git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-2326 updated references of JOptionPane to JvOptionPane
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqPanel.java
diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
index 41ef2b4..8726c4a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
- * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -27,8 +27,9 @@ import jalview.commands.EditCommand.Action;
 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
 import jalview.datamodel.AlignmentI;
 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
+import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
 import jalview.datamodel.SearchResults;
-import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
+import jalview.datamodel.SearchResultsI;
 import jalview.datamodel.Sequence;
 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
@@ -124,7 +125,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 
-  StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
+  StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 
   String tmpString;
 
@@ -132,7 +133,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
   StructureSelectionManager ssm;
 
-  SearchResults lastSearchResults;
+  SearchResultsI lastSearchResults;
 
   /**
    * Creates a new SeqPanel object.
@@ -676,7 +677,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * the start of the highlighted region.
    */
   @Override
-  public void highlightSequence(SearchResults results)
+  public void highlightSequence(SearchResultsI results)
   {
     if (results == null || results.equals(lastSearchResults))
     {
@@ -785,7 +786,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       seqARep.appendFeatures(tooltipText, rpos, features,
               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax());
     }
-    if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>
+    if (tooltipText.length() == 6) // <html>
     {
       setToolTipText(null);
       lastTooltip = null;
@@ -910,7 +911,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * 
    * @param results
    */
-  private void setStatusMessage(SearchResults results)
+  private void setStatusMessage(SearchResultsI results)
   {
     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
@@ -919,7 +920,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       return;
     }
     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
-    for (Match m : results.getResults())
+    for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
     {
       SequenceI seq = m.getSequence();
       if (seq.getDatasetSequence() != null)
@@ -1501,7 +1502,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
       if (features != null && features.size() > 0)
       {
-        SearchResults highlight = new SearchResults();
+        SearchResultsI highlight = new SearchResults();
         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(), features
                 .get(0).getEnd());
         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
@@ -1565,10 +1566,10 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
     if (av.getWrapAlignment() && seq > av.getAlignment().getHeight())
     {
-      JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
+      JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
               .getString("label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
-              JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+              JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
       return;
     }