Merge branch 'develop' into features/mchmmer
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqPanel.java
index d5a13f3..ce6bcbd 100644 (file)
@@ -246,7 +246,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
     if (av.hasHiddenColumns())
     {
       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
-              .adjustForHiddenColumns(res);
+              .visibleToAbsoluteColumn(res);
     }
 
     return res;
@@ -359,10 +359,25 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 
-      while (!hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX)
-              && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
+      if (!hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
       {
-        seqCanvas.cursorX += dx;
+        int visx = hidden.absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX - dx);
+        int[] region = hidden.getRegionWithEdgeAtRes(visx);
+
+        if (region != null) // just in case
+        {
+          if (dx == 1)
+          {
+            // moving right
+            seqCanvas.cursorX = region[1] + 1;
+          }
+          else if (dx == -1)
+          {
+            // moving left
+            seqCanvas.cursorX = region[0] - 1;
+          }
+        }
+        seqCanvas.cursorX = (seqCanvas.cursorX < 0) ? 0 : seqCanvas.cursorX;
       }
 
       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
@@ -417,7 +432,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       {
         // scrollToWrappedVisible expects x-value to have hidden cols subtracted
         int x = av.getAlignment().getHiddenColumns()
-                .findColumnPosition(seqCanvas.cursorX);
+                .absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX);
         av.getRanges().scrollToWrappedVisible(x);
       }
       else
@@ -1257,9 +1272,9 @@ public class SeqPanel extends JPanel
     {
       fixedColumns = true;
       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
-              .getHiddenBoundaryLeft(startres);
+              .getNextHiddenBoundary(true, startres);
       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
-              .getHiddenBoundaryRight(startres);
+              .getNextHiddenBoundary(false, startres);
 
       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
@@ -1335,7 +1350,8 @@ public class SeqPanel extends JPanel
           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
           {
             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
-                    .getHiddenColumns().getHiddenBoundaryRight(startres)))
+                    .getHiddenColumns()
+                    .getNextHiddenBoundary(false, startres)))
             {
               endEditing();
               return;
@@ -1654,7 +1670,8 @@ public class SeqPanel extends JPanel
   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
   {
     e.consume();
-    if (e.getWheelRotation() > 0)
+    double wheelRotation = e.getPreciseWheelRotation();
+    if (wheelRotation > 0)
     {
       if (e.isShiftDown())
       {
@@ -1666,7 +1683,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
         av.getRanges().scrollUp(false);
       }
     }
-    else
+    else if (wheelRotation < 0)
     {
       if (e.isShiftDown())
       {
@@ -1850,7 +1867,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
 
     // always do this - annotation has own state
     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
-    boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
+    boolean vischange = stretchGroup.recalcAnnotations(true);
     updateOverviewAndStructs |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
             && afterDrag;
     if (stretchGroup.cs != null)
@@ -2275,4 +2292,13 @@ public class SeqPanel extends JPanel
 
     return true;
   }
+
+  /**
+   * 
+   * @return null or last search results handled by this panel
+   */
+  public SearchResultsI getLastSearchResults()
+  {
+    return lastSearchResults;
+  }
 }