the wrapped panels
-        while ((ypos <= canvasHeight) && (endx < cursor_xpos))
-        {
-          // update vertical offset
-          ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
+          // iterate down the wrapped panels
+          while ((ypos <= canvasHeight) && (endx < cursor_xpos))
+          {
+            // update vertical offset
+            ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 
-          // update horizontal offset
-          startx += cWidth;
-          endx = startx + cWidth - 1;
+            // update horizontal offset
+            startx += cWidth;
+            endx = startx + cWidth - 1;
+          }
+          yoffset = ypos;
+          xoffset = labelWidthWest;
         }
-        yoffset = ypos;
-        xoffset = labelWidthWest;
-      }
 
-      // now check if cursor is within range for x values
-      if (cursor_xpos >= startx && cursor_xpos <= endx)
-      {
-        // get the character the cursor is drawn at
-        SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(cursorY);
-        char s = seq.getCharAt(cursorX);
+        // now check if cursor is within range for x values
+        if (cursor_xpos >= startx && cursor_xpos <= endx)
+        {
+          // get the character the cursor is drawn at
+          SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(cursorY);
+          char s = seq.getCharAt(cursorX);
 
-        seqRdr.drawCursor(g, s,
-                xoffset + (cursor_xpos - startx) * av.getCharWidth(),
-                yoffset + (cursor_ypos - startSeq) * av.getCharHeight());
+          seqRdr.drawCursor(g, s,
+                  xoffset + (cursor_xpos - startx) * av.getCharWidth(),
+                  yoffset + (cursor_ypos - startSeq) * av.getCharHeight());
+        }
       }
     }
   }
@@ -1362,8 +1368,8 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
   {
-       int charWidth = av.getCharWidth();
-         
+    int charWidth = av.getCharWidth();
+          
     if (!av.hasHiddenColumns())
     {
       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
@@ -1425,9 +1431,9 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
           int verticalOffset)
   {
-       int charHeight = av.getCharHeight();
-       int charWidth = av.getCharWidth();
-         
+        int charHeight = av.getCharHeight();
+        int charWidth = av.getCharWidth();
+          
     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 
     int oldY = -1;
@@ -1746,15 +1752,31 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       repaint();
       return;
     }
+    else if (eventName.equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
+    {
+      fastPaint = false;
+      repaint();
+      return;
+    }
 
     int scrollX = 0;
-    if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
+    if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES)
+            || eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
     {
       // Make sure we're not trying to draw a panel
       // larger than the visible window
+      if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
+      {
+        scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
+      }
+      else
+      {
+        scrollX = ((int[]) evt.getNewValue())[0]
+                - ((int[]) evt.getOldValue())[0];
+      }
       ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
-      scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
-      int range = vpRanges.getViewportWidth();
+
+      int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
       if (scrollX > range)
       {
         scrollX = range;
@@ -1763,30 +1785,43 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       {
         scrollX = -range;
       }
-    }
-
-    // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
-    // both start and end points, but resize only changes end values.
-    // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
-    // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
-    // vertical start value.
 
-    // scroll - startres and endres both change
-    if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
-    {
-      if (av.getWrapAlignment())
+      // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
+      // both start and end points, but resize only changes end values.
+      // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
+      // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
+      // vertical start value.
+      if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
       {
-        fastPaintWrapped(scrollX);
+         if (av.getWrapAlignment())
+          {
+            fastPaintWrapped(scrollX);
+          }
+          else
+          {
+            fastPaint(scrollX, 0);
+          }
       }
-      else
+      else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
       {
-        fastPaint(scrollX, 0);
+        // scroll
+        fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
+      }
+      else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
+      {
+        if (av.getWrapAlignment())
+        {
+          fastPaintWrapped(scrollX);
+        }
+        else
+        {
+          fastPaint(scrollX, 0);
+        }
+        // bizarrely, we only need to scroll on the x value here as fastpaint
+        // copies the full height of the image anyway. Passing in the y value
+        // causes nasty repaint artefacts, which only disappear on a full
+        // repaint.
       }
-    }
-    else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
-    {
-      // scroll
-      fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
     }
   }