Further tweaks to get tests passing
[jalview.git] / src / jalview / io / FileFormatI.java
index f594a36..082d9f1 100644 (file)
@@ -1,5 +1,7 @@
 package jalview.io;
 
+import jalview.datamodel.AlignmentI;
+
 import java.io.IOException;
 
 public interface FileFormatI
@@ -10,12 +12,12 @@ public interface FileFormatI
 
   AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source) throws IOException;
 
+  AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al);
+
   AlignmentFileI getAlignmentFile();
 
   boolean isComplexAlignFile();
 
-  String getShortDescription();
-
   /**
    * Returns a comma-separated list of file extensions associated with the
    * format