JAL-3949 - refactor logging from jalview.bin.Cache to jalview.bin.Console
[jalview.git] / src / jalview / io / vamsas / Dbref.java
index 0c8ff09..91bf666 100644 (file)
@@ -20,7 +20,7 @@
  */
 package jalview.io.vamsas;
 
-import jalview.bin.Cache;
+import jalview.bin.Console;
 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
 import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.io.VamsasAppDatastore;
@@ -93,7 +93,7 @@ public class Dbref extends Rangetype
     }
     else
     {
-      Cache.debug(
+      Console.debug(
               "Ignoring mapless DbRef.Map " + jvobj.getSrcAccString());
     }
 
@@ -159,7 +159,7 @@ public class Dbref extends Rangetype
       // TODO: Jalview ignores all the other maps
       if (vobj.getMapCount() > 1)
       {
-        Cache.debug("Ignoring additional mappings on DbRef: "
+        Console.debug("Ignoring additional mappings on DbRef: "
                         + jvobj.getSource() + ":" + jvobj.getAccessionId());
       }
       jalview.datamodel.Mapping mp = new jalview.datamodel.Mapping(
@@ -175,7 +175,7 @@ public class Dbref extends Rangetype
   {
     DbRef vobj = (DbRef) this.vobj;
     DBRefEntry jvobj = (DBRefEntry) this.jvobj;
-    Cache.debug("Conflict in dbentry update for " + vobj.getAccessionId()
+    Console.debug("Conflict in dbentry update for " + vobj.getAccessionId()
                     + vobj.getSource() + " " + vobj.getVorbaId());
     // TODO Auto-generated method stub
 
@@ -194,7 +194,7 @@ public class Dbref extends Rangetype
       // TODO: Jalview ignores all the other maps
       if (vobj.getMapCount() > 1)
       {
-        Cache.debug("Ignoring additional mappings on DbRef: "
+        Console.debug("Ignoring additional mappings on DbRef: "
                         + jvobj.getSource() + ":" + jvobj.getAccessionId());
       }
       jalview.datamodel.Mapping mp = new jalview.datamodel.Mapping(
@@ -228,7 +228,7 @@ public class Dbref extends Rangetype
       }
       else
       {
-        Cache.debug(
+        Console.debug(
                 "Ignoring mapless DbRef.Map " + jvobj.getSrcAccString());
       }
     }