JAL-2778 added JAL-2851 fix to avoid confusion
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqCanvas.java
index 2a9c704..e490b7e 100755 (executable)
@@ -295,48 +295,53 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       int endSeq = ranges.getEndSeq();
       int transX = 0;
       int transY = 0;
+      
+      gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
+              img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
+              -vertical * charHeight);
 
-    gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
-            img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
-            -vertical * charHeight);
-
-    if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
-    {
-      transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
-      startRes = endRes - horizontal;
-    }
-    else if (horizontal < 0)
-    {
-      endRes = startRes - horizontal;
-    }
-    else if (vertical > 0) // scroll down
-    {
-      startSeq = endSeq - vertical;
-
-      if (startSeq < ranges.getStartSeq())
-      { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
-        startSeq = ranges.getStartSeq();
+      if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
+      {
+        transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
+        startRes = endRes - horizontal;
       }
-      else
+      else if (horizontal < 0)
       {
-        transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
+        endRes = startRes - horizontal;
       }
-    }
-    else if (vertical < 0)
-    {
-      endSeq = startSeq - vertical;
 
-      if (endSeq > ranges.getEndSeq())
+      if (vertical > 0) // scroll down
       {
-        endSeq = ranges.getEndSeq();
+        startSeq = endSeq - vertical;
+
+        if (startSeq < ranges.getStartSeq())
+        { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
+          startSeq = ranges.getStartSeq();
+        }
+        else
+        {
+          transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
+        }
       }
-    }
+      else if (vertical < 0)
+      {
+        endSeq = startSeq - vertical;
 
-    gg.translate(transX, transY);
-    drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
-    gg.translate(-transX, -transY);
+        if (endSeq > ranges.getEndSeq())
+        {
+          endSeq = ranges.getEndSeq();
+        }
+      }
 
-    repaint();
+      gg.translate(transX, transY);
+      drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
+      gg.translate(-transX, -transY);
+
+      // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
+      // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the
+      // overview
+      // window and others may be adversely affected.
+      av.getAlignPanel().repaint();
     } finally
     {
       fastpainting = false;
@@ -350,20 +355,20 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
     
     int charHeight = av.getCharHeight();
     int charWidth = av.getCharWidth();
-
+    
     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
-
+    
     int width = getWidth();
     int height = getHeight();
-
+    
     width -= (width % charWidth);
     height -= (height % charHeight);
-
+    
     // selectImage is the selection group outline image
     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(
             ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
             ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq());
-
+    
     if ((img != null) && (fastPaint
             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))
@@ -387,16 +392,16 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
         gg.setFont(av.getFont());
       }
-
+    
       if (av.antiAlias)
       {
         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
       }
-
+    
       gg.setColor(Color.white);
       gg.fillRect(0, 0, img.getWidth(), img.getHeight());
-
+    
       if (av.getWrapAlignment())
       {
         drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
@@ -406,7 +411,7 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
         drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
                 ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
       }
-
+    
       // lcimg is a local *copy* of img which we'll draw selectImage on top of
       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
@@ -496,8 +501,11 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
   private BufferedImage buildLocalImage(BufferedImage selectImage)
   {
     // clone the cached image
-    BufferedImage lcimg = new BufferedImage(img.getWidth(), img.getHeight(),
-            img.getType());
+         BufferedImage lcimg = new BufferedImage(img.getWidth(), img.getHeight(),
+                   img.getType());
+
+    // BufferedImage lcimg = new BufferedImage(img.getWidth(), img.getHeight(),
+    // img.getType());
     Graphics2D g2d = lcimg.createGraphics();
     g2d.drawImage(img, 0, 0, null);
 
@@ -536,8 +544,8 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
 
     try
     {
-      lcimg = new BufferedImage(width, height,
-              BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
+       lcimg = new BufferedImage(width, height,
+                BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
     } catch (OutOfMemoryError er)
     {
       System.gc();
@@ -912,9 +920,9 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
           int canvasWidth,
           int canvasHeight, int startRes)
   {
-       int charHeight = av.getCharHeight();
-       int charWidth = av.getCharWidth();
-         
+    int charHeight = av.getCharHeight();
+    int charWidth = av.getCharWidth();
+      
     // height gap above each panel
     int hgap = charHeight;
     if (av.getScaleAboveWrapped())
@@ -1276,8 +1284,8 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
   {
-       int charWidth = av.getCharWidth();
-         
+    int charWidth = av.getCharWidth();
+          
     if (!av.hasHiddenColumns())
     {
       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
@@ -1339,9 +1347,9 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
           int verticalOffset)
   {
-       int charHeight = av.getCharHeight();
-       int charWidth = av.getCharWidth();
-         
+        int charHeight = av.getCharHeight();
+        int charWidth = av.getCharWidth();
+          
     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 
     int oldY = -1;
@@ -1662,13 +1670,23 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
     }
 
     int scrollX = 0;
-    if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
+    if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES)
+            || eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
     {
       // Make sure we're not trying to draw a panel
       // larger than the visible window
+      if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
+      {
+        scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
+      }
+      else
+      {
+        scrollX = ((int[]) evt.getNewValue())[0]
+                - ((int[]) evt.getOldValue())[0];
+      }
       ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
-      scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
-      int range = vpRanges.getViewportWidth();
+
+      int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
       if (scrollX > range)
       {
         scrollX = range;
@@ -1684,8 +1702,6 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
     // vertical start value.
-
-    // scroll - startres and endres both change
     if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
     {
       if (av.getWrapAlignment())
@@ -1702,6 +1718,14 @@ public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
       // scroll
       fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
     }
+    else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
+    {
+      fastPaint(scrollX, 0);
+      // bizarrely, we only need to scroll on the x value here as fastpaint
+      // copies the full height of the image anyway. Passing in the y value
+      // causes nasty repaint artefacts, which only disappear on a full
+      // repaint.
+    }
   }
 
   /**